به گزارش مرکز اسناد انقلاب اسلامی با نگاهی به سوابق عملکرد این اندیشمند معروف مشخص می‌شود او در دوران نهضت اسلامی به شیوه‌های خاص خود با رژیم پهلوی می‌جنگید. این نکته مورد اشاره حجت‌الاسلام محمدتقی فلسفی نیز قرار گرفته است. وی علامه جعفری را از افراد وفادار به امام و منابر و صحبت‌های وی را نیز به نفع نهضت اسلامی دانسته است.
علاوه بر این، فعالیت‌های علامه جعفری موجب شده بود سازمان اطلاعات و امنیت کشور چندین بار وی را احضار کند. حساسیت ساواک نسبت به اقدامات و فعالیت‌های علامه جعفری تا آن حد بود که مکالمات تلفنی وی به طور مرتب کنترل می‌شد. علامه همانند سایر افراد دیگر در مبارزه سیاسی - فرهنگی در دوران رژیم شاه از تعرض نیروهای رژیم در امان نماند. اما علی‌رغم تمامی تلاش‌ها که حتی منجر به حمله به منزل ایشان در سال ۱۳۵۲ و بازرسی کتابخانه وی گردید، رژیم در جلوگیری از فعالیت‌های ایشان ناکام بود.
علی‌رغم این موضوع که ظاهرا به نظر می‌رسد علامه جعفری به عنوان اندیشمند و فیلسوف صرفا به تبیین و تشریح اصول فلسفه اسلامی اشتغال داشته و در نتیجه نقشی در زمینه مسائل سیاسی - اجتماعی عصر خویش نداشته است، با نگاهی به سوابق عملکرد این اندیشمند، نقش ارزشمند وی در دفاع از مبانی اسلامی در مقابل هجمه‌های منتقدان و مخالفان و روشنگری و آگاه سازی اذهان جامعه، به خصوص قشر جوان و دانشجویان نقش وی در این زمینه بیشتر نمایان می‌شود. این نوشتار کوتاه به واکاوی فعالیت‌های سیاسی علامه طباطبایی در دوران نهضت اسلامی می‌پردازد.
مقابله با افکار و اندیشه‌های مارکسیستی
علامه جعفری از همان زمان که مدارج و مراحل علمی و کسب دانش و معرفت را در حوزه‌های علمیه تهران، قم، تبریز و نجف و... به پایان رسانید، به واسطه تیزهوشی و احاطه کامل و عمیق بر مسائل اسلامی و در کنار آن آشنایی عمیق با مکاتب فکری و فلسفی غربی، درصدد دفاع از احکام اسلامی برآمد. این موضوع زمانی بود که ایدئولوژی مارکسیستی، که بعد از انقلاب روسیه در این کشور حاکم گردیده بود با ادعای مبارزه با استعمار و استثمار و تبعیض و بی‌عدالتی توانسته بود افکار و اندیشه‌های بسیاری از کسانی را که از استعمار غرب و عملکرد نظام سرمایه‌داری منزجر بودند به خود جذب نماید.
این مکتب پس از شهریور ۱۳۲۰ و به واسطه تقویت افکار کمونیستی و فعالیت گسترده حزب متشکل و سازمان یافته توده توانسته بود نفوذ گسترده‌ای در میان طبقات مختلف مردم و بالاخص دانشجویان جوان دانشگاه‌ها به وجود آورد. به دنبال این مسئله چند تن از شخصیت‌های اسلامی، ، وظیفه روشنگری و دفاع از اسلام را برعهده گرفتند. علامه جعفری نیز در این میان نقش بسیار مهمی داشت.
محمدرضا حکیمی در کتاب خود این مسئله را چنین بیان می‌کند: «شماری از روحانیون آگاه به ادای برخی تکالیف پرداختند و با نوشتن کتاب‌ها و رساله‌ها و تشکیل مجالس و طرح کردن بحث‌ها و برگزار کردن سخنرانی‌هایی به بخش‌هایی از نیازهای شناخته شده زمان پاسخ گفتند که اگر بخواهیم در اینجا نمونه‌ای از این گونه کسان ذکر کنیم، باید یاد کنیم از استاد شیخ محمدتقی جعفری تبریزی، استاد مرتضی مطهری این دو عالم اسلامی و متفکر الهی از راه تألیف و تدریس و جلسه‌های بحث عمومی و خصوصی و سخنرانی‌های فراوان در محافل و دانشگاه‌های سراسر کشور خدمات بسیار کرده‌اند و گروه وسیعی از جوانان و صاحب نظران را در شناخت ابعادی از اسلام یاری‌های شایسته داده‌اند. نام ایشان را به عنوان نمونه آوردم ولیکن باید اعتراف کنیم که این گونه افراد بسیار کم بوده‌اند و اکنون نیز کم‌اند».
مبارزات فرهنگی
علامه جعفری به مناسبت‌های مختلف به دعوت انجمن‌های اسلامی دانشجویان دانشگاه‌های مختلف کشور، پیرامون موضوعات و مباحث فلسفی و معارف اسلامی همچون توحید، سرنوشت بشر، تعلم و تربیت، اخلاق و نظام جامعه، رابطه اسلام با دانش، ارزش علم در دین اسلام و... به سخنرانی می‌پرداخت. علاوه بر سخنرانی‌ها، مقالات مذهبی متعددی از ایشان در مجلات وابسته به انجمن‌های اسلامی و دانشجویان خارج از کشور چاپ می‌شد.
در کنار این موضوع، علامه جعفری با مشارکت افرادی همچون شهید مطهری جهت نشر و گسترش معارف اسلامی، به تشکیل حسینیه ارشاد همت گماشت که همین مؤسسه بعدها به عنوان یکی از مهمترین و مؤثرترین مراکز در دفاع و گسترش افکار مذهبی در میان اقشار مختلف جامعه و بالاخص دانشجویان و روشنفکران گردید و نقش مهمی را در این زمینه ایفا کرد.
همچنین او در هیئت‌ها و حسینیه‌های مذهبی مختلف مانند هیئت مکتب الرضا، محبان الائمه، هدایت، اصفهانی‌های آبادان و امثال آن نیز به تشریح و تبیین مسائل مختلف اسلامی می‌پرداخت. با توجه به عمق اندیشه و وسعت معلومات وی، از طرف انجمن مباحثه با بهائیان نیز از ایشان دعوت‌هایی به عمل می‌آمد.
در کنار این گونه فعالیت‌ها، سخنرانی‌های متعددی در منزل شخصیت‌ها و فعالان مذهبی برگزار می‌نمود که در آن خیل کثیری از مشتاقان که عمدتا دانش آموزان و دانشجویان و جوانان بودند شرکت می‌کردند. بالاخص در این زمینه جلسات متعددی را می‌توان ذکر کرد که هر هفته به مدت دو روز در منزل استاد برگزار می‌شد و قسمت اعظم شرکت کنندگان آن دانشجویان و دانشیاران دانشکده علوم انسانی و حقوق و پزشکی و کشاورزی و بعضی از مدارس عالی بودند و استاد پیرامون فلسفه و معارف اسلامی سخنرانی می‌کرد.
احضار از سوی ساواک
با توجه به اینگونه فعالیت‌ها، سازمان اطلاعات و امنیت کشور چندین بار علامه جعفری را احضار نمود سؤالاتی را از وی در زمینه فعالیت‌هایش پرسید. همچنین مکالمات تلفنی علامه به طور مرتب توسط مأموران ساواک کنترل می‌شد. ساواک به مأموران خود دستور داده بود که سخنرانی‌های استاد در حسینیه ارشاد را تحت کنترل و مراقبت شدید قرار دهند. چنان که در یکی از گزارش‌های این مأموران آمده است که: «با توجه به مطالعه عمیق واعظ مذکور [علامه جعفری] همواره دانشجویان و افراد روشنفکری که زمینه‌های مذهبی آماده‌ای داشته‌اند، مشتاق به شرکت در جلسات مورد بحث بوده‌اند و گزارش‌های واصله حاکی از آن است که تعدادی از افراد شرکت کننده در جلسات مورد بحث را تقریبا همیشه پاره‌ای از دانشجویان ناراحت تشکیل داده‌اند».
در این زمینه فرزند علامه حکایتی را نقل می کنند. او می‌گوید: «در سال ۵۵ جوانی به استاد مراجعه می‌کند و ضمن ابراز علاقه به استاد، خود را فرد غریبی در شهر تهران معرفی می‌کند که به دنبال مکانی برای سکونت می‌گردد. استاد ضمن ابراز محبت، یکی از اتاق‌های منزل خود را در اختیار آن جوان می‌گذارد. آن جوان برای مدت شش ماه در منزل استاد اقامت می‌کند و در درس‌های ایشان حاضر می‌شود. در تمام این مدت خرج جوان و غذای او از ناحیه استاد و بیت استاد تأمین می‌شد. در طول مدت اقامت آن جوان تعدادی از دوستان استاد به ایشان اظهار می‌کنند که ممکن است آن شخص مأمور ساواک باشد. استاد به این حرف‌ها توجهی نمی‌کند و همچنان جوان را مورد محبت خویش قرار می‌دهد. پس از شش ماه آن جوان از منزل استاد می‌رود و به طور کلی ناپدید می‌شود. پس از آن گاهی که صحبت از آن جوان و احتمال مأمور بودن او پیش می‌آمد، استاد می‌فرمود: «من می‌دانستم که او مأمور ساواک است».
فعالیت‌های علامه جعفری در زمینه‌های فرهنگی و بالاخص ارتباط و همکاری ایشان با استاد مطهری در حسینیه ارشاد و أنس و رفاقت وی با آیت‌الله صدوقی نیز می‌تواند از جمله شواهد مبتنی بر وجود نوعی مبارزه به شیوه علامه جعفری علیه رژیم شاه باشد. این نکته مورد اشاره محمدتقی فلسفی واعظ مشهور نیز قرار گرفته است. وی محمد تقی جعفری را از افراد وفادار به امام و منابر و صحبت‌های وی را نیز به نفع امام دانسته است.
همچنین به گفته دری نجف آبادی: «... شاید کمتر کسی از مردم و حتی خواص مبارزان و نزدیکان ایشان تصور می‌کرد که ممکن است در سازمان اطلاعات و امنیت رژیم شاه پرونده‌ای مفصل برای استاد علامه تشکیل یافته باشد و اساساً برخی را گمان نمی‌رفت که ایشان در زمره یاران اولین حضرت امام خمینی(ره) در شکل‌گیری و تداوم انقلاب اسلامی، عالمانه و از سرتدبیر، سهمی ارزشمند و وافر در پی‌ریزی و بنای ساختمان فکری و عقیدتی انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران داشته است.»
سرانجام علامه نیز مانند سایر افراد دیگر در مبارزه سیاسی - فرهنگی در دوران رژیم شاه از تعرض نیروهای رژیم در امان نماند. اما علی‌رغم تمامی تلاش‌ها که حتی منجر به حمله به منزل ایشان در سال ۱۳۵۲ و بازرسی کتابخانه وی گردید، رژیم در جلوگیری از فعالیت‌های ایشان ناکام بود.