به گزارش روز دوشنبه اداره کل روابط عمومی قوه قضائیه، در پیام حجت الاسلام والمسلمین سید ابراهیم رئیسی آمده است: «رحلت عالم جلیل‌القدر، آیت‌الله سید محمد مهدی موسوی خلخالی (قدس سره) از اساتید فقه و اصول حوزه علمیه مشهد را به محضر مقدس حضرت، ولی عصر (عج)، مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، حوزه‌های علمیه و بیت شریف ایشان تسلیت عرض می‌نمایم.»
در این پیام تصریح شده است: «بی تردید فقدان آن مرحوم که از حامیان انقلاب اسلامی و از مشاورین در تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران بودند و سال‌های متمادی از عمر با برکت خویش را در راه خدمت به دین، عقیده و همچنین تألیف، تدریس و تربیت طلاب فرهیخته سپری کردند، ضایعه‌ای بزرگ و باعث تاثر و تالم است. از خداوند متعال برای آن مرحوم، رحمت و مغفرت الهی و برای بازماندگان معزز، اجر و صبر مسالت دارم.»
آیت‌الله سید محمد مهدی موسوی خلخالی شنبه ۳۰ آذر ماه در ۹۵ سالگی در مشهد مقدس به دیار ابدی شتافت.