نظارت و بررسی صلاحیت داوطلبان انتخابات مجلس شورای اسلامی، همانند دیگر انتخابات و طبق اصل ۹۹ قانون اساسی بر عهده شورای نگهبان است. از نگاه بسیاری از ناظران و تحلیلگران، عملکرد شورای نگهبان در انتخابات مختلف در زمینه نظارت‌ها با قبض و بسط‌هایی مواجه بوده است. متناسب با این شرایط، انتقادات هم روند کاهشی یا افزایشی داشته است. با این حال اعلام نتایج بررسی صلاحیت‌ها در انتخابات پیش‌روی مجلس شورای اسلامی، انتقادات و واکنش‌هایی را از هر دو جناح سیاسی کشور به همراه داشته است. علاوه بر انتقادات اصلاح‌طلبان و «حسن روحانی» رئیس‌جمهوری، «احمد توکلی» از افراد شاخص جریان اصولگرا هم در نامه‌ای سرگشاده به شورای نگهبان نسبت به رد صلاحیت‌ها انتقاد کرد.
احمد توکلی در این نامه نوشته‌است: طرز برخورد با اکثر داوطلبان اصلاح‌طلب از چند جهت نیازمند اصلاح است. این برادران و خواهران به دلیل فقدان شرایط مذکور در بند ۱، ۲ و ۴ رد صلاحیت شده‌اند. شرایط مذکور از این قرارند؛ اعتقاد به اسلام، التزام عملی به اسلام، التزام عملی به نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران و ابراز وفاداری به قانون اساسی و اصل مترقی ولایت مطلقه فقیه. شرط نخست اعتقاد به اسلام صفتی نیست که به راحتی بتوان کسی را که مدعی مسلمانی است فاقد آن اعلام کرد.
توکلی در ادامه نامه خود هشدار داد: حذف نامزدهایی شبیه افرادی که در فهرست پیوست نامبرده شده‌اند، به جای وحدت، شقاق ایجاد می‌کند و در وضعیتی که ما در آن به سر می‌بریم این امر خطرناک است ...طوری نشود که با سختگیری‌های نابجا علاوه بر ظلمی که واقع می‌شود؛ مجلس با نمایندگان فاقد صلاحیت و صفرکیلومتر شکل گیرد.
روحانی هم در این زمینه در جلسه روز بیست و پنجم دی‌ماه هیات دولت گفت: همه آنهایی که در این انتخابات نقش دارید از شما خواهش می‌کنم، آن جایی که روشن است تا صلاحیت فردی رد شود، آن‌را رد کنید اما آن جاهایی که نامشخص است یا احتمالات ضعیف است، مردم را ناراحت نکنید، به مردم نگوییم که در برابر یک صندلی مجلس ۱۷ نفر، ۱۷۰ یا ۱۷۰۰ نفر کاندیدا هستند، ببینیم از چند جناح ۱۷۰۰ نفرکاندیدا هستند؟ ۱۷ نفر از چند جناح، از یک جناح؟ اینکه انتخابات نمی‌شود. مثل اینکه در مغازه‌ای از یک جنس، ۲ هزار عدد وجود داشته باشد.
بخش مهمی از انتقادات به عملکرد شورای نگهبان در حوزه رد صلاحیت‌ها مربوط به نحوه بررسی صلاحیت داوطلبان است. در حالی که در فصل پنجم قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی مصوب ۷/ ۹/ ۱۳۷۸ و در ماده ۴۸ این قانون نحوه بررسی صلاحیت‌ها و مراجع دخیل در این امر مهم مشخص شده اما شورای نگهبان با تفاسیری این مراجع را به دیگر نهادها و تحقیقات محلی و همچنین گزارشات افراد هم تسری داده‌است؛ رویه‌ای که منجر به گسترش دایره رد صلاحیت‌ها شده است.
یکی از دلایل این اقدام شورای نگهبان مشخص نبودن چارچوب‌های بررسی معیارهای مصرح در ماده ۲۸ قانون انتخابات درباره شرایط انتخاب‌شوندگان هنگام ثبت‌نام است. ابهام در موارد ذکره شده در ماده ۲۸ باعث‌شده شورای نگهبان به تحقیقات محلی و گزارش منابع دیگری جز نهادهایی که در فصل پنجم و ماده ۴۸ قانون انتخابات مورد اشاره قرارگرفته‌است روی‌بیاورد؛ روندی که اینچنین مورد انتقاد رئیس‌جمهوری هم قرار گرفته است: نهادهای اصلی قانونی که می‌گویند فردی صالح است یا خیر، گزارش درست داده‌اند، بعد یکی را فرستاده‌اند در یک کوچه‌ای و اصلا معلوم نیست با چه کسی صحبت کرده و چه گفته و بعد آمده گزارش نوشته و فرد را رد صلاحیت کرده‌اند. مگر می‌شود با چنین روشی کشور را اداره کرد؟ اگر می‌خواهیم با رفتن در خانه‌ها درست کنیم، پس این دستگاه‌ها را تعطیل کنیم این وزارت اطلاعات و نیروی انتظامی و دادگستری برای چه داریم، برویم همان درب خانه‌ها و از دو همسایه بپرسیم.
در ماده ۴۸ فصل پنجم قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی که مربوط به اعلام داوطلبی و رسیدگی به صلاحیت داوطلبان است آمده است: وزارت‌کشور و شورای نگهبان پس از وصول مشخصات داوطلبان، روزانه لیست کامل آنان را تهیه و به‌منظور بررسی سوابق آنان در رابطه با صلاحیت‌های مذکور در این قانون، به وزارت‌اطلاعات، دادستانی کل، سازمان ثبت‌احوال کشور و اداره تشخیص هویت و پلیس بین‌الملل در مرکز ارسال می‌دارد. مراکز مزبور موظف‌اند ظرف پنج روز نتیجه بررسی را با دلیل و سند به وزارت‌کشور و شورای نگهبان اعلام کند.
در تبصره دوم همین ماده هم قانون‌گذار تاکید می‌کند: ردصلاحیت داوطلبان نمایندگی مجلس شورای اسلامی باید مستند به قانون و براساس مدارک و اسناد معتبر باشد.
در حالی ماده ۴۸ و تبصره دوم آن مراجع و نحوه بررسی صلاحیت داوطلبان را مشخص کرده است که شورای نگهبان در حال حاضر علاوه بر استعلام از این مراجع چهارگانه از برخی مراجع امنیتی دیگر هم استعلام می‌کند. شورای نگهبان استعلام از این مراجع امنیتی هم را کافی نمی‌داند و همچنان که رئیس‌جمهوری هم اشاره‌کرده، به گزارش‌های افراد و تحقیقات محلی در مورد داوطلبان نمایندگی مجلس شورای اسلامی روی آورده است؛ رویه‌ای که به نظر می‌رسد مخالف صریح تبصره دو ماده ۴۸ قانون انتخابات مجلس است.
در تبصره دوم تاکید می‌شود که رد صلاحیت افراد باید مبتنی بر اسناد متقن باشد. بدون تردید تحقیقات محلی در اکثر موارد نمی‌تواند حاوی این شرط باشد چرا که پرسش از همسایگان و آشنایان در مورد صلاحیت یک فرد بیشتر معطوف به نظرات شخصی افراد است تا اینکه این افراد بخواهند سند متقنی ارائه دهند. همچنین اگر تخلف فردی به قدری آشکار باشد که در محل زندگی او همسایگان سند دقیق و صریحی در مورد آن داشته باشند بدون تردید مراجع امنیتی مورد اشاره در ماده ۴۸ از آن بی‌خبر نخواهند بود.
در مقابل این انتقادات، شورای نگهبان معتقد است نام بردن از برخی از نهادها در ماده ۴۸ به این معنی نیست که شورای نگهبان فقط باید به آن‌ها اتکا کند و طبق نظر شورای نگهبان این شورا برای بررسی صلاحیت داوطلبان از ابزارهای خارج از این قانون هم می‌تواند استفاده کند.
از نگاه بسیاری از سیاسیون و صاحبان حق رای و نامزدی در انتخابات، اصرار شورای نگهبان بر گسترش نهادهای دخیل در بررسی صلاحیت داوطلبان و همچنین روی آوردن به تحقیقات محلی ناهمساز با اصل برائت در قانون اساسی است. وقتی مراجع قانونی و رسمی کشور بر صلاحیت فردی شهادت می‌دهند اصرار برای بررسی بیشتر و رد صلاحیت فرد بر اساس برخی گزارش‌ها چندان با اصول قانون اساسی و قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی همخوان نیست.