در پیام محمدباقر قالیباف که به مناسبت درگذشت حجت الاسلام و المسلمین حاج سید محمد علی شهیدی محلاتی منتشر شده، آمده است:
بِسْمِ اللهِ الرَّحْمَنِ الرَّحِیمِ
إِنَّا لِلَّهِ وَإِنَّا إِلَیْهِ رَاجِعُونَ
درگذشت حجت‌الاسلام و المسلمین سید محمدعلی شهیدی محلاتی نماینده ولی فقیه و رئیس سابق بنیاد شهید و امور ایثارگران موجب تأسف و تأثر گردید.
ایشان در طول سالیان از خدمتگزاران صدیق انقلاب و یاور نظام و رهبری بودند که سابقه نمایندگی دوره سوم مجلس را نیز در کارنامه خویش داشتند.
ضمن عرض تسلیت به خاندان مکرم، دوستان و خانواده ارجمند، برای ایشان رحمت و علو درجات و برای بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل از درگاه خداوند رحمان مسئلت می‌نمایم.
حجت الاسلام والمسلمین سید محمدعلی شهیدی محلاتی نماینده ولی فقیه در بنیاد شهید و امور ایثارگران که پیش از این از سال ۱۳۹۲ به مدت هفت سال معاونت رئیس جمهوری و ریاست بنیاد شهید و امور ایثارگران را نیز برعهده داشت بامداد امروز ۹ آذرماه براثر بیماری دار فانی را وداع گفت.
مرحوم حجت الاسلام والمسلمین شهیدی محلاتی از ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی در سمت‌های مختلفی به خدمت پرداخت که از آن جمله می‌توان به ریاست عقیدتی سیاسی نیروی هوایی ارتش، نمایندگی مجلس شورای اسلامی، معاونت کنسولی و امور مجلس وزارت امور خارجه، رئیس بازرسی نهاد ریاست جمهوری و مشاور رئیس جمهوری اشاره کرد.
وی ۱۸ خرداد سال ۱۳۹۹ در نامه‌ای به رئیس جمهوری استعفای خود را اعلام و علت آن را بیماری و عمل به توصیه پزشکان عنوان کرد.