در این پیام که نسخه‌ای از آن روز دوشنبه در اختیار ایرنا قرار گرفت آمده است: با نهایت تاسف و تاثر خبر ارتحال عالم مجاهد حضرت آیت‌الله آقای حاج سید جعفر مرتضی رحمت‌الله علیه را دریافت کردم.
پیام ادامه یافته است: دفاع از حریم مقدس پیامبر اکرم (ص) و اهل‌بیت آن حضرت علیهم‌السلام خاصه وجود مقدس مولایمان امیرالمؤمنین علی(ع) و حضرت صدیقه طاهره(س)، برگ زرین عمر بابرکت این عالم و محقق گران‌مایه بوده است. بی‌شک فقدان این انسان پرتلاش ثلمه‌ی عظیم می‌باشد.
آیت‌الله نوری همدانی در این پیام، درگذشت این روحانی اثرگذار و پرتلاش را به حوزه‌های علمیه، ارادتمندان ایشان، عموم شیعیان و مردم لبنان و به‌خصوص خاندان مکرم، برادر محترم و آقازادگان ایشان تسلیت عرض نموده و علو مقام برای آن فقید سعید مسالت کرده است.
مدیر حوزه‌های علمیه نیز در پیامی آورده است: خبر ناگوار ارتحال عالم فرزانه و محقق کوشا و پارسا آیت‌الله آقای حاج سید جعفر مرتضی عاملی طاب ثراه حوزه‌های علمیه و مردم شریف ایران و لبنان و امت اسلام را به سوگ نشاند و مایه اندوه فراوان شد.
آیت الله علیرضا اعرافی در این پیام تصریح کرده است: هم‌زمان با ایام ارتحال پیامبر گرامی حضرت محمد مصطفی(ص) و شهادت سبط اکبر حضرت امام مجتبی(ع) و حضرت امام رضا علیه آلاف التحیه و الثناء بزرگ‌مردی از دودمان رسالت و ولایت به آسمان ملکوت پرکشید که خدمات علمی وی میراث گران‌قدر و ماندگار خواهد بود.
پیام ادامه یافته است: این مصیبت جانکاه را به حضرت ولی‌عصر ارواحنا فداه و رهبر معظم انقلاب اسلامی مدظله و مراجع عظام دامت برکاتهم وحجت و المسلمین آقای سید حسن نصرالله سید مقاومت و روحانیت معظم و حوزهای علمیه ایران و لبنان و عراق و همه علاقه‌مندان و شاگردان و بازماندگان و آقازادگان ارجمند آن فقیه گران‌قدر تسلیت و تعزیت عرض می‌کنم و علو درجات آن فقید سعید و شکیبایی و پاداش نیک الهی را برای بازماندگان محترم از خداوند منان خواهانم.
مرحوم آیت‌الله سید جعفر مرتضی عاملی در۱۵ صفر سال ۱۳۶۴ هجری قمری ( ۶ ژانویه ۱۹۴۵) در شهر «دیرقانون» از توابع استان «صور» در جنوب لبنان به دنیا آمد و اصلیت خانواده وی به شهر عیتا الجبل در استان «بنت جبیل» بازمی‌گردد.
وی مقدمات علوم اسلامی را نزد پدرش در لبنان آموخت و در سال ۱۹۶۲ برای ادامه تحصیلات حوزوی راهی نجف شد. در سال ۱۹۶۲ از نجف به حوزه علمیه قم آمد و در سال ۱۹۹۳ به لبنان بازگشت و در آنجا حوزه علمیه امام علی بن ابیطالب (ع) را بنیان نهاد . وی مراکز اسلامی دیگری نیز در لبنان تأسیس کرد و تألیفات بسیار زیادی به‌ویژه در حوزه تاریخ اسلامی دارد.
علامه مرتضی عاملی روز یکشنبه پس از چند سال تحمل درد و رنج بیماری در لبنان دارفانی را وداع گفت.