به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی ریاست جمهوری، حجت الاسلام والمسلمین حسن روحانی روز سه‌شنبه در این پیام ضمن ابراز تأثر و تألم از رحلت حضرت آیت الله حاج سیدمحمدمهدی موسوی خلخالی (قدس سره) نوشت: این استاد برجسته حوزه علمیه مشهد که از مدافعان پیشکسوت نهضت امام خمینی(ره) بود، عمر بافضیلت خود را وقف تبلیغ و ترویج آموزه‌های دینی و پرورش شاگردانی فراوان کرد و آثار اجتماعی و تربیتی ارزشمندی به یادگار گذاشت.
رییس جمهوری این ضایعه را به بیت مکرم وی، حوزه‌های علمیه بویژه حوزه علمیه مشهد مقدس و مدرسان و طلاب علوم دینی، تسلیت گفت.
روحانی در این پیام تسلیت از درگاه خداوند متعال برای آن عالم وارسته، علو درجات و برای عموم بازماندگان صبر و سلامتی مسألت کرد.
آیت الله سید محمد مهدی خلخالی شامگاه شنبه ۳۰ آذر در ۹۵ سالگی در مشهد مقدس چشم از جهان فرو بست.
این عالم ربانی از استادان فقه و اصول حوزه علمیه و از شاگردان آیت الله خویی بود و مباحث اصولی و فقهی وی را به رشته تحریر درآورده است. وی همچنین کتاب های مختلفی از جمله فقه الشیعه و حاکمیت در اسلام را تالیف کرده است.