نبود تناسب حجم سیلاب و ظرفیت کانال احداثی ، کم شدن مقطع ورودی کانال به دلیل گرفتگی دریچه زباله گیر نصب شده در ورودی آن ، وجود نخاله های ساختمانی در مقاطع مختلف مسیرهای اصلی و فرعی منتهی به دروازه قرآن و تغییر در محیط طبیعی حوضه آبریز از جمله دیگر علل وقوع سیلاب سال ۹۸ در شیراز اعلام شده بود.
مدیرعامل شرکت آب منطقه ای فارس روز دوشنبه از آغاز عملیات آزادسازی حریم و بستر رودخانه سعدی شیراز خبر داد و بیان داشت :آزادسازی حریم و بستر رودخانه سعدی شیراز به منظور جلوگیری از خطرات ناشی از سیلاب ها طی عملیاتی با مشارکت مردم، هماهنگی دستگاه قضایی و همکاری نیروی انتظامی آغاز شده است.
حمید رضا دهقانی ، مدیرعامل آب منطقه ای فارس گفت: رودخانه سعدی دارای حوزه آبریز وسیعی است که سیلاب های شمال شرق شیراز را به داخل رودخانه خشک هدایت می کند.
به گفته دهقانی،تصرف و ساخت ساز در حریم و بستر این رودخانه ، خسارات جبران ناپذیری را در جریان سیل سال ۹۸ به محله سعدی زده بود. به همین سبب و با تلاش شرکت آب منطقه ای فارس، آزاد سازی ۲ کیلومتری حریم و بستر این رودخانه در حال انجام می باشد.
روزهای پنجم و ششم فروردین ماه سال ۹۸ با به راه افتادن سیل ویرانگر در شیراز ۲۱ نفر جان خود را از دست دادند و میلیاردها ریال زیان به اماکن عمومی، خانه‌های مردم، خودروها و زیرساخت‌های شهری وارد آمد، ۱۶۴ نفر مصدوم شدند و خسارت های بسیاری به خودروهای در حال عبور وارد آمد.