هرچند که معافیت مالیاتی مندرج در ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد بعدها در ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید به مالیات با نرخ صفر تبدیل شد و دلیل توجیهی آن ایجاد انضباط مالیاتی در محدوده مناطق آزاد استنباط شد، اما نباید برای فعالان اقتصادی مشروط بر این که به‌طور واقعی به فعالیت مشغول هستند تنگنای مالیاتی ایجاد شود. با این وجود، منظور از عبارت معافیت مالیاتی در این یادداشت، مالیات به نرخ صفر تشریح شده در ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید و ماده ۲ دستورالعمل نحوه اظهارنامه مالیاتی و عملکرد مالی در مناطق آزاد تجاری - صنعتی است.
با توجه به اینکه مناطق آزاد با محوریت تجارت و صنعت هستند، همگی فعالان اقتصادی به‌طور طبیعی در وضعیت مشابهی نیستند. برخی مالک محل استقرار سرمایه‌گذاری خود و برخی دیگر مستاجرند. با این وضعیت، معافیت مالیاتی شامل حال همگی آنها می شود؟
دایره سوال را وسیع‌تر می‌کنم، آیا مالکانی که زمین یا ملک خود را در قالب عقود معین قانون مدنی برای سرمایه‌گذاری در اختیار فعال اقتصادی قرار می‌دهند نیز از معافیت مالیاتی برای درآمد حاصله خود به‌طور مثال از عقد اجاره، برخوردار می شوند؟
به عنوان مثال شخصی که ملکش را در قالب عقد اجاره در اختیار یک فعال اقتصادی برای تولید کیف و کفش یا پوشاک یا هر موضوع دیگری قرار می‌دهد، یا شخصی که غرفه یا مغازه ملکی خود را در اختیار فروشنده‌ای می‌گذارد تا به خرید و فروش مبادرت ورزد، درآمد کدامیک از آنها مشمول معافیت مالیاتی است؟
برای پاسخ می‌توان گفت که اگر شرایط قانونی رعایت شود، هر دو درآمد مشمول معافیت هستند و در صورتی که شرایط قانونی رعایت نشود ممکن است هیچ کدام از مزیت معافیت مالیاتی منطقه آزاد بهره‌مند نشوند .
اما این شرایط قانونی چیست؟ شرط برخورداری از هر گونه معافیت مالیاتی، داشتن مجوز فعالیت از سازمان منطقه آزاد مربوطه است. در صورتی که شرایط مندرج در ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد رعایت شود هر نوع فعالیت اقتصادی به مدت ۲۰ سال از تاریخ بهره‌برداری مندرج در مجوز از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی موضوع مالیات‌های مستقیم معاف خواهد بود. قانونی که در بند الف ماده ۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، بر تسری آن به مناطق آزاد تصریح شده و سازمان‌های مناطق آزاد را فقط تابع این قانون، اصلاحات بعدی آن و قانون کار دانسته است.
بر این اساس، در مثال های اشاره شده درآمد حاصله توسط مالک از طریق اخذ اجاره بها و مستاجر به دلیل خرید و فروش یا تولید و صادرات در صورتی مشمول معافیت مالیاتی خواهد بود که چارچوب مندرج در ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد رعایت شده باشد.
هرچند که در ادامه و با توجه به آخرین اصلاح ماده ۱۳۲ قانون مالیات‌های مستقیم، ارسال اظهارنامه در موعد مقرر قانونی به شرایط برخورداری از هر گونه معافیت مالیاتی در مناطق آزاد افزوده شد.
بنابراین چه مالک و چه مستاجر در محدوده جغرافیایی مناطق آزاد در صورتی درآمدشان معاف از پرداخت مالیات می‌شود که مجوز فعالیت از سازمان منطقه آزاد مربوطه اخذ کرده باشند و اظهار نامه مالیاتی را نیز برای سازمان امور مالیاتی ارسال کرده باشند.
موارد پیش‌گفته در ماده ۱۰ دستورالعمل نحوه ارائه اظهارنامه مالیاتی با شماره ۶۴۶۳۹ و مورخ یازدهم تیرماه ۹۶ بدین صورت اشاره شده که «اشخاص حقیقی و حقوقی مکلفند در صورت داشتن درآمد اجاره املاک، اظهارنامه خود را تا آخر تیرماه سال بعد از طریق سامانه مربوطه ارائه کنند.