طبق اصل ۱۷۶ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به منظور تامین منافع ملی و پاسداری از انقلاب اسلامی و تمامیت ارضی و حاکمیت ملی، «شورای عالی امنیت ملی» به ریاست رئیس جمهور، با وظایف مشخصی تشکیل شده است. تعیین سیاست‌های دفاعی - امنیتی کشور در محدوده سیاست‌های کلی تعیین شده از طرف رهبری، هماهنگ نمودن فعالیت‌های سیاسی، اطلاعاتی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی در ارتباط با تدابیر کلی دفاعی – امنیتی و بهره‌گیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی وظایف شورای عالی امنیت ملی طبق قانون اساسی است.
شورای عالی امنیت ملی به تناسب وظایف خود، شوراهای فرعی از قبیل شورای دفاع و شورای امنیت کشور تشکیل می‌دهد. ریاست هر یک از شوراهای فرعی با رئیس جمهور یا یکی از اعضای شورای عالی است که از طرف رئیس جمهور تعیین می‌شود. حدود اختیارات و وظایف شوراهای فرعی را قانون معین می‌کند و تشکیلات آنها به تصویب شورای عالی می‌رسد. مصوبات شورای عالی امنیت ملی پس از تایید رهبری قابل اجرا است.
در قانون اساسی وظایف شورای عالی امنیت ملی به صراحت و روشنی مشخص شده است. برای پیگیری امور اجرایی هم دبیرخانه‌ای در شورای عالی امنیت ملی تشکیل شده است .طبق قانون اساسی رئیس شورای عالی امنیت ملی رئیس جمهور است. نیاز به توضیح ندارد که دبیرخانه هر نهادی باید ذیل ریاست آن نهاد کار کند و دبیرخانه ساختار جدا و منفکی از ریاست هیچ نهادی نیست.
با وجود این تصریح قانونی، برخی موضع گیری‌های دبیر شورای عالی امنیت ملی باعث شده که «محمود واعظی» رئیس دفتر رئیس جمهوری، قانون اساسی و نحوه کار شورای عالی امنیت ملی را یادآوری کند. او در گفت‌وگویی رسانه‌ای بیان داشته است: آقای دکتر روحانی رئیس شورای عالی امنیت ملی است و دبیرخانه هم باید مانند گذشته خودش را با رئیس شورا هماهنگ کند .
رئیس دفتر رئیس جمهوری خاطرنشان کرده حال یک وقتی نغمه‌هایی زده می شود و مصاحبه‌هایی صورت می‌گیرد که به نظر می‌رسد در این شرایطی که کشور در حال جنگ اقتصادی است به جای اینکه فضا را آرام کند باعث بروز مشکلاتی می‌شود. این از مشکلاتی است که ما داریم و باید حل شود.
ایجاد دوگانگی و تنش به نفع کشور نیست
«حسین کنعانی مقدم» فعال سیاسی اصولگرا در پاسخ به این سوال که آیا چندصدایی در نهادهایی مهمی مثل شورای عالی امنیت ملی قابل پذیرش است یا خیر، گفت: شورای عالی امنیت ملی از جمله نهادهایی در قانون اساسی است که همه قوا و ارکان نظام در آن دخیل هستند. علاوه بر ترکیب اعضای آن، ریاست شورا را رئیس جمهور بر عهده دارد و مصوبات آن هم با تایید رهبر انقلاب اجرایی می‌شود. بنابراین شورای عالی امنیت ملی جایگاهی رفیع در ساختار حقوقی و سیاسی جمهوری اسلامی ایران دارد.
وی ادامه داد: این جایگاه باعث اهمیت و حساسیت این نهاد شده است. بنابراین مسئولان و اعضای این نهاد باید دقت کنند که در هیچ شرایطی شورای عالی امنیت ملی تضعیف نشود چرا که کارکرد این شورا مستقیم با امنیت کشور در ارتباط است. از طرف دیگر ما نباید مباحث سیاسی را وارد این نوع نهاد کنیم. جای بحث‌های سیاسی در احزاب و رسانه‌ها است. چرا که اگر نهادهای کلیدی نظام تضعیف شوند همه مردم آسیب خواهند دید.
دبیرخانه با رئیس شورا باید هماهنگ باشد
وی با اشاره به ضرورت هماهنگی ابعاد مختلف شورای عالی امنیت ملی با ریاست آن، گفت: این نکته طبیعی است که در یک سازمان و نهاد، همه بخش‌ها باید با ریاست آن سازمان هماهنگ باشند. در مورد شورای عالی امنیت ملی هم این نکته صدق می‌کند. درواقع دبیرخانه نباید مواضع و اقداماتی اتخاذ کند که در سطح جامعه احساس شود در شورای عالی امنیت ملی دوگانگی وجود دارد و مسائل سیاسی در این شورا هم رخنه ایجاد کرده است.
این فعال سیاسی اصولگرا تاکید کرد: وجود اختلاف نظر بین اعضای شورا کاملا پذیرفته است و در این زمینه هیچ بحثی وجود ندارد. اما تشکیل جلسات شورای عالی امنیت ملی دقیقا برای طرح همین اختلاف نظرها و نظرات کارشناسی هر یک از اعضا است و جای این بحث‌ها در رسانه‌ها و در فضای عمومی نیست. اگر همه مسوولان خط مشی رهبری مبنی بر پرهیز از حاشیه سازی و اختلاف افکنی را دنبال کنند ما با این مسائل مواجه نخواهیم شد.