محمدرضا لطفی در ۱۷ دی ۱۳۲۵ خورشیدی در گرگان و خانواده‌ای فرهنگی دیده به جهان گشود، پدر و مادر وی هر ۲ معلم و زاده گرگان بودند. مادرش علاوه بر معلمی، قرآن نیز تدریس می‌کرد اما پدرش پس از مدتی حرفه معلمی را رها کرد و به تجارت و زراعت پرداخت. لطفی می‌گوید: پدر و مادرم هر ۲ عاشق و دوست‌دارِ موسیقی بودند و پدرم خواننده و نوازنده تار نیز بود و صدایش به صدای رضاقلی‌میرزا ضِلّی شباهت داشت؛ اما با زنگ بیشتر. لطفی در زادگاهش تحصیلاتِ عمومی خود را گذراند و در آغازِ جوانی برای فراگیریِ ساز تار به تهران نقل مکان کرد، او در ابتدا در کلاس‌هایِ شبانه هنرستانِ موسیقی نام‌نویسی کرد و سپس به کلاس‌هایِ روزانه نیز راه یافت و به مدت پنج سال در کلاس‌های آزادِ هنرستان موسیقی به آموختن موسیقی نزد افرادی مانند علی اکبر شهنازی و حبیب‌الله صالحی پرداخت. وی در دوره هنرستان به دعوتِ حسین دهلوی موسیقیدان و آهنگساز ایرانی به ارکستر صبا رفت و به عنوان نوازنده تار مشغول به کار شد و در ۱۳۴۳ خورشیدی جایزه نخست موسیقی‌دانان جوان را نیز کسب کرد.
لطفی دوران سربازیِ خود را با سپاهِ دانش به سنندج رفت و پس از پایان سربازی به دانشگاه راه یافت و زیر نظر محمد تقی مسعودیه و با رساله موسیقیِ آوازیِ ایران مکتب اصفهان و تبریز موفق به دریافت مدرک کارشناسی از دانشکده هنرهای زیبای تهران شد و در همان‌جا شروع به تدریس کرد و در ۱۳۵۳ خورشیدی به عضویت گروه علمی دانشکده موسیقی درآمد و به مدت یک سال و نیم مدیر گروه موسیقی دانشکده موسیقی هنرهای زیبای تهران بود.
چگونگی آشنایی با موسیقی
این موسیقیدان سرشناس در خصوص چگونگی آشناییش با موسیقی گفته است: وقتی که وارد هنرستان عالی موسیقی شدم، اولین آشنایی من با مرحوم مرتضی حنانه بود و حتی خاطرم هست که از من یک آزمونی را به عمل آوردند. در آن وقت ایشان یک فرد جوانی بودند و تا آنجایی که یادم می‌آید تازه از کشور ایتالیا بازگشته بودند، یعنی ظاهراً برای تحصیل رفته بودند. ایشان مُصر بودند که من در زمینه موسیقی با خودشان به تحصیل بپردازم. البته در بین راه به علت تضادهای فکری که در وضعیت خانوادگی ما وجود داشت، نگرش نسبت به موسیقی که خصوصاً از طریق خانواده مادر به مادرم اعمال می‌شد، داشت این خطر را بوجود می‌آورد که من از موسیقی کنده شوم. یعنی حتی مادرم داشتند، اقدام خیلی قاطعی انجام می‌دادند که پرونده‌ام از هنرستان گرفته شود، چون در آن وقت می‌گفتند که فرزند شما آنجا می‌رود که یک مطرب شود و استنباط و استدلال قوی و غنی و درستی از هنر موسیقی در اذهان نبود. پدر مادر من، آیت... مقدس رشتی و از افراد همزمان و به نحوی می‌شود گفت که هم نظر با میرزا کوچک خان جنگلی در آن وقت بودند و خوب به طبع آن تاثیرات فکری، به خصوص از طریق خاله بنده -که ایشان راه پدر را ادامه می‌دادند- با نفوذ به مادر من به چنین استنباطی رسیده بودند که شاید ادامه حضور من در هنرستان در زمینه موسیقی باعث شود که من به یک مطرب تبدیل شوم و با آن استنباط، مادرم هم عزم را جزم کردند که بیایند و پرونده مرا بگیرند. هیچ یادم نمی‌رود که ـ خدا رحمتشان کند ـ مرحوم مرتضی حنانه سخت مانع این موضوع شدند و ـ شاید به علت اندک استعداد و زمینه‌ای که در من دیدند، از اینکه پرونده من داده شود و من از هنرستان خارج شوم ممانعت کردند و به همین دلیل در هنرستان ماندم و دیپلم هنرستان را دریافت کردم. بعد از فارغ‌التحصیلی با توجه به وضعیت تحصیلی که داشتم، هنرستان به دانشجویان رتبه اول بورس تحصیلی می‌داد که این بورس تحصیلی شامل حال بنده شد و با پیش‌بینی که برای پرفسور کلر که در کشور آلمان، شهر هامبورگ برای ادامه تحصیلات موسیقی‌ام داشتم و می‌خواستم خدمتشان بروم به آن شهر عزیمت کردم. بنابراین بعد از دریافت لیسانسم در ایران، به آکادمی موسیقی هامبورگ رفتم و پس از گذراندن امتحان ورودی وارد آکادمی شدم. بعد از تحصیلات آنجا که به مرتبه فوق‌لیسانس اینجا تلقی می‌شود، در سال ۱۳۵۶ به کشور بازگشتم.
فعالیت در گروه شیدا و کانون موسیقی چاووش
این نوازنده چیره دست در ۱۳۵۴ خورشیدی گروه شیدا را راه اندازی کرد و به همراه گروه عارف به سرپرستی حسین علیزاده آهنگساز و نوازنده ایرانی به بازخوانی و اجرای دوباره آثار گذشتگان پرداخت اما این گروه در اعتراض به رژیم پهلوی از همکاری با رادیو انصراف داد و کانون موسیقی چاووش را با همکاری هنرمندانی مانند حسین علیزاده، پرویز مشکاتیان، علی اکبر شکارچی و ... راه‌اندازی کرد و در طول یک فعالیت چشمگیر آثاری از این گروه به جای ماند که به گفته بسیاری از اساتید از بهترین کارهای موسیقی ایران به شمار می‌روند در واقع آثار کانون چاووش هم از جایگاه اجتماعی و سیاسی مهمی برخوردار هستند و هم از دیدگاه موسیقیایی تحول و پیشرفت مهمی در زمینه موسیقی سنتی ایران به وجود آوردند که تاثیر مهمی هم در سبک و شیوه اجرایی (چه نوازندگی چه خوانندگی)، هم در نوع رویکرد به یک قطعه موسیقی به مثابه یک کل، هم در شیوه رنگ آمیزی و صدادهی ارکستر و به ویژه در تلاش برای استفاده از تکنیک چندصدایی نویسی در موسیقی سنتی ایرانی گذاشت. گروه‌های عارف و شیدا زیر نظر کانون چاووش تا قبل از ۲۲ بهمن ۱۳۵۷خورشیدی به طور مخفیانه آثاری تولید می‌کردند از جمله سه سرود شب‌نورد (برادر نوجوونه)، سپیده ایران ای سرای امید و آزادی. محمد رضا لطفی در بولتن آوای شیدا می‌نویسد، این سرودها در زیر زمین خانه مسکونی او تولید می‌شد و در همان‌جا نوار کاست آن تکثیر می‌شد. سپس آلبوم‌های چاووش شامل چاووش یک تا ۱۲ منتشر شدند.
لطفی همزمان که به نوازندگی تار مشغول بود، سه‌تار نیز می‌نواخت. وی به صورت رسمی در ۱۳۶۲خورشیدی با انتشار آلبوم به یاد درویش‌خان سه‌تار نوازی را شروع کرد، انتشار این آلبوم شور و اشتیاق فراوانی را در میانِ جوانان برای یادگیریِ سه‌تار به راه انداخت تا آنجا که مدرسانِ سه‌تار کانون چاووش که تنها استاد لطفی و محمد فیروزی را شامل آن می‌شدند، از عهده آموزش این تعداد متقاضی برنیامدند و مدرسانِ تارِ کانون نیز نهایتاً به آموزش سه‌تار مشغول شدند باید اذعان کرد که ساز سه‌تار تا پیش از انقلاب، سازی مهجور بود که در طول سال‌ها تنها احمد عبادی نوازنده مطرح به نوازندگیِ این ساز مشغول بود. لطفی در نخستین اجرایی که با سه‌تار منتشر کرد، همان روشی را پیش گرفت که پیش از این با تار پیش گرفته بود. او مبنای نوازندگی‌اش را ردیف قرار داده بود و آن را با نوازندگی مجلسی به شکل به‌هنجاری ترکیب کرد و به نمایش گذاشت. او در نوازندگیِ سه‌تار بیش از هر شخصی تحت تأثیر استاد ابوالحسن صبا بود و اندک گرایشی نیز به نوازندگی احمد عبادی داشت. آلبوم به یاد درویش‌خان نتیجه هشت سال تلاش و زحمتِ استاد لطفی بر روی ساز سه‌تار بود. همچنین لطفی به نوازندگیِ ویولن کلاسیک نیز مشغول بود و به گفته خودش زمانی در ۲۳ سالگی پس از اینکه تمامیِ آموزش‌های ردیف، رِنگ‌ها، ضربی‌ها و… را پشتِ سر گذاشته بود، موسیقیِ ایرانی را رها کرد تا به سراغ موسیقی کلاسیک غرب برود و در آمریکا ادامه تحصیل بدهد اما از آنجا که موسیقی ایرانی به وی احتیاج داشت، تصمیم گرفت که فقط به موسیقی ایرانی بپردازد.
دوری از وطن
این مدرس و پژوهشگر موسیقی پس از انحلال چاووش از ایران خارج شد و بعد از خروج از ایران با حسین علیزاده به دونوازی پرداخت. حسین علیزاده این دونوازی‌ها را به دلیل حس مشترکی که آن ۲ با بیانی متفاوت در اجراهایشان داشتند، اجراهایی منقلب‌کننده می‌داند. این ۲ سپس با حسین عمومی و محمد قوی‌حلم همراه شدند و کنسرت بزرگی را در پاریس برگزار کردند و سپس برای تور کنسرتی به آمریکا رفتند که این سفر سبب شد تا لطفی از ۱۳۶۵ خورشیدی تا ۱۳۸۵ خورشیدی به ایران بازنگردد، او در طولِ این سال‌ها، علاوه بر کنسرت‌های متعدد در سراسر آمریکا، مؤسسه فرهنگی و هنری آوای شیدا را در واشینگتن، دی. سی. بنیان گذاشت و شعبه‌های دیگر آن را در شهرهای مختلف جهان از جمله پاریس، زوریخ و ژنو بازگشایی کرد.
بازگشت به ایران و آغاز فعالیت های آموزشی و هنری
این استاد برجسته موسیقی در ۱۳۸۵ خورشیدی پس از سال ها دوری از ایران به وطن خود بازگشت و با ثبت آثاری در مؤسسه آوای شیدا به فعالیت هنری خود ادامه داد. همچنین وی در هنرستان آزاد موسیقی با نام مکتبخانه میرزا عبدالله مشغول فعالیت شد، این هنرستان موسسه‌ای آموزشی بود که پیش از آن به سرپرستی و زیر نظر لطفی تشکیل شده بود، این مکتبخانه به تعلیم ساز و آواز ایرانی با متد تاریخی آن یعنی به صورت شفاهی می‌پرداخت. محتوای دروس بر پایه ردیف میرزا عبدالله بود که با نام متن و حاشیه ردیف شناخته می شد. در کنار آموزش ردیف به پیشرفت فن تکنیک نوازندگی هنرجویان با متد برگرفته از ردیف نیز توجه می‌شد. وی شاگردان بسیاری را تربیت کرد و از او به عنوان یکی از بزرگ‌ترین مدرسان موسیقی یاد می‌کنند از میان شاگردانش می‌توان اردشیر کامکار، حمید متبسم، مجید درخشانی، صدیق تعریف، بیژن کامکار، ارشد طهماسبی، مازیار شاهی، هادی منتظری و زیدالله طلوعی را نام برد.
از جمله مهم ترین آثار این نوازنده بزرگ می‌توان به از میان ریگ‌ها و الماس‌ها، جان جان، کنسرت شیدا، هنگامه اخوان و لطفی، به یاد عارف، سپیده، عشق داند، چاووش ۱ تا ۱۲(مجموعه البوم)، موسیقی متن فیلم حاجی واشنگتن، به یاد طاهرزاده، بیداد، چشمه نوش، چهرگاه، به یاد درویش خان، گریه بید، معمای هستی، ردیف آوازی عبدالله دوامی، چهره به چهره، راست پنجگاه، رمز عشق، بیخود شده، بسته نگار، صد سال تار، یادواره استاد مهدی کمالیان، جام تهی، قافله سالار، پرواز عشق، خموشانه، یادواره استاد نورعلی برومند، همیشه در میان، تنها یک خاطره، صد سال سه تار، کنسرت کاخ نیاوران، ردیف میرزاعبدالله، وطنم ایران، یادواره عارف قزوینی، بال در بال، ای عاشقان، کنسرت گروه بانوان شیدا، بهانه از توست، سایه جان، هزار مضراب-نم باران، شبروان، کنسرت هنر گام زمان، یادواره رضاقلی‌میرزا ظلی، جادوی سکوت، زخمه ساز، کنسرت شهر اصفهان و سربداران اشاره کرد. همچنین از اوایل دهه هفتاد کتابی با عنوان کتاب سال شیدا به کوشش این استاد برجسته موسیقی چاپ شد. موضوع و مطالب کتاب حاوی مقالات گردآوری شده به قلم موسیقیدان‌های ایرانی و همچنین مقالات ترجمه شده در باب موسیقی بود. لطفی در هر شماره کتاب مقاله‌ای پژوهشی از موسیقی ارایه می‌داد.
وفات
سرانجام این موسیقیدان نامدار ایرانی پس از تحمل مدت ها درد و رنج ناشی از بیماری سرطان در ۱۲ اردیبهشت ۱۳۹۳ خورشیدی چشم از جهان فروبست و در زادگاهش به خاک سپرده شد.