با توجه به اعلام تاریخ جدید برگزاری آزمون کارشناسی ارشد ناپیوسته سال ۱۳۹۹ در روزهای دوم و سوم مردادماه، سازمان سنجش آموزش کشور به منظور مساعدت و همراهی با داوطلبانی که پیش از این در مهلت های مقرر موفق به ثبت‌نام در آزمون نشده‌اند، ترتیبی اتخاذ کرد تا آنها در بازه زمانی ۲۳ تا ۲۷ اردیبهشت ماه جاری پس از مطالعه دقیق دفترچه راهنمای ثبت‌نام و اطلاعیه‌های مربوط به اصلاحات آن دفترچه نسبت به ثبت‌نام در این آزمون اقدام کنند.
فرآیند ثبت نام در کنکور کارشناسی ارشد سال ۹۹ یک بار در فاصله زمانی ۱۶ تا ۲۸ آذر ماه، بار دیگر از ۱۴ تا ۱۶ بهمن ماه و نیز اول تا سوم اردیبهشت ماه انجام شد.
همچنین داوطلبان ثبت‌نام کننده در آزمون مذکور جهت پذیرش در رشته های دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی دولتی و غیر دولتی همچنین دانشگاه آزاد اسلامی که پیش از این ثبت نام کرده اند، مهلت مجدد ویرایش اطلاعات فراهم شده است.
بر این اساس، داوطلبان با مراجعه به سامانه سازمان سنجش آموزش کشور به نشانی اینترنتی www.sanjesh.org نسبت به ثبت نام یا ویرایش اطلاعات اقدام کنند.
شیوع ویروس کرونا برای سومین بار زمان برگزاری کنکور کارشناسی ارشد سال جاری را هم تغییر داد. ابتدا قرار بود این آزمون روزهای ۲۸ و ۲۹ فروردین ماه برگزار شود اما این آزمون به تاخیر افتاد و تاریخ ۲۲ و ۲۳ خردادماه زمان برگزاری این آزمون در نظر گرفته شد. با این حال، به علت تعطیلی کلاس های درس، ادامه شیوع کرونا و نگرانی های داوطلبان، ستاد ملی مقابله با کرونا تاریخ برگزاری کنکور را بار دیگر تغییر داد و مقرر شد در روزهای دوم و سوم مردادماه کنکور کارشناسی ارشد به فاصله ۱۰ روز بعد کنکور دکتری برگزار شود.
سازمان سنجش آموزش کشور به منظور رفاه حال داوطلبان، امکان تغییر حوزه های امتحانی را هم برای آنها فراهم کرد که در آخرین امار اعلام شده، ۱۰ هزار و ۳۷۷ نفر حوزه های امتحانی خود را تغییر دادند.
تاکنون ۶۷۷ هزار و ۴۱۵ نفر در آزمون کارشناسی ارشد سال ۹۹ ثبت نام کرده اند.