۳۱شهریورماه ۱۳۵۹ رژیم بعث عراق از طریق زمینی، هوایی و دریایی، تجاوز تمام عیار علیه ایران را آغاز کرد. وزارت راه و شهرسازی در آن زمان مرکب از «وزارت راه و ترابری» و «مسکن و شهرسازی» نخستین وزارتخانه‌ای بود که به‌صورت رسمی با قبول مأموریت از سوی دولت در مناطق عملیاتی اقدام به فعالیت کرد.
این وزارتخانه با توجه به برخورداری از نیروها و ماشین‌های مهندسی با حداکثر توان از همان روزهای ابتدایی وارد این کارزار شد تا دوشادوش رزمندگان نسبت به ترمیم پل‌های تخریب‌شده بابت انفجار و بمباران، احداث راه‌های دسترسی به مناطق عملیاتی، احداث خاکریز برای حفظ جان رزمندگان، احداث بیمارستان صحرایی، مراکز اورژانسی و پاسگاه‌های مرزی اقدام کند.
در آن زمان سازمان راهداری و حمل‌و نقل جاده‌ای با داشتن ۴ اداره کل که برای پشتیبانی از جنگ تاسیس شد تاثیر زیادی در کنترل شرایط داشت.
اداره کل راه‌و ترابری کربلا در خوزستان، نجف در کرمانشاه، قدس در کردستان و توحید در سیستان‌و بلوچستان برای کارهای مربوط به جنگ، تامین ناوگان حمل‌و نقلی به خصوص در بخش مسافری و جابجایی رزمندگان که کار بسیار مهمی بود، تشکیل شد.
بسیاری از رزمندگان در آن زمان از نقاط دوردستی چون سیستان‌و بلوچستان قصد عزیمت به جبهه‌های جنگ را داشتند که حمل و نقل ریلی برای این جابجایی در بسیاری از مسیرها کافی نبود و اتوبوس‌های سازمان راهداری رزمندگان را از جای جای ایران به مناطق جنگی جابجا می‌کرد.
همچنین با همت کامیونداران، کالاهای اساسی که در بنادر تخلیه شده بود اما در کشور پخش نشده و به دست خانوارها نرسیده بود با لبیک به فرمان امام برای تخلیه فوری بنادر، تمام بارها از بنادر جنوب تخلیه شد و رانندگان کالاها را از بنادر تخلیه و به شهرها رساندند.
از آن زمان، روز ۲۶ آذر ماه هر سال، یادآور صدور فرمان انقلابی امام راحل در سال ۱۳۶۲ با هدف اعزام کامیون‌ها به بنادر جنوبی برای تخلیه کالاهای وارداتی از مبادی دریایی کشور است که به نام روز حمل و نقل نام گرفته است.
در آن زمان دو هزار و ۸۰۰ نفر از کارکنان وزارت راه و ترابری به جبهه‌ها منتقل شدند و ۲ هزار دستگاه ماشین‌آلات وزارت راه و ترابری به جبهه‌ها اعزام شد، همچنین ۴۰۰ دستگاه ماشین‌آلات پیمانکاران وزارت راه و ترابری به جبهه‌ها وارد شد و سه هزار و ۱۱۳ کیلومتر راه‌های اصلی، فرعی و روستایی ساخته‌شده در جنگ ساخته شد.
طول پل‌های احداث‌شده در مناطق جنگی به ۹۵۰۰ متر رسید و وزارت راه همچنین از ۸ هزار کیلومتر راه در مناطق جنگی نگاهداری کرد.
وزارت مسکن و شهرسازی (وزارت راه و ترابری سابق) نیز در آن زمان با ۷ هزار قطعه باکس بتنی و دال انفجاری و ۲۰ واحد بیمارستان صحرایی و بیمارستان‌های زیرزمینی در مراکز استان‌ها و احداث پناهگاه‌ها در سطح شهرها به ظرفیت ۸ هزار نفر ایفای نقش کرد.
خسارات وارده به وزارت راه و ترابری در جنگ تحمیلی معادل ۶۷۱ هزار ۶۹۱ میلیون دلار به اضافه ۳۱۷ هزار و ۶۷۵ میلیون ریال (به‌جز خسارات مردمی) گزارش شده است.
راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران نیز در جنگ تحمیلی عراق به ایران با انتقال حدود هشت میلیون نفر از نیروهای رزمنده و چهار میلیون تن تجهیزات و امکانات به مناطق عملیاتی و جابه‌جایی مجروحان جنگ تحمیلی با پنج دستگاه واگن بیمارستانی مجهز به ۱۰۰ تختخواب و تجهیزات اتاق عمل، کارنامه مهمی را در مجموعه سازمان های وزارت ترابری آن زمان دارد.
هم چنین ارسال ۲.۴ میلیون اصله تراورس برای ساخت سنگرهای دفاع رزمندگان و راه‌سازی در مناطق جنگی به طول ۳۵ کیلومتر توسط نیروهای راه‌آهن از دیگر فعالیت های این مجموعه است.
احداث ۲۲ پناهگاه در مناطق مختلف آموزش‌وپرورش تهران و بازسازی خط راه‌آهن اهواز- خرمشهر در سال ۱۳۶۱ به طول ۱۲۰ کیلومتر در زمان ۱۰۰ روز و هم چنین بازسازی پل‌ها، ساختمان‌ها، ماشین‌آلات و تأسیسات راه‌آهن در مسیرهایی که مدام در معرض حملات هوایی دشمن بود نیز بخش دیگری از کارنامه کاری راه آهن است.
فعالیت‌های سازمان بنادر و دریانوردی در دوران دفاع مقدس نیز مثال زدنی و مهم است. با توجه به سقوط بندر بزرگ و مهم خرمشهر که در آن زمان یکی از فعال ترین بنادر کشور بود، به‌ناچار کشتی‌های حاوی محموله‌های دریایی به بندر امام منتقل شدند.
با توجه به از دست دادن امکانات بندر بزرگ خرمشهر، در آن زمان ۶۰ میلیون دلار بابت هزینه دموراژ کشتی‌های در انتظار تخلیه بار، پرداخت شد. ظرفیت تخلیه و بارگیری بنادر تا سال ۱۳۶۴ حدود ۱۴ میلیون تن در سال بود اما با تلاش مسئولان این رقم تا سال ۱۳۷۶ به‌تدریج به ۶۰ میلیون تن در سال افزایش پیدا کرد.