این علامه بزرگوار روز چهارم آبان ماه پس از یک دوره بیماری در بیمارستانی در بیروت به دیار باقی شتافت و پیکر ایشان صبح روز گذشته (یکشنبه) در ضاحیه جنوبی بیروت تشییع شده و از آنجا به زادگاهش "عیتا الجبل" انتقال یافت و به خاک سپرده شد.
مرحوم علامه سید جعفر مرتضی در سال ۱۳۶۴ قمری در یکی از روستاهای جنوب لبنان و در ۱۱۰ کیلومتری جنوب بیروت به نام عیتا الجبل به دنیا آمد. تحصیلات اولیه خود را نزد پدرش که وی نیز معلم بود گذراند؛ سپس در ۱۳۸۲قمری برای ادامه تحصیل علوم دینی وارد حوزه علمیه نجف اشرف شد و در مدرسه آیت‌الله بروجردی و دانشکده فقه نجف به تحصیل علوم دینی مشغول شد.
علامه سید جعفر مرتضی برای بهره بردن از اساتید حوزه علمیه قم در سال ۱۳۸۸قمری به این شهر هجرت کرد. در قم بخشی از دروس سطح را نزد سید ابوالفضل میرمحمدی آموخت و سپس در درس اساتیدی چون حضرات آیات سید علی علامه فانی، میرزا هاشم آملی، سید موسی شبیری زنجانی و سید کاظم حائری حاضر شد و البته بنا به گفته خود ایشان با آیت الله رضا استادی و آیت الله شبیری زنجانی به مباحثه دروس می‌پرداخت.
** همراهی با نهضت امام خمینی (ره)
این عالم تلاشگر همزمان به تحقیق و پژوهش درباره مسائل تاریخی و عقیدتی شیعه نیز پرداخت. وی همچنین از همان آغاز نهضت انقلاب اسلامی با امام خمینی(ره) همراهی کردند و بارها نیز پس از پیروزی انقلاب به محضر ایشان رسیدند و گزارش فعالیت‌های علمی‌شان را به معظم له ارائه دادند.
** پیام تسلیت مقام معظم رهبری
حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی امروز در پیامی درگذشت عالم خدمتگزار و پر تلاش حجت‌الاسلام والمسلمین سید جعفر مرتضی را تسلیت گفتند.
در پیام تسلیت مقام معظم رهبری آمده است: این عالم بزرگوار با تألیفات وزین و پر حجم و محققانه خود در تاریخ صدر اسلام که از نگارشی شیوا و قلمی قدرتمند برخوردار است، خدمت بزرگی به دنیای اسلام تقدیم کرده و نیاز فرهنگی مهمّی را برآورده ساخته است.
**بیانیه حزب الله به مناسبت درگذشت علامه سید مرتضی
حزب الله لبنان هم روز گذشته در بیانیه ای درگذشت علامه سیدجعفر مرتضی از روحانیون حوزه علمیه لبنان و قم را تسلیت گفت و از ایشان به عنوان پشتیبان و حامی همیشگی مقاومت لبنان یاد کرد.
همچنین شخصیت‌های مذهبی، مراجع عظام قم و نجف، نهادهای فرهنگی و فکری درگذشت این عامل بزرگوار را به خانواده این بزرگوار و مراجع و حوزه‌های علمیه جهان اسلام تسلیت گفتند.
مجلس اعلای شیعیان لبنان هم با صدور بیانیه ای ضمن تسلیت درگذشت علامه سید جعفر مرتضی به مسلمانان و لبنانی‌ها، اعلام کرد که ایشان با تالیفات و پژوهش‌های خود کتابخانه اسلامی و عربی را غنی کرد و درگذشت او به معنی از دست دادن یک فقیه و محقق عالیقدر است.
دکتر عباس خامه یار رایزن فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در لبنان نیز به عنوان نماینده سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی در مراسم تشییع علامه سید جعفر مرتضی العاملی در ضاحیه جنوبی بیروت شرکت کرد.