پرونده‌های شکایت بازیکنان خارجی باشگاه استقلال از این تیم مهم‌ترین دغدغه «علی فتح‌الله‌زاده» است و او به خوبی می‌داند اگر نتواند چالش‌های به وجود آمده را برطرف کند به طور حتم با انتقادات زیادی مواجه خواهد شد.
رای فیفا در خصوص شکایت وینفرد شفر از باشگاه استقلال به تهران رسیده است و فتح‌الله‌زاده ۲ هفته فرصت دارد ۶۰۰ هزار دلار طلب سرمربی آلمانی و اخراجی آبی‌ها را پرداخت و یا به آن اعتراض کند در غیر این صورت عواقب سختی در انتظار آبی‌پوشان خواهد بود.
سرور جپاروف بازیکن ازبکستانی که روزهای خوبی را در استقلال سپری کرد، جدی‌ترین طلبکار این روزهای استقلال است؛ طلب او از آبی‌پوشان تهرانی ۹۰ هزار دلار است و در صورتی که باشگاه استقلال تا روز پنج‌شنبه ۲۲ اسفندماه طلب وی را پرداخت نکند به طور حتم با جرایم سنگینی از سوی فیفا روبرو خواهد شد.
گادوین منشا نیز که در نیم‌فصل دوم لیگ سال گذشته پیراهن استقلال را پوشید، دیگر طلبکار استقلال است که مسوولان این تیم زمان کمی برای پرداخت مطالبات وی در اختیار دارند.
منشا که از باشگاه استقلال طلب ۶۸ هزار دلاری دارد به فیفا شکایت کرده است.
شکایت رسمی منشا به باشگاه استقلال رسیده است و مسوولان این تیم تا چهارم فروردین‌ماه ۹۹ فرصت دارند تا مطالبات این بازیکن را پرداخت کنند.