دکتر حمیده رضوی روز سه‌شنبه در مراسم راه‌اندازی دفاتر صندوق‌های پژوهش و فناوری در محل مجتمع شکوفایی شرکت‌های دانش‌بنیان افزود: همواره در مسیر حرکت این صندوق‌ها چالش‌هایی وجود دارد، این صندوق‌ها به لحاظ مالی و اجرایی با مشکلاتی همراه هستند.
وی ادامه داد: باید مالیات بر کارمزد تسهیلات، معافیت مالیاتی و نیز بهره بانکی در خصوص صندوق‌های پژوهش و فناوری کاهش پیدا کند، توسعه استارت‌آپ‌ها و شتاب دهنده‌ها، گرایش به تاسیس صندوق‌های مستقل در شهرستان‌ها و در بخش‌های خصوصی، عدم موضع‌گیری شفاف نهادهای مرتبط در پاسخ به استعلامات حقوقی معوقات و افزایش بی‌قاعده شرکت‌های ارزیابی و خدمات جانبی، از دیگر چالش‌های این حوزه به شمار می‌رود.
محمدمهدی فریدوند رئیس صندوق پژوهش و فناوری دانشگاه تهران نیز در خصوص چالش‌های پیش روی صندوق‌های پژوهش و فناوری افزود: عدم ابلاغ نظام ارزیابی و رتبه‌بندی صندوق‌ها از مشکلات صندوق‌های پژوهش و فناوری است.
وی گفت: صندوق‌های پژوهش و فناوری توانمند بوده و ظرفیت بالایی برای تاثیرگذاری در اکوسیستم فناوری دارند، همچنین این صندوق‌ها ظرفیت‌های خوبی با منابع مالی محدود دارند، رویکردهای تقویت صندوق‌های پژوهش و فناوری از حیث منابع ضروری است و باید چالش‌ها و مشکلات صندوق‌ها برطرف شود تا با زیرساختی قوی از شرکت‌های دانش‌بنیان در راستای تولید محصولات بر پایه دانش حمایت کنند.
فریدوند با تاکید بر تقویت صندوق‌ها در توسعه اکوسیستم فناوری گفت: خوشبختانه رویکرد جدید صندوق نوآوری و شکوفایی در این زمینه خوب بوده است، با منابع و خط اعتباری که برای صندوق‌های پژوهش و فناوری از سوی صندوق نوآوری و شکوفایی فراهم شد، حجم عملیاتی صندوق‌ها افزایش پیدا کرده است، خدماتی که شرکت‌ها باید از صندوق نوآوری و شکوفایی دریافت می‌کردند از طریق خود صندوق‌های پژوهشی دریافت کردند.