در پیام تسلیت آیت الله محمدجوادفاضل لنکرانی که نسخه‌ای از آن روز شنبه در اختیار ایرنا قرار گرفت، آمده است: شهادت دانشمند مجاهد و هسته‌ای، آقای دکتر محسن فخری‌زاده(رضوان الله علیه) که به دست ایادی آمریکای جنایتکار و رژیم پلید، خون‌خوار و اشغال‌گر قدس صورت گرفت، نشانه‌ای بزرگ از ضعف و زبونی این دولت‌های تروریستی است.
پیام حاکیست: مهم این است که سازمان‌های بین‌المللی و مراکز دفاع از حقوق بشر امروزه نه‌تنها نسبت به این اعمال تروریستی واکنشی جدّی نشان نمی‌دهند، بلکه با کمال تأسف در واقع ابزاری برای این حاکمان خون‌خوار قرار گرفته‌اند.
پیام ادامه یافته است: باید دانست ملت‌های آزاده دنیا با همه وجود و توان در برابر این اعمال ددمنشانه و ننگین، اظهار انزجار و تأسف دارند.
در این پیام آمده است: امید آن که خون این شهیدان هرچه زودتر در اضمحلال رژیم اشغال‌گر قدس و تنبیه آمریکای تروریست مؤثر باشد. شهادت این بزرگ‌مرد را به محضر مبارک امام زمان(عج) و مقام معظم رهبری، همه مجاهدان جبهه مقاومت، دانشمندان، ملت رشید ایران، برادران وزارت دفاع و خانواده معظم ایشان تبریک و تسلیت عرض می‌نمایم.
مرکز بسیج اساتید حوزه علمیه قم شهادت فخری زاده را تسلیت گفت
مرکز بسیج اساتید، مدیران و نخبگان حوزه علمیه قم نیز به مناسبت شهادت شهید سرافراز اسلام محسن فخری زاده بیانیه ای صادر نمود که در آن آمده است: روح مطهر و بلند دانشمند هسته ای و مجاهد نستوه، برادر پاسدار حاج محسن فخری زاده در جوار علیین و ابرار و ارواح مقدس شهیدان کربلا و سیدالشدا علیه السلام، حضرت اباعبدالله علیه السلام آرام گرفت.
بیانیه ادامه یافته است: بار دیگر تروریست های بزدل، خبیث و رذلِ وابسته به استکبار جهانی و رژیم پلید صهیونیستی در واپسین روزهای عمر نکبت سیاسی متحد قماربازشان، یکی از چهره های برجسته و دانشمند هسته ای کشورمان را به شهادت رساندند؛ آری ثبت است بر جریده تاریخ که انقلابی ها هرگز نه تطمیع می‌شوند و نه اهل سازش اند و نه هرگز، تهدید در مورد آنان جواب می‌دهد.
بیانیه حاکیست: فقط این توهم پوشالی رهبران تروریست است که به ظن پلیدشان، باحذف فیزیکی عناصر علمی و خادمان انقلابی، قدرت تضعیف ملتی پرشکوه، چون ایران را دارند. دشمنان کودن و متحجر، نمی‌دانند که باشهادت فرزندان این ملت، درخت انقلاب و بیداری ملت های مظلوم جهان، آبیاری خواهد شد و بر هر شاخه آن، جوانان شهادت طلب و انقلابی بی شماری، به ثمر خواهد نشست.
بیانیه حاکیست: مرکز بسیج اساتید، مدیران و نخبگان حوزه علمیه قم به عنوان نهادی حوزوی، دیگر بار با شهیدان عزیز میثاق می بندد و با بهره گیری از شخصیت والای این شهدای عظیم الشان، اعلام می دارد که درگام دوم انقلاب با تمام توان، امیرانه ایستادگی کرده و تا به ثمر نشستن خون شهیدان به حرکت خود ادامه خواهد داد.
دشمن از بیداری ملت ایران در وحشت باشد
بنیاد شهید و امور ایثارگران استان قم نیز در بیانیه ای ضمن تسلیت شهادت دکتر فخری زاده آورده است: ترور ناجوانمردانه دانشمند ارشد و برجسته کشورمان و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، شهید دکتر محسن فخری زاده، ضایعه ای دردناک بر قلب ملت ایران خصوصا خانواده های معظم شهدا و ایثارگران است.
بیانیه ادامه یافته است: اینبار نیز در جمعه ای خونین، صهیونیست جنایتکار با وحشت از قدرت جمهوری اسلامی ایران دست به جنایتی وحشیانه زده و عزیزی دیگر از فرزندان این سرزمین توسط شقی ترین دشمنان به شهادت رسید و با این جنایت سیاست های پلید علیه انسانیت را به رخ جهانیان کشاند.
بیانیه حاکی است: با این ترورها نه تنها مسیر پیشرفت ایران اسلامی متوقف نشده بلکه قوی تر از گذشته توسط جوانان این مرز و بوم راه فخری زاده، احمدی روشن، علی محمدی، رضایی نژاد و شهریاری ها ادامه دارد ، همانگونه که امام راحل فرمود:" بکشید ما را، ملت ما بیدارتر می شود". و دشمن از این بیداری سخت در وحشت باشد.
بیانیه می افزاید: بنیاد شهید و امور ایثارگران استان قم به نمایندگی از خانواده معظم شهدا و ایثارگران ضمن محکوم نمودن این جنایت انسانی، شهادت دانشمند هسته ای ایران اسلامی را محضر حضرت ولیعصر (عج) ، مقام معظم رهبری و ملت شریف ایران خصوصا خانواده معظم آن شهید والامقام تبریک و تسلیت عرض می نماید.
تروریستهای بیگانه عصر جمعه- هفتم آذرماه- با کمین در مسیر خودروی حامل شهید دکتر محسن فخری‌زاده رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع در بلوار مصطفی خمینی شهر آبسرد دماوند، در عملیاتی انتحاری و مسلحانه، دانشمند هسته‌ای کشورمان را به شهادت رساندند.
به گفته وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح در جریان این حمله تروریستی ابتدا خودرو حامل ایشان مورد حمله واقع و بعد یک خودرو نیسان در ۱۵ متری وی منفجر شد. در اثر این تیراندازی و انفجار، این دانشمند برجسته به شدت مجروح و به بیمارستان منتقل شد ولی با توجه به شدت جراحات وارده در بیمارستان به شهادت رسید.