بر اساس فرمان علی اف در سرزمین های آزاد شده قره باغ مطابق با تقسیمات اداری و ارضی جمهوری آذربایجان فرمانداری های نظامی موقت تاسیس می شود که امور اداری هر شهرستان را برعهده خواهند داشت.
طبق این فرمان ، وزارت کشور جمهوری آذربایجان موظف است فرمانداران نظامی موقت هر شهرستان ازاد شده را منصوب و شرایط لازم برای فعالیت فرمانداری های نظامی موقت در این سرزمین ها را فراهم کند .
همچنین فرمانداری های نظامی موقت موظف هستند فعالیت خود را با وزارت دفاع و نیروی مرزبانی جمهوری آذربایجان هماهنگ کنند.
در فرمانداری های نظامی موقت ستادهای عملیاتی متشکل از نمایندگان سرویس امنیت دولتی ، وزارت حوادث غیرمترقبه ، وزارتخانه های اقتصاد ، کشاورزی ، دارایی ، راه ، فرهنگ و دیگر نمهادهای دولتی فعال خواهد بود.
فرمانداری های نظامی موقت حفاظت واحد های دولتی و اقتصادی دارای اهمیت خاص ، زیرساخت های حمل و نقل و مخابرات، شبکه های انرژی ، سد ها و دیگر واحد های اقتصادی استراتژِیک و نیز بر قراری نظم و امنیت عمومی در شهرستان های آزاد شده را برعهده خواهند داشت .
یکی از وظایف عمده فرمانداری های نظامی موقت در همکاری با سرویس امنیت دولتی ، اجرای اقدامات لازم برای جلوگیری از ترور ، فعالیت های جاسوسی ، خرابکاری و دیگر اقدامات غیر قانونی که علیه دولت جمهوری اذربایجان می باشد ، خواهد بود .
بنا به فرمان رییس جمهوری آذربایجان وزارتخانه های کشور و دفاع این کشور موظف به اعمال مقررات ویژه ورود و خروج از مناطق آزاد شده قره باغ شدند .
درگیری های نظامی میان نیروهای جمهوری آذربایجان و ارمنستان ششم مهر ماه گذشته آغاز شده و با وجود اعلام سه بار آتش بس با مساعدت میانجیگران بین المللی ، درگیری های شدید میان طرفین همچنان ادامه دارد .
جمهوری آذربایجان اعلام کرد تا کنون چند شهرستان از جمله فضولی ، جبراییل ، زنگیلان ، قبادلی و هادروت را از اشغال نیروهای ارمنی در قره باغ آزاد کرده است .