آیت‌الله حاج شیخ محمد صدوقی فرزند میرزا ابوطالب در سال ۱۳۲۸در خانواده ای روحانی و دینی در یزد متولد شد و در کودکی پدر و مادر خود را از دست داد و تحت سرپرستی پسر عموی خود میرزا محمد کرمانشاهی 'تربیت یافت و در حدود ۱۳ سالگی به تحصیل علوم دینی روی آورد.
این شهید بزرگوار با ورود به مدرسه علمیه عبدالرحیم خان، مقدمات منطق و بخشی از سطوح فقه و اصول را نزد حضرات آیات و حجج اسلام سید علی محمد کازرونی ، حاج شیخ غلامرضا فقیه خراسانی ، علی بمان و محمد زارچی فرا گرفت.
در سال ۱۳۴۸ شمسی برای ادامه تحصیل راهی اصفهان شد و در مدرسه چهار باغ سکنی گزید اما پس از یک سال به دلیل اوضاع نامساعد جوی و سرمای شدید به یزد و از آنجا به قم عزیمت کرد.
وی در آنجا دروس سطح و خارج فقه و اصول را در محضر آیات عظام حاج شیخ عبدالکریم حایری یزدی مؤسس حوزه علمیه قم ، سید صدرالدین صدر ، سید محمد تقی خوانساری ، سید محمد حجت ، میرزا محمد همدانی ، سید شهاب الدین مرعشی نجفی و سید حسین بروجردی به پایان برد و به درجه اجتهاد نائل آمد.
شهید صدوقی در بدو ورود به شهر مقدس قم ضمن آشنایی و برقراری روابط صمیمانه با امام خمینی (ره) مورد عنایت ویژه آیت الله العظمی حایری یزدی قرار گرفت و انجام برخی امور حوزه از جمله مسائل مالی به وی واگذار شد و این امر پس از رحلت آیت الله حایری و در زمان آیات عظام سید محمد تقی خوانساری ، سید صدرالدین صدر و سید محمد حجت ادامه یافت.
چندی بعد وی همراه با برخی از بزرگان به تهران رفت و با دعوت از آیت الله العظمی بروجردی برای اقامت در قم و سرپرستی حوزه به اتفاق ایشان به قم عزیمت کرد.
وی در این زمان علاوه بر مسئولیت های گذشته، تولیت مدارس را نیز پذیرفت.
این شهید والامقام سرانجام پس از ۲۱ سال اقامت در قم به دعوت بزرگان و مردم یزد و به دستور آیت الله العظمی بروجردی و توصیه امام خمینی (ره) به این شهر عزیمت کرد.
وی در روز جمعه سوم بهمن ماه سال ۱۳۳۰ شمسی (۱۳۷۱ قمری) در میان استقبال گرم و پرشور مردم وارد یزد شد و به کار تدریس ، بازسازی مدارس علمیه ، برگزاری مجالس وعظ و خطابه، ترویج دین، حل مشکلات مردم و اقامه جماعت همت گمارد و زعامت دینی و مرجعیت امور شرعی را بر عهده گرفت.
آیت الله صدوقی در دوران ستم شاهی طاغوت از پیشگامان مبارزه با این رژیم بود و همواره با امام خمینی (ره) در زمینه مسائل نهضت ارتباطی تنگاتنگ داشت.
فعالیت های سیاسی و مبارزات آن بزرگوار با رژیم از سال ۱۳۴۱ شمسی با ارسال تلگرافی به شاه و مخالفت با تصویب انجمن های ایالتی و ولایتی وارد مرحله جدیدی شد و تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه یافت.
شهید صدوقی هدایت حرکت های انقلابی مردم مؤمن یزد و بخش دیگری از مناطق کشور را در دست داشت و اطلاعیه ها و سخنرانی های روشنگرانه او در مسجد روضه محمدیه (حظیره) باعث افزایش آگاهی سیاسی مردم و حضور جدی آنان در صحنه های مبارزه می شد.
همچنین ارتباط با گروه فدائیان اسلام و پشتیبانی از آنها، دیدار با روحانیون تبعیدی در مناطق مختلف ، حمایت از امام خمینی (ره) در حادثه ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲ و مهاجرت به تهران در اعتراض به دستگیری امام ، تشکیل جلسات بزرگداشت شهدای طلاب در حادثه ۱۹ دی قم ، اعتراض به کشتار ۲۹ بهمن مردم تبریز و اعلام عزا در سال جدید ، برگزاری مراسم چهلم شهدای تبریز در یزد که به شهادت عده ای از مردم و پیدایش حادثه دهم فروردین یزد منجر شد.
صدور اعلامیه ای در اعتراض به آتش سوزی سینما رکس آبادان و تصریح بر انجام این اقدام از سوی عمال رژیم پهلوی ، اعتراض به کشتار ۱۷ شهریور تهران و برپایی چند مجلس ترحیم به مناسبت شهادت سید مصطفی خمینی گوشه ای از فعالیت های سیاسی او در فاصله سالهای ۱۳۴۱ تا ۱۳۵۷ است.
آیت الله صدوقی پس از پیروزی انقلاب اسلامی ، از سوی امام خمینی (ره ) به امامت جمعه یزد منصوب شد، همچنین به نمایندگی از سوی مردم یزد به مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی راه یافت.
با شروع جنگ تحمیلی در جبهه ها حضوری فعال داشت و در موارد مختلف به یاری رزمندگان می شتافت و موجب تقویت روحیه و ایمان آنان می شد.
وی در انجام امور خیریه و خدمات اجتماعی نیز پیشتاز بود و آثار ارزنده ای در یزد و برخی از مناطق کشور از خویش به یادگار گذاشت که از جمله می توان به تعمیر و احداث ۱۸ مسجد از جمله مسجد روضه محمدیه و ملااسماعیل، احداث و مرمت ۱۹ مدرسه علمیه در استان یزد و شهرهای شیراز و مشهد، تأسیس حوزه علمیه خواهران مکتب الزهرا (س ) در یزد، تأسیس چندین بیمارستان ، درمانگاه ، سازمان خیریه و صندوق قرض الحسنه اشاره کرد.
آیت الله صدوقی عالمی برجسته و مجاهدی شجاع ، خستگی ناپذیر و مطیع ولایت بود و دیانت، قاطعیت، بلند همتی، پرهیزکاری، اخلاق نیکو، تواضع و فروتنی، متانت و مردم داری از ویژگی های بارز اخلاقی آن شهید عزیز به شمار می رفت، همواره بر شب زنده داری و قرائت قرآن عشق می ورزید و به اهل بیت (ع) ارادتی خاص داشت.
وی از دور اندیشی و روشن بینی سیاسی بالایی برخوردار بود و از اولین افرادی به شمار می رفت که با تیز بینی، خطر منافقین را دریافت و به مبارزه و روشنگری بر ضد آنان پرداخت.
این شهید گرانقدر به همین دلایل بارها از سوی منافقین مورد سوء قصد قرار گرفت و سرانجام در روز جمعه دهم رمضان ۱۴۰۲ قمری برابر با یازدهم تیرماه سال ۱۳۶۱ شمسی پس از ادای نماز جمعه در مسجد ملا اسماعیل این شهر هدف حمله ناجوانمردانه منافقان کوردل قرار گرفت و پس از آیت الله مدنی و آیت الله دستغیب، سومین امام جمعه ای بود که خط سرخ شهادت را امتداد بخشید.
پیکر مطهرش پس از اقامه نماز و تشییع بی نظیر از سوی مردم مؤمن دیار دارالعباده (یزد) در مسجد روضه محمدیه این شهر به خاک سپرده شد.
حضرت امام خمینی (ره) در پیامی به مناسبت شهادت وی فرمودند 'اینجانب دوستی عزیز که بیش از ۳۰ سال با او آشنا و روحیات عظیمش را از نزدیک درک کرده ام از دست دادم و اسلام خدمتگزاری متعهد و ایران فقیهی فداکار و استان یزد سرپرستی دانشمند را از دست داد.
استان یزد سه هزار و ۸۵۰ شهید تقدیم انقلاب اسلامی کرده است .