قوه مجریه در بین قوای سه‌گانه، از ابعاد مختلف دارای جایگاه مهم و متمایزی است که باعث شده در تحلیل‌های سیاسی و حقوقی طیف گسترده‌ای از تحلیل‌گران، نظام جمهوری اسلامی را نظام ریاستی یا حداقل نظامی نیمه ریاستی تلقی کنند. انتخاب رئیس جمهوری به صورت مستقیم از سوی مردم و وظایف گسترده قوه مجریه و رئیس جمهوری نمادی از اهمیت قوه مجریه در ساختار سیاسی و حقوقی جمهوری اسلامی ایران است.
علاوه بر مسئله فوق، اصل۱۱۳ قانون اساسی هم به مسئله جایگاه رئیس جمهور پرداخته که این اصل مسئولیت اجرای قانون اساسی را بر دوش رئیس جمهور به عنوان دومین مقام عالی نظام قرار داده که نشان از اهمیت این قوه و متمایز بودن آن از دو قوه دیگر دارد.
با این حال برخی از جریانات فکری و سیاسی در کشور معتقدند که تلفیق دو مفهوم جمهوری و اسلامی در قالب یک نظام سیاسی، دشوار بوده و منجر به پراکندگی قدرت در یک نظام سیاسی می‌شود. از این منظر، مستمراً نزاع و نقار میان دستگاه‌های وابسته به جمهوریت و اسلامیت نظام به‌وجود می‌آید و این وضعیت، منجر به چالش‌های درونی نظام می‌شود. هرچند این نوع تحلیل‌ها رادیکال و نیز مغرضانه به‌نظر می‌رسد اما نمی‌توان منکر برخی چالش‌های ساختاری شد.
این طیف اختلاف میان نهادهای قانونی نظام را بهترین دلیل برای مدعای خود می‌دانند. استناد به اختلافات سران قوا در مقاطع مختلف در استدلال این جریانات دیده می‌شود؛ اختلافاتی که گاه به سطح رسانه‌ها و افکار عمومی هم کشیده شده و با تدبیر رهبری پایان یافته است. یکی از ابعاد چالش، مرتبط با اصل ۱۱۳ قانون اساسی است. در این اصل آمده است: پس از مقام رهبری، رئیس جمهور عالی ترین مقام رسمی کشور است و مسئولیت اجرای قانون اساسی و ریاست قوه مجریه را جز در اموری که مستقیما به رهبری مربوط می شود، بر عهده دارد. تفسیر و برداشت‌های مختلف از این اصل باعث بروز اختلافاتی در سطح نهادهای انتخابی با دیگر نهادها شده است.
چالش بر سر اصل ۱۱۳
«حسن روحانی» در جایگاه رئیس جمهور در برهه‌های مختلف نسبت به این تفسیرها اعتراض و در مقابل مطالبات افکار عمومی به محدودیت‌های پیش رو بر اساس تفسیر شورای نگهبان از اصل ۱۱۳قانون اساسی اشاره کرده است. روحانی معتقد است در اصل ۱۱۳ قانون اساسی رئیس جمهور مسئول اجرای قانون اساسی است و مردم به رئیس جمهور رای نمی‌دهند که رئیس دستگاه اجرائی باشد؛ اما شورای نگهبان این اصل را به گونه‌ای تفسیر کرده که گویی چنین اصلی نداریم.
رئیس جمهور در نشست خبری مهرماه ۹۸ اقدامات دولت در زمینه نقض حقوق شهروندی را دستمایه قرار داد تا به این اصل قانون اساسی اشاره کند و بگوید که از قانون اساسی آسمان هفتم سخن نمی‌گوید. او گفت: اشکال کار از اینجا شروع می شود که رئیس جمهور طبق اصل ۱۱۳ قانون اساسی چون مسئول اجرای قانون اساسی است باید به صورت مداوم به قانون حساس باشد که کجا نقض شده، کجا متوقف شده و کجا فراموش شده است. وقتی من در سخنرانی‌ها بعضی از اصل ها را مطرح می‌کنم، برخی عصبانی می شوند، گویا من از قانون اساسی آسمان هفتم حرف می‌زنم.
او درباره مشکلات پیش آمده دراین باره نیز گفته بود: بنده به عنوان رئیس جمهور وقتی به مجلس تذکر می دهم؛ رئیس مجلس به من تذکر می دهد که طبق تفسیر شورای نگهبان این چنین است، به رئیس قوه قضائیه تذکر می دهم می گوید طبق تفسیر شورای نگهبان فلان... . مردم به رئیس جمهور رای نمی دهند که رئیس دستگاه اجرائی باشد. در همان اصلی که گفته رئیس دستگاه اجرائی، رئیس جمهور است؛ در همان اصل هم گفته مسئول اجرای قانون اساسی است و مردم رای داده اند به اینکه رئیس جمهور مسئول اجرائی قانون اساسی است.
شورای نگهبان چه می‌گوید؟
اما شورای نگهبان به عنوان مفسر قانون اساسی هم نظر روحانی نیست. روحانی با توجه به تفسیر شورای نگهبان در همان نشست خبری خود، به شورای نگهبان پیشنهاد داد: اگر می خواهیم این اصل را به گونه دیگری تفسیر کنیم؛ بگذاریم برای رئیس جمهور بعدی و از قبل هم به مردم بگوییم رئیس جمهوری که انتخاب می‌کنید فقط مسئول دستگاه اجرائی است و در قانون اساسی هیچ دخالتی ندارد. تفسیری که شورای نگهبان می‌کند این است که هر جایی که یک مسئول مستقیم ندارد؛ مثل اموال بلاصاحب، جایی که هیچ مسئولی ندارد رئیس جمهور وارد شود؛ مگر می شود چنین چیزی؟ هر چیزی مسئولی دارد و این اصل برای چه وضع شده است؟
مسئله چالش بر سر اصل ۱۱۳ قانون اساسی و مسئله حدود وظایف رئیس جمهور، مختص به دولت حسن روحانی نیست. اولین بار این چالش در دولت ابوالحسن بنی صدر ایجاد شد. او در نامه‌ای به شورای عالی قضایی خطاب به آنان نوشت: حسب وظیفه‌ای که به موجب اصل ۱۱۳ قانون اساسی برعهده دارم به شورای عالی قضائی اخطار می کنم که از نقض قانون و تجاوز به حدود صلاحیت و وظایف قوه مقننه اجتناب کند.
همین اخطار باعث شد تا شورای عالی قضائی از شورای نگهبان بخواهد تا تفسیر خود را از اصل ۱۱۳ و حدود اختیارات ریاست جمهوری بیان کند که این شورا در پاسخ نوشت: رئیس جمهور با توجه به اصل ۱۱۳ حق اخطار و تذکر را دارد. سال بعد، ریاست دولت برعهده آیت الله خامنه ای بود. ایشان برای تشکیل واحد بازرسی ویژه که بر قانون اساسی نظارت کند، از شورای نگهبان استعلام کردند و نوشتند: رئیس جمهور طبق قانون اساسی مکلف به اجرای قانون اساسی و شرع مقدس و... است . به نظر می رسد که انجام این مسئولیت بدون نظارت دقیق بر ارگان های اجرائی (اعم از قوه قضائیه و مجریه) امکان پذیر نیست.
شورای نگهبان نیز در پاسخ نوشت: رئیس جمهوری می تواند از مقامات مسئول اجرایی و قضایی و نظامی توضیحات رسمی بخواهد و مقامات مذکور موظفند توضیحات لازم را در اختیار ریاست جمهوری بگذارند. بدیهی است رئیس جمهوری موظف است چنانچه جریانی را مخالف مذهب رسمی کشور و نظام جمهوری اسلامی و قانون اساسی تشخیص داد اقدامات لازم را معمول دارد.
این چالش‌ها در دولت‌های بعدی هم تکرار شد اما در نهایت شورای نگهبان در سال ۹۱ تفسیری از قانون اساسی و اصل ۱۱۳ ارائه کرد که متفاوت با قبل بود. با این تفسیر اختیارات رئیس جمهور به نفع دیگر نهادها محدود شد و دقیقا از این منظر مسئله چالش جمهوریت دچار پیچیدگی‌هایی شد که روسای جمهوری غالبا از آن انتقاد کرده‌اند.