اوایل انقلاب اسلامی و پس از بروز اختلاف میان مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان برای تصویب مصوبات مجلس و لزوم تطابق آنها با شرع اسلام، ریاست وقت مجلس در پنجم مهر ۱۳۶۰ در نامه‌ای از امام خمینی (ره) درخواست کرد تا ایشان برای این موضوع، راه‌حلی ارایه دهند. امام(ره) نیز در نامه‌ای به مجلس اجازه دادند تا موارد مصلحتی را با اکثریت اعضای نمایندگان و قید موقت به تصویب برسانند اما با وقوع اختلافات بیشتر در این زمینه و باقی ماندن مشکلات، سرانجام پس از مکاتباتی میان مقامات و مسوولان عالیرتبه و ذیربط وقت کشور، درخواستی در بهمن ۱۳۶۲ خورشیدی به امضای آیت الله خامنه ای رییس‌جمهوری وقت، علی اکبر هاشمی رفسنجانی رییس وقت مجلس شورای اسلامی، رییس وقت دیوان عالی کشور، نخست وزیر وقت و سیداحمد خمینی به امام خمینی(ره) برای چاره‌جویی در این باره ارسال شد. آیت الله اکبر هاشمی رفسنجانی در این خصوص می گوید: در همان مجلس اول چند قانون مهم و مادر با این مشکل، یعنی اختلاف مجلس و شورای نگهبان مواجه شد که همان‌گونه ماند. گاهی برای داوری خدمت حضرت امام(ره) می‌رسیدیم و ایشان حل می‌کردند. چون نظر امام(ره) برای همه در مجلس و شورای نگهبان قابل قبول بود. گاهی اوقات به هر دلیلی این داوری انجام نمی‌شد و امام هم نمی‌خواستند دخالت کنند. به خاطر انباشته شدن چند مورد، امام به فکر راه حل افتادند که اول به رأی کارشناسی از نمایندگان رسیدند. البته با قید موقت و بنابر ضرورت، گفته بودند، لازم نیست شورای نگهبان نظر دهد. این راهکار هم در عمل به مشکلاتی برخورد. مثلاً شبهه می‌شد که در مجلس نمایندگانی حضور دارند که مقید به اسلام و فقه شیعه نیستند. آرای این عده از نمایندگان چگونه می‌تواند مساله را حل کند؟ البته آنها قانون‌گذار بودند و رأی داشتند و در همه قوانین اظهارنظر می‌کردند. اما وقتی مساله شرعی مطرح می‌شد، این‌گونه شبهات هم پیش می‌آمد. به هر حال بعد از گذشت چند مورد با این راهکار که بعضاً با اعتراض شورای نگهبان مواجه می‌شد، امام(ره) به فکر راه حلی افتادند که مبانی شرعی هم در آن رعایت شود. این موضوع هم مدت‌ها مورد بحث بود. حاج احمد آقا که نماینده حضرت امام در جلسات سران بود، در یکی از جلسات اطلاع داد که امام به فکر تأسیس مرکز و مجمعی برای حل این مساله هستند. تا اینکه امام(ره) در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ خورشیدی با صدور فرمانی، مجمع تشخیص مصلحت نظام را برای رسیدگی به این گونه امور تأسیس کردند.
وظایف
مجمع تشخیص مصلحت نظام که در آغاز تاسیس، تنها به‌منظور تشخیص مصلحت در موارد اختلاف میان مجلس و شورای نگهبان تاسیس شده بود، وقتی قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در ۱۳۶۸ خورشیدی مورد بازنگری قرار گرفت پس از بحث‌های مشروح درباره جایگاه آن، وظایف یازده‌گانه‌ای مستند به اصول ۱۱۲، ۱۱۱، ۱۱۰ و ۱۷۷ برعهده‌اش قرار گرفت تا به عنوان حلقه تکمیلی در حاکمیت نظام جمهوری اسلامی و در شرایط مختلف به ایفای نقش بپردازد. براساس این قانون وظایف مجمع تشخیص مصلحت نظام به استناد اصول و بندهای قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به شرح زیر است:
- ارایه مشاوره به رهبری در تعیین سیاست‌های کلی نظام (بند ۱ اصل ۱۱۰ قانون اساسی)
- ارایه پیشنهاد به رهبر برای چگونگی حل معضلات نظام که از طریق عادی قابل‌حل نیست. (بند ۸ اصل ۱۱۰ قانون اساسی)
- تشخیص مصلحت در مواقعی که شورای نگهبان، مصوبه مجلس شورای اسلامی را خلاف موازین شرع یا قانون اساسی بداند (اصل ۱۱۲ قانون اساسی)
- مشاوره در اموری که رهبر به مجمع ارجاع می‌دهد (اصل ۱۱۲ قانون اساسی)
- نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام. (به استناد نامه ۱۷ فروردین ۱۳۷۷خورشیدی مقام معظم رهبری)
- ارایه مشاوره به رهبر در موارد اصلاح یا تتمیم قانون اساسی (اصل ۱۷۷ قانون اساسی)
- عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی که صرفا بر عهده اعضای ثابت مجمع است (اصل ۱۷۷ قانون اساسی)
- انتخاب یکی از فقهای شورای نگهبان برای عضویت در شورای موقت رهبری (اصل ۱۱۱ قانون اساسی)
- تصویب برخی از وظایف رهبر برای اجرا به وسیله شورای موقت رهبری (اصل ۱۱۱ قانون اساسی)
- انتخاب جایگزین هریک از اعضای شورای موقت رهبری در صورت ناتوانی در انجام وظایف. (اصل ۱۱۱ قانون اساسی)
- پیشنهاد چگونگی تصمیم‌گیری شورای موقت رهبری درباره وظایف مصرح در بندهای اصول ۱۱۰ و ۱۱۱.
اعضا
در شورای بازنگری با توجه به فرمان امام خمینی(ره) مبنی بر تشکیل مجمع، اعضای آن، ۱۲ تن پیشنهاد شدند که عبارت بودند از رؤسای قوای سه گانه (۳ تن)، فقهای شورای نگهبان (۶ تن)، وزیر مربوطه و ۲ تن صاحب نظر به انتخاب رهبر اما مدتی بعد به دلیل اختلاف‌های پیش آمده، تعیین اعضای مجمع را رهبری بر عهده گرفتند. اعضای جدید با دستور آیت الله خامنه ای مقام معظم رهبری به مدت پنج سال در فرمان ۲۵ اسفند ۱۳۸۰ خورشیدی تعیین شدند که عبارت بودند از:
۱- شخصیت های حقوقی که شامل رؤسای سه قوه، فقهای شورای نگهبان، وزیر یا رییس دستگاهی که موضوع مورد بحث مربوط به آن دستگاه است و رییس کمیسیون مناسب با موضوع مورد بحث از مجلس شورای اسلامی می شوند.
۲- شخصیت های حقیقی که رهبری آنان را به عنوان صاحب نظر در مسایل گوناگونی از جمله سیاسی، فقهی و اقتصادی انتخاب می کنند.
ساختار
مجمع تشخیص مصلحت از ساختارهایی به نام نظام شورا، کمیسیون ها و دبیرخانه تشکیل شده است. جلسه های عادی شورا هر ۲ هفته یک بار تشکیل می شود و جلسه های فوق العاده با تعیین وقت در جلسه عادی و تصویب آن با نظر رییس مجمع یا با درخواست کتبی یک سوم اعضا همراه با تعیین موضوع امکان پذیر خواهد بود. دستور جلسه های عادی دست کم سه روز پیش از تشکیل جلسه به دستور رییس مجمع از طریق دبیرخانه به اطلاع اعضا می رسد و رییس مجمع وقت جلسه فوق العاده را تعیین می کند. مسایل فوری نیز با نظر رییس مجمع یا پنج تن از اعضا در جلسه قابل طرح است.
جلسه های شورا هنگام بحث درباره مصوبه های مورد تعارض مجلس و شورای نگهبان، متشکل از همه اعضای یاد شده در حکم مقام معظم رهبری و در موارد مربوط به بررسی و حل مشکلات نظام، تعیین سیاست های کلی نظام و دیگر موارد مقرر در قانون اساسی متشکل از همه اعضای حقیقی خواهد بود. این جلسات با حضور دوسوم اعضا رسمیّت می یابد و تصمیم ها با اکثریت مطلق اعضای حاضر، معتبر خواهند بود.
برای فراهم آوردن اطلاعات دقیق مربوط به مباحث و مسایل مطرح شده در مجمع تشخیص مصلحت نظام و آماده سازی اعضا برای تصمیم گیری و بهره گیری از نظریه های کارشناسان، کمیسیون هایی تشکیل می شود که بر ۲ نوع است یکی کمیسیون‌های تخصصی دایم (علمی، فرهنگی، اجتماعی، سیاسی، دفاعی و امنیتی، زیربنایی و تولیدی، اقتصاد کلان، بازرگانی و اداری، حقوقی و قضایی) و دیگری کمیسیون‌های خاص.
اعضای کمیسیون های تخصصی دایمی در نخستین جلسه های مجمع با اعلام داوطلبی و رأی مجمع تعیین می شوند. جلسه کمیسیون ها دست کم ۲ هفته یک بار است. شرکت اعضا کمیسیون ها در جلسه ها ضروری بوده و دیگر اعضای مجمع نیز بدون حق رأی، حق حضور خواهند داشت. کمیسیون ها می‌توانند در چارچوب وظایف خود از طریق دبیرخانه از کارشناسان بخش دولتی و خصوصی استفاده کنند.
همچنین دبیرخانه مجمع تشخیص مصلحت نظام برای تنظیم کار کمیسیون های دائمی و خاص، برقراری ارتباط با دستگاه های مسوول دولتی و نهادها و مؤسسه های عمومی غیردولتی، استفاده کامل از نظرات کارشناسان، نظارت بر حسن اجرای سیاست های کلی مورد تأیید مقام معظم رهبری و ابلاغ مصوبه ها و تصمیم ها، تدوین صورت مشروح مذاکره ها، دیگر امور مالی، اجرایی و وظایف مطرح در این ماده تأسیس شده است. دبیر مجمع، زیر نظر ریاست مجمع انجام وظیفه می کند و در موارد لازم، رابط مجمع با مقام معظم رهبری است. ایجاد تشکیلات لازم برای اداره امور دبیرخانه و کمیسیون ها و... هم با دبیر مجمع است.
ادوار مجمع از تشکیل تا به امروز
مجمع تشخیص مصلحت نظام از زمان تاسیس تا به امروز هفت دوره را پشت سر گذاشته است. دوره نخست تشکیل از ۱۳۶۶ تا ۱۳۶۸ خورشیدی بود که با فرمان امام خمینی(ره) آغاز شد. وجود جنگ تحمیلی و شرایط خاص سیاسی و اجرایی کشور از ویژگی‌های خاص این دوره بود.
دوره دوم در ۱۳۶۸ خورشیدی پس از بازنگری قانون اساسی در این قانون با وظایف حفظ شده در بندها و اصول ۱۱۰، ۱۱۱، ۱۱۲ و ۱۷۷ شکل گرفت.
دوره سوم مجمع تشخیص مصلحت نظام با افزایش اعضای حقیقی متشکل از شخصیت‌های عالی رتبه کشور در ۱۳۷۵ خورشیدی همراه بود و مجمع را به دوران جدیدی از پویایی و بالندگی در راستای انجام کامل وظایف قانونی اش وارد کرد.
دوره چهارم مجمع فعال ترین و سازمان یافته ترین دوران بوده است که در ۱۳۸۰ خورشیدی اعضای جدید آن با حکم مقام معظم رهبری برای مدت پنج سال انتخاب شدند تا اینکه دوره پنجم در ۱۳۸۵ خورشیدی با حکم مقام معظم رهبری آغاز به کار کرد. همچنین آیت الله خامنه ای در ۲۴ اسفند ۱۳۹۰خورشیدی اعضای دوره ششم مجمع را در حکمی معرفی کردند.
اعضای دوره هفتم در ۲۳ مرداد ۱۳۹۶خورشیدی معرفی شدند. حکمی که از طرف مقام معظم رهبری صادر شد و در آن آیت الله سیّدمحمود هاشمی شاهرودی به عنوان رییس و محسن رضایی به دبیری مجمع تشخیص مصلحت انتخاب شدند تا اینکه پس از درگذشت آیت‌الله هاشمی شاهرودی رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام در سوم دی ۱۳۹۷ خورشیدی مقام معظم رهبری در حکمی آیت‌الله صادق آملی لاریجانی را به عنوان رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام و عضو فقهای شورای نگهبان منصوب کردند.
در این ادوار مختلف آیات عظام سیدعلی خامنه ای، اکبر هاشمی رفسنجانی، محمدعلی موحدی کرمانی، سیدمحمود هاشمی شاهرودی و صادق آملی لاریجانی ریاست این نهاد را برعهده داشته‌اند.