کشمکش بر سر اعتبار قرارداد، فاصله‌گیری مفاد آن از قصد ابتدایی طرفین یا تضاد در برداشت یا تفسیر از متون و رفتارهای قراردادی، جملگی بهانه‌های ایجاد اختلاف را شکل می‌دهند. حال هر اندازه حجم اختلاف قابل توجه باشد یا جنس قرارداد از منظر زمان اجرا، طولانی‌مدت باشد به حساسیت اختلافات افزوده می‌شود. اختلاف از یک منظر دیگر به اختلاف در حوزه قراردادهای خصوصی و دولتی تقسیم می‌شود که وجه اخیر از الگوی مزایده و مناقصه برخوردار بوده و دارای ویژگی‌های منحصر به‌فرد در اجرا است.
قراردادهای حوزه انرژی به‌ویژه انرژی‌های مبتنی بر مواد کانی از جمله نفت، گاز و پتروشیمی - خواه قراردادهای بالادستی مثل اکتشافات و خواه قراردادهای پایین‌دستی از قبیل پخش فرآورده‌های نفتی یا پتروشیمی- بنا به طول مدت اجرا، پروژه‌ای بودن، به‌طور عمده دولتی بودن و مهمتر از همه بنا به تکیه اقتصاد و بودجه مملکتی به درآمدهای ناشی از آن، دارای اهمیت وافر است. عمده اختلافات در قراردادهای حوزه صنعت نفت یا پتروشیمی و مشتقات آن در سه سطح دسته‌بندی می‌شوند. دسته نخست، راجع به قطع همکاری با شرکت‌های سرمایه گذار و احیانا مصادره اموال آنهاست که می‌تواند دلایل سیاسی داشته باشد. دسته دوم به خسارت محیط زیستی در تولید یا جابه‌جایی مواد نفتی معطوف است که بحث غرامت مطرح می‌شود. اما عمده اختلافات در حوزه صنعت نفت و پتروشیمی به دعاوی پیمان بین شرکت‌های اصلی وزارت نفت و شرکت‌های پیمانکار اشاره دارد. با این وجود، ملی بودن پروژه‌ها، ارزش افزوده قابل توجه پروژه‌ها و زمان بر بودن اجرای آنها، به‌طور قهری موجب ایجاد اختلاف می‌شود. مگر می شود کنسرسیومی از قراردادها شکل گرفته و عملیاتی شوند اما شاهد به‌هم ریختگی طراز اقتصادی پروژه‌ها، اثرگذاری عوامل بیرونی بر اجرا یا چشم‌پوشی از تعهدات زنجیره ای گروه قراردادی نباشیم.
از همین رو برای کنترل جریان اجرا با بهره گرفتن از نخبگان حقوقی و اقتصادی و با در نظر گرفتن واقعیت‌های پروژه‌ها، مدیریت پیشگیرانه اختلافات مورد پردازش قرار می‌گیرد. یکی از راهکارها پیش بینی شرط بازمذاکره یا تعدیل در ارکان اساسی قرارداد است. راهکار دیگر پیش بینی موافقت نامه یا شرط داوری است که مآخوذ به محدودیت‌های اصل ۱۳۹ قانونی اساسی ایران بوده و البته با لحاظ این محدودیت، راهکاری قابل اتکاء تلقی می‌شود. در همین راستا وزارت نفت با هدف اجتناب از توقف پروژه‌ها، تسریع در ایجاد تعادل پیمان و همچنین پیشگیری از فساد مالی، اقدام به صدور بخشنامه‌ای تحت عنوان شیوه نامه حل اختلاف های قراردادی به شماره ۲۸/۱-۲۶۰۱۱۲ مورخ ۰۵/۰۶/۱۳۹۳ کرده است. در این شیوه نامه مقرر شده است که هر گونه اختلاف مستحدثه بین شرکت پیمانکار با شرکت کارفرما، موجب ایجاد صلاحیت رسیدگی برای هیات حل اختلاف قراردادی خواهد بود. هیاتی که متشکل از سه کارشناس خبره بوده و منوط به احراز صلاحیت، با معرفی مدیرعامل توسط هیات عالی حل اختلاف تعیین و معرفی می‌شوند. شرایط شکلی برای اشتغال هیات حل اختلاف علاوه بر درخواست کتبی شرکت پیمانکار عبارت از پذیرش تصمیم هیات از ناحیه متقاضی است که باید به‌طور کتبی اعلام کند (ماده ۵).
اما چند ایراد به اصل رسیدگی و صلاحیت هیات حل اختلاف وارد است. نخست اینکه اقامه دعوا را فقط و تصریحا از ناحیه شرکت پیمانکار پیش بینی کره و نسبت به اقامه دعوا از ناحیه شرکت کارفرما ساکت است. دوم اینکه رجوع به هیات حل اختلاف، اختیاری است و الزامی برای شرکت پیمانکار ایجاد نمی‌کند. سوم اینکه اختلاف محدود به اجرا شده است و این برداشت را در مواجهه با اختلاف در اعتبار و تفسیر قرارداد باز گذاشته است. ایراد اساسی دیگر آنکه تصمیم هیات حل اختلاف و ماهیت آن مشخص نشده است. اینکه ماهیتی قطعی، قاطع و قضایی دارد یا ماهیتی ارشادی و تبیینی، به‌ویژه اینکه این تصمیم باید به تصویب هیات مدیره شرکت کارفرما نیز برسد. این در حالی است که یکی از طرفین اختلاف شرکت کارفرما به شمار آمده و چنان‌چه تصمیم بر علیه شرکت کارفرما باشد با فلسفه مدیریت شرکت و حفظ مصالح آن برخورد خواهیم کرد.
از سوی دیگر طی مواد گوناگون به اصول دادرسی منجمله اصل لزوم استقلال، بی طرفی، رعایت اصل تناظر یا به دستاویزهای هیات در رجوع به کارشناسی، صدور دستور موقت و جز آن اشاره رفته است. به عبارت بهتر، هیات حل اختلاف از ابزارها و اصول متقن برای هدایت پرونده بهره می برد اما اجرای دستور موقت یا اجرای تصمیم اتخاذ شده، منوط به تنفیذ هیات مدیره است. در این میان مرجعی بالاتر معنون به عنوان هیات عالی حل اختلاف پیش بینی شده است که اختیاراتی نظیر نظارت، مرجع پژوهشی، مرجع احراز یا سلب صلاحیت و مرجع صدور استفساریه در زمره وظایف خود دارد.
به باور ما این هیات نه مرجع قضایی و نه مرجع داوری است. بلکه در ابتدا یک نهاد مشورتی و سازشی است که نسبت به استعلام هر دو طرف قرارداد در سوء برداشت از متون قراردادی، استفساریه ارائه می‌دهد. از طرفی نیز تصمیم هیات واجد دو وصف حقوقی است. وصف مشورتی در شرایط استعلام و وصف تاسیسی در شرایط پیمان. به نظر می رسد وصف تاسیسی دارای دو جنبه باشد. جنبه تقویت قرارداد و توسعه آن با تکیه بر نزدیک‌سازی انتظارات طرفین به یکدیگر که عطف به تمشیت اجرای پروژه ها از سوی هر دو طرف است و جنبه تحکمی تصمیم که به صورت قهری موجب ایجاد مسوولیت برای یک طرف (علیه) و محق شناختن طرف دیگر (له) می‌شود. اشکالی بر تنفیذ هیات مدیره از جهت جنبه تقویت قرارداد وارد نیست اما منوط کردن آن در جنبه تحکمی دچار اشکال آیینی بوده و برخلاف مقررات دادرسی عادلانه است. جالب اینکه هیات حل اختلاف مکلف به رعایت اصول بنیادین دادرسی و ابزارهای آیین دادرسی است. بماند که این بخشنامه با ظرافت هر چه تمام دو وظیفه را بر عهده هیات حل اختلاف گزارده که شامل رسیدگی به اختلاف و انتخاب شیوه حل اختلاف است. وظیفه انتخاب راه حل به تلقی ما از دو وجهی بودن ماهیت تصمیمات هیات کمک می‌کندو در عین حال، پوششی برای کم‌رنگ کردن محدودیت اصل ۱۳۹ قانون اساسی احتجاج می‌شود. در هر حال وجود یک شیوه نامه استاندارد بنا به فراوانی اختلافات در حوزه صنایع نفت، گاز و پتروشیمی و همسو با خصوصی‌سازی اقتصادی و برای پر رنگ تر کردن شفافیت و ایجاد بستر اعتماد، ضرورت دارد تا بتواند جایگزین این شیوه‌نامه که دارای ایرادهای ویراستاری، محتوایی و غیرمنجز است، باشد.