فرماندهی تیپ اطلاعاتی ۳۱۳ حر آخرین مسئولیت سیدعلی بود؛ مسئولیتی که در روز پایانی بهمن ۱۳۶۶ در منطقه عملیاتی بیت‌المقدس ۲ در ارتفاعات ماووت عراق او را به یاران شهیدش رساند.
شهید روز نهم آبان ۱۳۳۴ در مشهد به دنیا آمد. او در سال اول هنرستان وارد نیروی هوایی ارتش شد ولی از آن انصراف داد و پس از دو سال در اسفند ماه ۱۳۵۵ به خدمت سربازی رفت، اما شهریور ۱۳۵۷ به فرمان حضرت امام از پادگان آموزشی لشکرک تهران متواری شد.
سید علی پس از تاسیس سپاه پاسداران، در تیر ماه ۱۳۵۸ به عضویت سپاه درآمد و در پادگان آموزشی امام رضا(ع) به آموزش پاسداران پرداخت. او پس از مدت کوتاهی از شروع جنگ و در ارتفاعات الله‌اکبر فرماندهی گردان حر را به عهده گرفت. به فاصله کوتاهی از راه‌اندازی واحد اطلاعات‌عملیات خراسان، مسئولیت اطلاعات‌عملیات تیپ۲۱ امام رضا(ع) در اسفند ۱۳۵۹ را عهده‌دار شد اما کم‌کم نبوغ خود را نشان داد و همین باعث شد تا مسئولیت‌هایی چون اطلاعات عملیات لشکر۵ نصر، اطلاعات عملیات قرارگاه قدس، اطلاعات عملیات قرارگاه نصر، اطلاعات عملیات قرارگاه نجف‌اشرف، اطلاعات عملیات قرارگاه سلمان، معاون اطلاعات سپاه هشتم و جانشینی اطلاعات عملیات نیروی زمینی سپاه به او سپرده شود.
اعزام به کردستان همراه دکتر چمران
سیدعلی حسینی برای مدت کوتاهی به لبنان اعزام شد و همچنین در شورش های کردستان همراه گروهی به سرپرستی شهید گرانقدر دکتر چمران عازم آنجا شد و در این راه، ماموریت های موفقیت آمیزی به اجرا گذاشت. پس از مراجعه از کردستان، برای ادامه آموزش نظامی رهسپار تهران شد. با شروع جنگ تحمیلی و علی رغم نیاز به وجود او در مشهد، بلافاصله پا به عرصه پیکار گذاشت.
اخلاص، ایمان و مدیر بودن او با حضورش در جبهه های نبرد بیش از پیش آشکار گشت و به مسئولیت‌های مهمی از جمله فرماندهی تیپ برگزیده شد. قداست روحی، اخلاص، ایمان، مهارت در میان همرزمانش مشخص کرد و شایستگی قبول مسئولیت‌های مهم را در او به وجود آورد.
عکس العملی نشون ندهید، عراقی ها هنوز ما رو ندیدند
محمد یکی از دوستان سیدعلی درباره رشادت های او در کمینگاه های مشرف بر مواضع دشمن به نقل از شهید می گوید: کماندوهای عراقی در یکی از سه دیدگاه شمال بستان نشسته بودند و حرف میزدند. دیدگاهمان لو رفته بود و ما که این را نمی دانستیم. وقتی آنها را دیدیم، مجید توکلی از سید پرسید حالا چه کار کنیم؟ سید گفت عکس العملی نشون ندهید، عراقی ها هنوز ما رو ندیدند. صبر کنید ببینیم چه کار می کنند.
با فاصله کمی از آنها پشت یک تپه رملی دراز کشیدیم. توی دیدگاه یک دوربین سنگین داشتیم که با آن موقعیت دشمن را زیر نظر می گرفتیم. آن را به عقب نمی بردیم؛ پس از پایان کارمان، استتارش می کردیم همانجا می ماند؛ حالا گشتی های عراقی آن را پیدا کرده بودند.
دو، سه هفته ای به عملیات طریق القدس و آزادسازی بستان مانده بود و اگر خودمان را نشان می دادیم، منطقه حساس می شد و ممکن بود عملیات لو برود. برای احتیاط چند نفر از بچه ها را به چپ و راست دیدگاه فرستادم تا در صورت نیاز وارد عمل شویم. عراقی ها دوربین را روی شانه اشان گذاشتند و راه افتادند بروند. علامت دادم کاری نکنند. توکلی آرام گفت: برادر حسینی دارند دوربین رو می برند. بهتره سر راهشون کمین بزنیم و دوربین رو بگیریم.
سید می گفت : می ترسیدم زحمت های چند ماهه شناسایی منطقه بر باد برود. گفتم بگذار بروند و فکر کنند اینجا فقط یه پست دیدبانی توپخانه است. موقعیت رملی منطقه طوری هست که به فکرشون نمی رسد بخواهیم از اینجا حمله کنیم. اگر تیراندازی کنیم، اینجا نیرو مستقر می کنند و کار عملیات سخت می شود. گشتی های عراقی رفتند و حساسیتی هم نشان ندادند.
سه چیز از خدا می خواهم
علی اصغر امینی یکی از رزمندگان دوران دفاع مقدس و از همرزمان سید علی با ذکر خاطره ای از شهید می گوید :یک روز در حالی که با شهید در حال شوخی بودم به او گفتم که شما خیلی وقت است که درگیر جنگ شده ای، نمی خواهی شهید شوی؟ سیدعلی رو به من کرد و گفت من سه چیز از خدا خواسته ام، که اگر آنها را به من مرحمت کرد آماده شهادت هستم.
اول اینکه به زیارت خانه خدا مشرف شوم. دوم اینکه خداوند به من فرزندی عطا کند و سوم اینکه خانه ای داشته باشم تا سر پناهی برای خانواده ام باشد. در نهایت شهید سیدعلی حسینی بعد از دستیابی به این سه خواسته به فیض شهادت نائل آمد.
استفاده از نیروهای ارتش در عملیات
سید محمد حسینی از همرزمان شهید درباره ویژگی های دوستش گفت : همیشه سعی داشت از تجربه نیروهای ارتش حداکثر استفاده را ببرد. روزی از او پرسیدم در شرایطی که در داخل کشور ارتش را زیر سئوال می بردند چگونه است که شما از نیروهای آنها استفاده می کنید، نمی گویید شاید مشکلی پیش بیاید.
شهید حسینی در پاسخ من گفت که من کار ندارم که دیگران چه می گویند. دولت برای نیروهای ارتش سرمایه گذاری زیادی کرده است و آنها را برای آموزش دوره های مختلف به خارج اعزام کرده است. حال من چگونه می توانم به خود اجازه بدهم که از وجود اینها استفاده نکنم.
سید تا جایی که می توانست از توانمندی آنها استفاده می کرد و به کارشان بها می داد که این امر باعث توفیق بیشتری در کارها شده بود.
فاطمه سادات تنها یادگار شهید
شهید در سن ۲۷ سالگی در مرداد ۶۲ ازدواج کرد که مدت زندگی مشترک آنها ۵ سال بود. ثمره این ازدواج تنها یک دختر به نام فاطمه السادات است که در ۳۰ شهریور ۱۳۶۶ متولد شد.
شهید سید علی حسینی در بهشت رضا (علیه السلام) تدفین شده است.