در پی ارتحال آیت‌الله محسن حبیبی و رأی هیات امنای مدرسه علمیه آیت‌الله مجتهدی تهرانی و تنفیذ و موافقت اکید رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای با رای هیات امنای مدرسه، حجت‌الاسلام والمسلمین میرهاشم حسینی، طی حکمی از سوی آیت‌الله علی اکبر رشاد، رئیس شورای حوزه‌های علمیه استان تهران، به عنوان مسئول و متولی امور این مرکز علمی منصوب شد.
حجت‌الاسلام والمسلمین میرهاشم حسینی از دانش‌آموختگان مدرسه آیت‌الله مجتهدی و از اساتید سطوح عالی حوزه علمیه قم است.
متن حکم آیت‌الله رشاد به شرح زیر است: با توجه به رای هیات امنای محترم مدرسه‌ی علمیه‌ی آیت‌الله مجتهدی تهرانی (قدّه) و تنفیذ و موافقت اکید رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای (دام ظله الوارف)، جناب عالی را که صاحب خصائل راقی اخلاقی، مراتب عالی علمی و تجارب و تواناییهای ارزندهی مدیریتی هستید، به عنوان مسئول و متولی امور این مرکز علمی منصوب می‌کنم.
رجاء واثق دارم در سایه توکل به ساحت سبحانی و توسل به ذیل عنایات اهل بیت وحی (س)، خاصّه صاحب اصلی حوزه‌های علمیه (صانها الله عن الحدثان) حضرت بقیت الله (ارواحنا لتراب مقدمه الفداء) و تدبیر و تلاش توام با اخلاص خود و مساعدت و معاضدت معاونان محترم، مدرسان و طلاب عزیز، مسیر مؤسس بزرگوار حضرت آیت‌الله مجتهدی (قدّس سرّه) را تداوم بخشیده، مساعی مخلصانه‌ی مسؤول راحلش حضرت آیت‌الله حبیبی (طاب ثراه) را به ثمر نشانده، شؤون آن مرکز فاخر را ارتقا خواهید داد.
اهم اموری که توقع می‌رود، به طور ویژه و با اولویت آنها را پیگیری بفرمایید، عبارتند از:
۱. ارتقاء هیات امنای مدرسه و تقویت جایگاه آن بمثابه مرجع تصمیمگیری های اساسی آن مرکز.
۲. ارتقای عوامل مدیریتی و علمی ـ تربیتی مدرسه فراخور شأن ممتاز آن واحد.
۳. ارزیابی و وضعیت‌سنجی آموزشی، تهذیبی و پژوهشی کنونه‌ی مدرسه، و اتخاذ تدابیر لازم برای رفع نواقص و ارتقاء کیفی شؤون فوق، بر اساس شاخص‌های ابلاغی مرکز مدیریت.
۴. تقویت جنبه‌های اخلاقی، تهذیبی و انقلابی طلاب با توجه به موقعیت برجسته‌ی آن مدرسه.
فرصت را مغتنم شمرده، فروتنانه و ادبگذارانه به روح مطهر و منور دو شخصیت بزرگوار، آیتین مجتهدی و حبیبی (قدّس سرّهما) درود می‌فرستم و متضرعانه از بارگاه بلند باری برای آنان غفران و علو درجات مسألت می‌دارم.
اللهمّ وفّقه و ایّای لما تحبّ و ترضی، و لاتجعلنا من الّذین یحسبون أنّهم یحسنون صنعاً، و اهدنا الی الصّواب و السّداد، فانّک خیر موفِّق و هاد.
مدرسه علمیه آیت‌الله مجتهدی یکی از بزرگترین و مهم‌ترین مدرسه‌های علمیه تهران است که توسط احمد مجتهدی تهرانی در سال ۱۳۷۵ (قمری) تأسیس شد. آیت الله محسن حبیبی تولیت پیشین این مدرسه (۱۵ اسفند گذشته) پس از یک دوره بیماری در سن هشتادویک سالگی درگذشت.