او دوازده سال، یعنی از ۱۳۲۱ تا ۱۳۳۳، ریاست دانشگاه تهران را عهده‌دار بود. او زمانی که عنان کار را به دست گرفت که به قول خودش «هنوز برای دانشگاه به زبان فارسی کتاب‌های درسی وجود نداشت.»
اما دکتر سیاسی افزون بر آنکه «شهرک دانشگاهی» یا همان کوی دانشگاه را در امیرآباد تهران راه انداخت یا دانشکده‌های کشاورزی و دامپزشکی را پیوند داد و دانشکده معقول و منقول را افتتاح کرد یا کاری کرد که موسساتی مانند موسسه باستان‌شناسی و موسسه روان‌شناسی و موسسه مطالعات و تحقیقات اجتماعی در دانشگاه تهران ایجاد شود، کوشید تا به ارباب قدرت بفهماند، دانشگاه نهادی مستقل است و اگر قرار باشد استقلال آن، لکه‌دار شود، تحمل نخواهد کرد. او انتخاب روسای دانشکده‌ها را به دست استادان و انتخاب رئیس دانشگاه را به دست شورایی از روسای دانشکده‌ها سپرد تا همه‌چیز به معنای واقعی کلمه از و در دانشگاه صورت پذیرد.
یکی از آن اتفاقات که دکتر سیاسی متوجه شد مشمول دخالت شده است، ماجرای آن دوازده استاد دانشگاه است. آنها که به گواهی مقصود فراستخواه در روایت «دانشگاه/ تاریخچه دانشکده فنی» در روزنامه اطلاعات (چهارشنبه ۱۵ مهر ۱۳۹۴)، شامل «دکتر عبدالله معظمی (استاد دانشکده حقوق)، مهندس مهدی بازرگان (استاد دانشکده فنی)، دکتر یدالله سحابی (استاد دانشکده علوم)، دکتر محمد قریب (استاد دانشکده پزشکی)، دکتر رحیم عابدی (استاد دانشکده علوم)، دکتر کمال‌الدین جناب (استاد دانشکده علوم)، مهندس منصور عطایی (رئیس و استاد دانشکده کشاورزی)، مهندس عبدالحسین خلیلی (رئیس و استاد دانشکده فنی)، مهندس انتظام (استاد دانشکده کشاورزی)، دکتر نعمت‌اللهی (استاد دانشکده پزشکی)، دکتر اسدالله بیژن (رئیس و استاد دانشکده علوم) و دکتر کریم میربابایی (استاد دانشکده دامپزشکی)» بودند. آنها که پس از کودتای ۲۸ مرداد، دیگر به تنگ آمده بودند، علیه کنسرسیوم نفت، در سال ۱۳۳۳، بیانیه‌ای با فحوای «تمام زحمات و محرومیت‌ها و خدمات و قربانی‌های ملت ایران در راه حصول حق ملّی را می‌خواهند بر باد دهند. هیچ‌وقت وضع کشور ما به این اندازه اسف‌انگیز و دلخراش نبود، آزادی عمل جز برای اشخاصی که با دریافت دستمزد ناچیزی درصدد تأمین منافع استعماری باشند وجود ندارد، تمام روزنامه‌های مخالف دولت در توقیف، چاپخانه‌ها تحت کنترل شدید می‌باشند، انواع و اقسام فشار و تضییقات برای ملیون و آزادی‌خواهان و شکنجه‌های وحشیانه برای مبارزان راهِ حقیقت و آزادی وجود دارد و اکثر زعمای قوم، که مورد علاقه و تکریم ملتند، یا در گوشه‌ی زندان و اختفا به‌سر می‌برند یا تحت نظر مأمورین انتظامی می‌باشند. منظور غایی و اصلی از تمامِ این اَعمال همانا انجام قراردادی برای نفت ایران و تثبیت اوضاع و احوال سابق است که مباین با حیثیت و استقلال و آزادی ملی است. هر قراردادی را که با چنین قیود و شروط و کیفیات امضاء و تصویب و مبادله نمایند منبعث و ناشی از اراده‌ی ملت ایران نیست و باطل و کان‌لم‌یکن و ملغیالاثر می‌باشد و برای ملت ایران به‌هیچ‌وجه الزام‌آور نخواهد بود» نوشتند و امضا کردند.
دکتر سیاسی در خاطرات خود، درباره آن واقعه نوشته است: «روزی سپهبد زاهدی نخست‌وزیر تلفن کرد به دیدنش بروم. در این ملاقات پس از تعارفات معمول ورقه‌ای از کشوی میزش بیرون آورد و جلوی من گذاشت و گفت: اعلیحضرت امر فرموده‌اند اینها را از دانشگاه اخراج کنید. روی ورقه اسامی این استادان نوشته شده بود: دکتر عبدالله معظمی، دکتر سحابی، مهندس بازرگان، دکتر جناب، دکتر سنجابی، دکتر آل‌بویه، دکتر نواب، مهندس حسیبی، دکتر عابدی، دکتر محمد قریب... گفتم به چه مناسبت؟ علت چیست؟ چه گناهی کرده‌اند؟ گفت عجب! جنابعالی بیانیه آنها را نخوانده‌اید؟ بیانیه چاپی را نشان داد که ندیده بودم. آن را با عجله خواندم و ناراحت شدم. خلاصه‌اش این بود که امضاکنندگان، لایحه پیشنهادی به مجلس مربوط به قرارداد نفت با کنسرسیوم را به ضرر ایران دانسته ضمناً وقایع بیست‌وهشتم مرداد را صحنه‌سازی اعلام داشته و معتقد بودند که دولت ملی مصدق را خارجیان از کار انداخته و دولت دست‌نشانده خود را سر کار آورده‌اند. نخست‌وزیر گفت اعلیحضرت فوق‌العاده خشمناکند و اخراج فوری اینها را می‌خواهند. گفتم من‌که از این موضوع به‌کلی بی‌خبر بودم. باید به من مجال دهید در این‌باره تحقیقاتی بکنم، شاید این اعلامیه ساختگی باشد یا در تنظیم آن یا هنگام چاپ آن تصرفاتی صورت گرفته باشد. نخست‌وزیر گفت: خود دانی، من امر اعلیحضرت را به جنابعالی ابلاغ کردم. گفتم همین دو روزه نتیجه را به جنابعالی اطلاع خواهم داد.»
اگرچه سخنگوی آنها مهندس بازرگان بود اما او فردای آن روز، همه این استادان را به حضور خواست و گله کرد که «شما حق نداشتید پای دانشگاهِ بی‌طرف را به میان بکشید» و به آنان گوشزد کرده بود که «ما دیگر در دوره مصدق نیستیم، حتی در دوره‌های پیش از آن هم، که اظهارنظر در امور کشور تا حدی آزاد بود نیستیم. حالا سر و کار ما با دولتی است قوی و تقریبا خودکامه. ممکن است تمام زحماتی که ۱۲ سال برای استقلال و عظمت دانشگاه و احترام به استاد کشیده‌ایم، از بین برود.»
اگرچه این دوازده استاد، زیر بار نمی‌رفتند اما دکتر سیاسی که نیل به هدف خود یعنی حفظ استقلال دانشگاه را در نظر داشت، آنان را علی‌رغم میل باطنی، راضی به امضای «صورت‌مجلس»ی کرد «دال بر اینکه سوءتفاهمی در کار بوده و قصد اهانت به مقامات بالا نداشته»اند. زاهدی «با کمال بی‌میلی»، آن ورقه را به رویت شاه رسانید. او هم برافروخته شده بود و گفته بود «من اخراج آنها را خواسته‌ام نه این ورقه را.»
دکتر سیاسی اما با این استدلال که «اینها شخصیت‌های علمی هستند و هرکدام در رشته خود متخصص و کم‌نظیر و احیانا در ایران بی‌نظیرند. از دست دادن آنها، به فرض اینکه ممکن باشد، قسمت مهمی از کارهای آموزشی و علمی دانشگاه را معطل خواهد کرد» و حتی به او گفت که «من اگر دستم را قطع کنند، با ابلاغ اخراج این استادان موافقت نخواهم کرد.»
زاهدی که تلاش خود را بی‌نتیجه دید، از ناحیه خود اقدام کرد و رضا جعفری، کفیل وزارت فرهنگ، استادان را در اقدامی غیرقانونی اخراج کرد و از آن‌سو، شاه هم که کینه دکتر سیاسی را به خود گرفته بود، کوشید تا قانون دانشگاه تغییر دهد و بدین‌ترتیب، خدماتِ او پس از چهاردوره سه‌ساله در دانشگاه پایان گرفت.
با اینکه آن یازده نفر از آن استادان (جز دکتر معظمی)، یک سال بعد، که منوچهر اقبال به ریاست دانشگاه رسید، به کلاس‌های خود بازگشتند، اما دیگر دانشگاه، آن استقلالِ گذشته را نداشت که دکتر علی‌اکبر سیاسی برای رسیدن به آن خونِ دل خورده بود.
او که در سال ۱۲۷۴ در تهران متولد شده بود، در پنجم خرداد ۱۳۶۹ دار فانی را وداع گفت.