ذخایر معدنی، محصولات کشاورزی که برخی از آنها خاص خراسان جنوبی است و مرز مشترک با افغانستان از جمله قابلیت‌ها و ظرفیت‌های این استان مرزی و پهناور است که شکوفایی این بخش‌های اقتصادی زمینه ساز توسعه همه جانبه و پایدار منطقه می‌شود.
تنها ذخایر منیزیت ایران مربوط به خراسان جنوبی بوده و بزرگترین ذخیره و تنها معدن آزبست ایران «معدن حاجات نهبندان» است، ذخایر و معادن مهم بنتونیت در شهرستان فردوس، گرانیت در شهرستان‌های بیرجند و سربیشه، گل سفید در بیرجند، بازالت شهرستان سربیشه و معادن سنگ در بشرویه می‌تواند منبع مهمی برای تجارت به ویژه صادرات به کشورهای همسایه باشد.
یکی دیگر از مهمترین معادن خراسان جنوبی، معدن مس قلعه زری واقع در جنوب غرب استان در شهرستان خوسف است که به علت عیار بالای طلای آن در جهان شناخته شده است.
معادن ارزشمند زغال سنگ طبس هم از ظرفیت‌های منحصر به فرد استان است و شهرستان طبس را در ردیف یکی از غنی‌ترین مناطق کشور به لحاظ ثروت ملی قرار داده است.
کشاورزی از قابلیت‌های خراسان جنوبی از گذشته بوده چون این استان به لحاظ اقلیمی دارای شرایط ویژه است و با وجود خشکسالی متوالی، محصولات راهبردی و دارای شهرت جهانی از قبیل عناب، زرشک و زعفران را دارد که در صورت ایجاد بسترهای لازم از کالاهای پرمصرف صادراتی خواهد بود.
امروز با مشخص شدن و معرفی ظرفیت‌های خراسان جنوبی می‌توان ادعا کرد که این استان به لحاظ بالقوه از ثروتمندترین استان‌های کشور است و برنامه‌ریزی و مدیریت صحیح می‌تواند در مدت زمان نه چندان طولانی چهره این استان مرزی را متحول کند.
بیش از یک هزار گونه گیاه خودرو و دارویی در دل کویر خراسان جنوبی وجود داشته که سرمایه عظیم از نعمت‌های خدادادی است و استفاده از این ظرفیت به عنوان گیاهان دارویی برای کمک به اشتغالزایی، رونق اقتصادی و پیشرفت استان ضروری است.
به اذعان کارشناسان، صنعت داروسازی در خراسان جنوبی باید مورد توجه قرار گیرد و امروز می‌بینیم که ارزش بازار داروسازی در برخی استان‌ها به اندزه همه صنعت خراسان جنوبی سوددهی دارد چون داروسازی ارزش افزوده ایجاد کرده و معضلات زیست محیطی هم نداشته و یک صنعت پاک است.
اگر فراوری محصولات گیاهان دارویی در خراسان جنوبی محقق شود با جهش بزرگ در رونق اقتصادی و اشتغالزایی مواجه می‌شویم.
هرچند از ابتدای فعالیت دولت تدبیر و امید به ویژه در دولت دوازدهم اتفاقات مثبتی در حوزه مدیریتی و زیرساختی استان رخ داده زیرا در گذشته روحیات مدیریتی با کار میدانی در استان کمتر وجود نداشت و مناطق کمتر برخوردار کمتر دیده می‌شد.
با رویکرد بررسی میدانی و تصمیم‌گیری مبتنی بر نیازهای واقعی بوده که سطح زیر کشت گلخانه‌ای در خراسان جنوبی با اجرای طرح «نهضت گلخانه» قرار است از رقم پایین ۱۰۰ هکتار در گذشته به هزار هکتار افزایش یابد و اقدام بسیار بزرگی است چون استانی مثل یزد که کم آب‌تر از خراسان جنوبی است، رمز توسعه کشاورزی آن گلخانه است.
پرورش شتر و تبدیل خراسان جنوبی به هاب شتر از دیگر اقدامات مبتنی بر ظرفیت‌های داخلی خراسان جنوبی است و ارزش افزوده و اشتغال فراوانی را در حوزه دامداری ایجاد می‌کند.
اگر بخواهیم صنعت قطعه‌سازی را ایجاد کنیم وقتی صنعت مادر وجود ندارد و آهن را باید از کیلومترها دورتر و بدون داشتن زیرساخت قطار با کامیون به استان بیاوریم مقرون به صرفه نیست لذا برای توسعه پایدار خراسان جنوبی باید از ظرفیت‌های محلی و بومی استفاده شود.
در صورتی که کارخانه‌های فراوری و بسته بندی زرشک، زعفران و عناب در استان خراسان جنوبی تاسیس شود و برند آن به نام خراسان جنوبی باشد باعث رونق تولید و اشتغال می‌شود هرچند در این حوزه گاهی خلاقیت‌های خوبی دیده شده و به عنوان مثال سال قبل شهرداری خوسف گل‌های نرگس را با اتوبوس به تهران منتقل می‌کرد و این موجب تشویق مردم در پرورش گل بومی نرگس بود.
بخش صنعت خراسان جنوبی نیاز به تجمیع سرمایه‌ها و ایجاد خوشه‌های صنعتی دارد چون وقتی سرمایه کم داریم در منطقه‌ای محروم که هنوز برخی زیرساخت‌های لازم را ندارد به لحاظ دوری از مرکز و بازار مصرف با مشکل مواجه هستیم که با این رویکرد و با وجود کمبود بودجه می‌توان زمینه توسعه را فراهم کرد.
خراسان جنوبی ۳۳۱ کیلومتر مرز مشترک با کشور افغانستان دارد که اگر زمینه استفاده از این ظرفیت با افزایش صادرات و ترانزیت کالا ایجاد شود امکان توسعه منطقه در همه شاخص‌ها فراهم می‌شود.
اگر جاده مرزی ماهیرود در خراسان جنوبی به فراه افغانستان تکمیل شود به زودی شاهراه ترانزیتی اتصال ایران به آسیای میانه در این استان مرزی ایجاد می‌شود و از سراسر ایران برای ترانزیت به کشورهای افغانستان، ازبکستان، تاجیکستان و قرقیزستان از این مسیر عبور می‌کنند که توجه مسوولان کشوری نیز بیش از پیش به این منطقه جلب شده و توسعه استان خراسان جنوبی به یک خواست ملی و نه استانی تبدیل می‌شود.