پیشینه دریانوردی در این خلیج، به دو هزار سال قبل از میلاد برمی گردد و امروزه ۳۰ درصد نفت و محصولات حاصل از آن، توسط کشتی های مختلف در این منطقه حمل و نقل می شود؛ این موضوع یکی از عوامل آلودگی آب های نیلگون خلیج همیشه فارس است. رها شدن مواد خام نفتی در خلیج، ورود آب توازن کشتی ها در این منطقه، آتش سوزی ها و پساب حاصل از کارخانه‌های صنعتی سواحل، از عواملی هستند که زیبایی های خلیج فارس را تهدید و این اکوسیستم را از حالت طبیعی خارج کرده‌اند.
خلیج فارس با مساحت ۲۳۷ هزار کیلومتر مربع، سومین خلیج بزرگ جهان بوده و از طریق دریای عمان به آب‌های آزاد اقیانوس هند، ارتباط دارد. بیش از ۴۰ جزیره ایرانی (مسکونی و غیرمسکونی) درون خلیج یاد شده وجود دارد که جزیره های کیش، قشم، هندورابی و دو تنب، از مهمترین آنها به شمار می روند.
تنوع گونه ای جانداران درون آب های نیلگون خلیج فارس، بسیار وسیع و قابل تامل است، از منظر شیلاتی، خلیج مذکور با داشتن ماهیان مختلف اقتصادی از جمله حلوا سفید و سیاه، شوریده، شانک، هامور، شیر ماهی، سرخو و... میگو و انواع صدف های خوراکی، از تنوع زیستی بالایی برخوردار است که نه تنها به جهت فعالیت های تحقیقاتی و اقتصادی بلکه از منظر بهبود وضعیت معیشتی بومیان منطقه و اشتغال زایی حائز اهمیت هستند.
پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان که در سال ۱۳۶۱ تاسیس شد و ایستگاه تحقیقاتی نرمتنان را در اختیار دارد، پژوهشکده میگوی کشور که در سال ۱۳۵۶ شکل گرفت و ایستگاه های تحقیقاتی بندرگاه، حله و خلیج فارس را تحت پوشش دارد و پژوهشکده آبزی پروری آب های جنوب کشور که بنای آن در سال ۱۳۶۷ پایه ریزی شد و اکنونایستگاه تحقیقاتی دریایی بندر امام، از ایستگاه های زیرمجموعه این پژوهشکده است، از جمله مراکز وابسته به موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور هستند که به صورت تخصصی انجام پروژه های تحقیقاتی مربوط به آبزیان خلیج فارس را به عهده دارند.
از جمله می توان به پایش تغییرات و نوسانات زمانی، مکانی ذخایر آبزیان با تاکید بر گونه های با ارزش اقتصادی، بررسی پارامترهای زیستی و غیر زیستی، ارزیابی اثرات ناشی از فعالیتهای انسانی و توسعه صنایع در محیط زیست دریایی و آبزیان، روند اثرات تغییر اقلیم بر محیط دریایی، شناسایی عوامل موثر بر تخریب زیستگاه های ساحلی دریایی و بررسی روند آلاینده ها و آلودگی های ساحلی دریایی اشاره کرد که فراهم آورنده اطلاعات مهم جهت تصمیم گیری بخش اجرا در مورد صیادی و فعالیت های مختلف دریایی است. در کنار این وظایف حاکمیتی یاد شده، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، برای حفاظت، بازسازی ذخایر ژنتیکی و زیستگاه های حساس آسیب‌پذیر شیلاتی و توسعه آبزی پروری دریایی به دلیل کاهش منابع آب های شیرین داخلی، راهکارهایی علمی پیش بینی و ارائه می کند.
طبق آخرین برآورد صورت گرفته، حدود ۷۸ زیستگاه اختصاصی ساحلی- دریایی در حوزه خلیج فارس شناسایی شده اند که به همراه تنگه هرمز و دریای عمان در مجموع بخشی از "منطقه ۵۱ صیادی جهان (طبقه بندی فائو)" محسوب می‌شوند.
اگرچه محققان علوم شیلاتی وابسته به این موسسه، تاکنون بیش از ۱۵۰ پروژه مربوط به خلیج فارس را در زمینه ها و عناوین مختلف انجام داده اند، اما باز هم بی وقفه تلاش می‌کنند تا بیش از پیش،خلیج‌فارس و ذخایر آن را به‌عنوان یک ثروت ملی مورد حمایت و بهره برداری علمی، اقتصادی و پایدار قرار دهند تا میراثی برای آیندگان باشد.