آیت الله سیدمحمد شاهچراغی روز دوشنبه در این پیام آورده است: خبر درگذشت عالم وارسته، فقیه عالیقدر، حضرت آیت‌الله سید محمد حسینی شاهرودی فرزند برومند مرجع فقید جهان تشیع حضرت آیت‌الله العظمی سید محمود حسینی شاهرودی، موجب تألم و تأثر خاطر اینجانب، علما، حوزه‌های علمیه قم، نجف و مردم شریف و شهیدپرور استان سمنان به ویژه شهرستان عالم‌پرور شاهرود شد.
در این پیام آمده است: حضور ایشان در سایه محیط معنوی و پاک و نزد والد ماجد و والده ماجده خویش ریشه‌های ایمان و تقوی و تعالیم اسلامی را در وجودشان مستحکم کرد تا آنجا که پدر بزرگوارشان در وصف ایشان فرمودند: «سید محمد در تطبیق اخلاقیات و احکام اسلامی ضرب‌المثل بودند و به صدق لهجه و خلوص نیت اشتهار داشتند.
نماینده استان سمنان در مجلس خبرگان رهبری در ادامه پیام خود آورده است: ضایعه ارتحال این عالم ربانی را به محضر حضرت بقیه الله الاعظم ارواحنا فداه و آن جناب، فرزندشان حضرت آیه الله سید عبدالهادی، اخوی گرامی شأن حضرت آیه الله سید حسین حسینی شاهرودی، بیت مکرمشان، حوزه‌های علمیه قم، نجف، علما، ائمه جمعه استان به ویژه مردم شهیدپرور و انقلابی شهرستان شاهرود تسلیت عرض نموده، رحمت واسعه الهی را برای آن عالم عامل و صبر جمیل و اجر جزیل را برای بازماندگان از درگاه خداوند متعال مسالت دارم.
حضرت آیت‌الله سید محمد حسینی شاهرودی از علمای حوزه علمیه قم عصر دیروز یکشنبه به علت ایست قلبی در سن ۹۴ سالگی در بیمارستانی در تهران دعوت حق را لبیک گفت، این عالم وارسته فرزند مرحوم آیت الله العظمی شاهرودی، از مراجع طراز نجف اشرف، بود.
مرحوم آیت الله سید محمد حسینی شاهرودی، در ماه جمادی الاول سال ۱۳۴۴ هجری قمری، در نجف اشرف دیده به جهان گشود و در خانواده‌ای رشد کرد که از متدیّن‌ترین و باتقواترین بیت‌های علمی نجف اشرف به شمار می‌رفت.
۷۳۴۲ م/۶۱۰۳