سید جعفرمرتضی عاملی محققی بزرگ و عالمی برجسته در جهان اسلام به شمار می‌آید. او در تاریخ اسلام و به ویژه سیره رسول اکرم(ص) متخصصی بزرگ و یگانه محسوب می‌شود. ایشان هم متتبع و هم محقق بود.
تتبع یعنی دنبال‌کردن و جستجو نمودن، متتبع کسی است که بسیاری از منابع را مطالعه کرده و از افکار و اقوال گوناگون اطلاعات حاصل می‌کند ولی قدرت نقد و بررسی مسائل را ندارد، نمی‌تواند سره از ناسره تشخیص دهد و به حقیقت مطلب و صحت آن پی ببرد. تحقیق یعنی دنبال حقیقت بودن و پژوهش‌کردن تا به‌واقع مطلب رسیدن و به حقیقت دست یافتن. محقق افزون بر آنکه متتبع هم هست، قدرت نقد و بررسی مسائل را هم دارد و می‌تواند مطلب صحیح را استنباط کرده و در بین اقوال و آرایی که جمع کرده است قول صحیح و حقیقت مطلب را تشخیص دهد و تعیین کند مانند محقق حلی (متوفی ۶۷۶ هجری) مولف کتاب شرایع‌الاسلام، محقق کَرَکی (متوفی ۹۴۰ هجری) مولف کتاب جامعالمقاصد و محمدحسن نجفی (متوفای ۱۲۶۶ هجری ) مولف جواهرالکلام.
سیدجعفرمرتضی عاملی به‌تمامی مطالب، اقوال و روایات در سیره رسول اکرم و تاریخ اسلام آگاهی داشت و آن‌ها را جمع‌آوری می‌کرد، آن‌گاه از این بین انبوه مطالب، اقوال صحیح را استخراج می‌کرد. کتاب ارزشمند «الصحیح من سیره النبی‌الاعظم» وی شاهدی گویا بر این مدعاست.
سید جعفرمرتضی عاملی از نظر اخلاق و روش اجتماعی و رفتار نیز سرآمد و نادرالمثال بود. مردی فروتن و بسیار متواضع. این‌جانب در اوایل دهه شصت با ایشان آشنا شدم و درحالی‌که من یک طلبه بسیار کوچک بودم ولی ایشان با من به‌عنوان یک عالم برخورد می‌کرد و پاسخگوی پرسش‌های من بود و با من مباحثات دقیق علمی می‌نمود.
در سال ۱۳۸۳ که این‌جانب با همسرم به جنوب لبنان و روستای عیتاالجبل سفر کردیم، ایشان با تواضع بسیار زیاد از ما استقبال کرد به‌حدی که همسر من که سید را نمی‌شناخت گمان کرد که ایشان از خادمان سیدجعفر است.
سیدجعفرمرتضی عاملی همیشه مشغول مطالعه و نگارش بود حتی در دوران کسالت. در سال ۱۳۹۳ که من بیمار بودم با آنکه خود ایشان دچار بیماری صعب‌العلاجی بود به عیادت من آمد و فرمود من چند جلد از موسوعه امام حسین (ع) را در دوران بیماری‌ام نوشتم.
در تابستان ۱۳۹۶ نیز یک روز همراه خانواده‌اش به روستای پدری من واقع در ۶۰ کیلومتری استان قم بخش خلجستان آمد و از صبح تا عصر که در آنجا حضور داشت با اینکه سخت بیمار بود اما مشغول مطالعه و نگارش بود.
ایشان سرانجام در چهارم آبان ۱۳۹۸ در بیروت درگذشت؛ خدایش بیامرزد و با اجداد طاهرینش محشور گرداند.