در بیانیه شورای اسلامی شهر مشهد آمده است: لکه ننگ و سیاه دیگری بر چهره مدعیان حقوق بشر نقش بست، دانشمند گرانقدر و انقلابی، محسن فخری‌زاده به فیض عظیم شهادت نائل آمد و به جمع شهدای این خاک مقدس پیوست.
این بیانیه می‌افزاید: شورای اسلامی شهر مشهد، با محکوم کردن این اقدام، ضایعه دردناک و ناراحت‌کننده از دست دادن این دانشمند را به خانواده این چهره انقلابی و فرهیخته و تمام ملت غیور ایران تسلیت عرض می‌کند.
در ادامه این بیانیه آمده است: همانطور که تاریخ نشان داده، استکبار و رژیم منحوس و پلید صهیونیستی باید بداند که با ترور و سوء قصد به جان چهره‌های مخلص و خدوم و دانشمندان ما نمی‌تواند مانع پیشرفت کشور شود بلکه جوانان ما با انگیزه و عزم بیشتر، مجدانه در مسیر تحقق اهداف شهدا و امام شهدا گام برخواهند داشت.
در این بیانیه تاکید شده است: بی‌شک این ترور با پاسخ مناسب و درخور همراه خواهد شد و آنان که در ریختن خون این شهید والامقام دست داشتند، به سزای عمل خود خواهند رسید.
تروریست‌های بیگانه عصر جمعه هفتم آذر ماه جاری با کمین در بلوار مصطفی خمینی شهر آبسرد دماوند در مسیر خودروی حامل "محسن فخری‌زاده" رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران طی عملیاتی انتحاری و مسلحانه، دانشمند هسته‌ای کشورمان را به شهادت رساندند.
به گفته وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، در جریان این حمله تروریستی ابتدا خودرو حامل فخری‌زاده مورد حمله قرار گرفت و پس از آن یک دستگاه خودرو نیسان در فاصله ۱۵ متری خودروی حامل وی منفجر شد.
فخری‌زاده در اثر این تیراندازی و انفجار به شدت مجروح و به بیمارستان منتقل شد ولی با توجه به شدت جراحات وارده، در بیمارستان به شهادت رسید.