این مراسم با حضور مسوولان استانی، نماینده ولی فقیه در خراسان رضوی، تولیت آستان قدس رضوی، خدام و زائران بارگاه منور رضوی، دوستداران و شاگردان آن استاد فقید و شاخص حوزه علمیه مشهد برگزار شد.
پیکر مرحوم آیت‌الله خلخالی از مهدیه مشهد به سمت حرم امام رضا(ع) تشییع شد و آیت الله مصطفی اشرفی شاهرودی از استادان حوزه علمیه مشهد بر پیکر آن فقید نماز خواند. پیکر مرحوم خلخالی در پایان این مراسم در محل دارالزهد حرم مطهر امام رضا(ع) به خاک سپرده شد.
آیت‌الله موسوی خلخالی سال ۱۳۰۴ شمسی در شهر رشت متولد و سال ۱۳۲۰ شمسی برای تحصیل علوم حوزوی عازم نجف اشرف شد. پس از طی مراحل مقدماتی حوزوی، در درس خارج فقه و اصول شرکت نموده و از محضر آیات عظام شیخ حسین حلی و آیت‌الله خویی بهره برد.
مرحوم خلخالی پس از ۱۸ سال تحصیل و تدریس در نجف اشرف سال ۱۳۳۹ شمسی به ایران بازگشت و در تهران مشغول امور علمی و تبلیغی دین شد. وی در دوران انقلاب اسلامی همواره از مدافعان نهضت امام خمینی(ره) و پس از پیروزی انقلاب از مشاوران تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران بود. آیت‌الله خلخالی سال ۱۳۸۵ به درخواست جمعی از فضلا و طلاب به مشهد هجرت نمود و به تدریس درس خارج اصول در مدرسه آیت‌الله العظمی خویی مشغول شد. آن مرحوم پس از عمری مجاهده و فعالیت علمی سرانجام شامگاه نخستین روز دی ماه ۱۳۹۸ در سن ۹۴ سالگی در بیمارستان رضوی مشهد دار فانی را وداع گفت.
آیات عظام نوری همدانی، علوی گرگانی و صافی گلپایگانی از مراجع عظام تقلید و همچنین نماینده ولی فقیه در خراسان رضوی با صدور پیامهای جداگانه ضایعه درگذشت آیت‌الله سید محمدمهدی خلخالی را تسلیت گفته‌اند.
تقریرات کامل دوره اصول و همچنین دوره فقه‌الشیعه (تقریر دروس خارج فقه آیت‌الله خویی) حاکمیت در اسلام، شریعت و حکومت از تألیفات آن مرحوم هستند.
مراسم ترحیم مرحوم آیت‌الله خلخالی از سوی استاندار، نماینده ولی فقیه در خراسان رضوی، تولیت آستان قدس رضوی و حوزه علمیه خراسان امشب پس از نماز مغرب و عشا در رواق امام خمینی(ره) حرم رضوی برگزار می‌شود.