آیت‌الله لطف‌الله دژکام نماینده ولی فقیه در فارس و امام جمعه شیراز در پیام تسلیت خود آورده است: ارتحال متفکر جهان اسلام و فقیه عالیقدر تشیع، حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد تقی مصباح یزدی اعلی الله مقامه الشریف موجب تاثر و تالم خاطر اینجانب گردید.
هجرت الی الله آن فیلسوف متاله و فقیه متکلم، فراق عمار گونه‌ای است که مصداق اتم "إذا مات العالم ثُلم فی الإسلام ثَلمة لا یسدّها شیء" می‌باشد.
بینش سیاسی و منطق قوی ایشان در مبارزات قبل و بعد از انقلاب اسلامی و دفاع از حریم ولایت این عالم انقلابی به گونه‌ای بوده که همواره مورد خصومت و کینه توزی دشمنان داخلی و خارجی واقع شده است.
تحول در حوزه علمیه و تربیت عالمان متبحر در علوم انسانی خود منشاء خدمات و مجاهدت‌های چشمگیری است که باقیات الصالحات برای آن فقید سعید است.
رحلت آن استاد اخلاق را به حضرت ولی عصر اروحنا له الفداء، رهبر معظم انقلاب اسلامی مدظله العالی، علماء، روحانیون و بیت شریف و فرزندان معظم له تسلیت عرض نموده، علو درجات و رحمت واسعه الهی را برای ایشان و صبر و اجر برای جمیع بازماندگان از خداوند متعال خواستارم.
آیت‌الله مصباح از چهـره‌هـای موثـر در تـرویـج معارف اسلامـی بـود
رئیس جامعه روحانیت شیراز نیز در پی درگذشت آیت‌الله مصباح یزدی پیام تسلیتی صادر کرد.
در متن پیام آیت‌الله سید علی اصغر دستغیب آمده است: خبـر ارتحـال عـالـم وارستـه و مجـاهـد، حضـرت آیـت الله محمـد تقـی مصبـاح یـزدی طاب ثـراه مـوجـب انـدوه فـراوان گـردیـد.
این عـالـم برجستـه که همواره در خط ولایت قـدم برمیداشت یکی از چهـره‌هـای مـؤثـر در تـرویـج معارف اسلامـی و تربیت دینـی بـود و در طول حیات خـود خـدمـات ارزشمنـدی به حـوزه‌های علمیـه و نظام اسلامـی داشت.
آیت‌الله سید علی اکبر کلانتری نماینده فارس در مجلس خبرگان رهبری نیز با صدور پیامی درگشت این عالم ربانی را تسلیت گفت.
در متن پیام تسلیت آیت‌الله کلانتری آمده است: ارتحال ملکوتی اسوه علم و تقوا فیلسوف عالیقدر، متفکر مجاهد، فقیه بصیر، علامه آیت الله محمدتقی مصباح یزدی طاب ثراه را به ساحت مقدس امام عصر ارواحنا فداه، رهبر فرزانه انقلاب مد ظله العالی، حوزه‌های علمیه، بیت مکرم ایشان و امت حزب‌الله تسلیت و تعزیت عرض می‌کنم.
جامعه اساتید حوزه علمیه فارس، دبیر جامعه روحانیت شیراز، رییس کل قضات و کارکنان دادگستری فارس، سپاه فجر فارس و فرهنگیان استان فارس نیز در پیام‌های جداگانه‌ای، درگذشت آیت‌الله مصباح یزدی را تسلیت گفتند.
در پیام تسلیت جامعه اساتید حوزه علمیه فارس آمده است: رحلت جانسوز فیلسوف مجاهد، اندیشمند انقلابی، یار مخلص انقلاب اسلامی و استاد بزرگ و کم نظیر حوزه علمیه حضرت آیت الله حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی طاب ثراه را به ساحت مقدس امام عصر ارواحنا فداه، مقام معظم رهبری مدظله العالی، حوزه‌های علمیه و امت اسلامی بخصوص شاگردان، بازماندگان و بیت شریف آن بزرگوار تسلیت و تعزیت می‌گوییم.
در پیام حجت‌الاسلام سید محی‌الدین طاهری دبیر جامعه روحانیت شیراز و تولیت آستان قدس حسینی (ع) نیز آمده است: خبـر رحلت عـالـم ربانـی و فقیـه بـرجستـه و عـالـی مقـام حضـرت آیـت الله محمـد تقـی مصبـاح یـزدی رضـوان الله تعالـی علیـه موجـب تاسـف و تـأثـر فـراوان گـردیـد.
در پیام رییس کل و کارکنان دادگستری فارس هم آمده است: عـروج ملکوتی و رحلت جانـکاه عالم جلیل القدر، فقیه، استاد اخلاق، مبارز نستوه، مدافع انقلاب و ولایت و سالک الی الله حضـرت آیت الله علامه محمد تقی مصباح یزدی (رضوان الله تعالی علیه) موجب تاسف و تاثر بسیار آحاد مردم و جمیع دلسوزان انقلاب گردید.
سپاه فجر فارس نیز در پیام تسلیت خود آورده است: بی‌تردید ارتحال این عالم گرانمایه، ثلمه‌ای است بزرگ که با هیچ چیزجبران نمی‌شود. هرچند آثار فاخر و کتب ارزشمند آن عالم فرزانه، همچنان چراغ راه حق‌جویان و متفکران انقلابی است.
آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی عضو خبرگان رهبری و رییس موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) پس از مدتی تحمل بیماری، عصر جمعه دوازدهم دی ماه ۹۹به لقاء الله پیوست.