یکی از بزرگترین شگفتی‌های مرحله یک شانزدهم نهایی رقابت‌های جام حذفی حذف فولاد خوزستان به دست تیم دسته یکی فجر شهید سپاسی بود. شاگردان جواد نکونام در دیدار برابر میزبان شیرازی خود بعد از تساوی در ۱۲۰ دقیقه در ضربات پنالتی با نتیجه سه بر ۲ شکست خوردند و از گردونه مسابقات حذف شدند. آنها به اولین تیم لیگ برتری تبدیل شدند که در جدال برابر یک تیم از دسته پایین تر در این فصل از رقابت‌های جام حذفی شکست می‌خورد.
نکونام هم در دومین فصل سرمربیگری خود بار دیگر طعم تلخ باخت در ضربات پنالتی را چشید. بر خلاف خودش که تبحر خاصی در زدن ضربات پنالتی داشت؛ شاگردانش در تیم‌های نساجی و حالا فولاد نتوانسته‌اند به موفقیتی در این زمینه دست پیدا کنند.
نکونام فصل قبل به عنوان سرمربی نساجی به اصفهان رفت تا به مصاف سپاهان برود. آنها بعد از تساوی یک بر یک در وقت قانونی در ضربات پنالتی چهار بر سه مغلوب تیم امیر قلعه نویی شدند تا به یک چهارم نهایی نرسند. حالا این فصل نیز کاپیتان اسبق تیم ملی به مصاف یک تیم طلایی‌پوش دیگر رفت و بازهم بعد از تساوی در اوقات معمول بازی در ضیافت پنالتی‌ها شکست خورد و از مسابقات جام حذفی خداحافظی کرد.
این دومین باخت نکونام در بازی های رسمی با فولاد بود. تیم او درهفته نخست به صنعت نفت آبادان باخت اما در چهار بازی بعدی شکستی را تجربه نکرد تا اینکه در برابر شاگردان داود مهابادی تسلیم شد.