به گزارش ایرنا، «مرکز تحقیقات نجوم مراغه» در طول این سال‌ها، دوره‌های طلایی متعددی در زمینه‌های مختلف علمی و پژوهشی را پشت سرگذاشته تا جایی که در سال ۱۳۸۸ همایش بین‌المللی اخترفیزیک به مناسبت سال جهانی نجوم را برگزار کرد و علاوه بر محققان مقیم مرکز، پژوهشگرانی از دانشگاه‌های معتبر داخلی همچون صنعتی شریف و محققانی از موسسه‌های پژوهشی چون موسسه پژوهشی «ایزمیران» روسیه و رصدخانه «کوت دازور» فرانسه در قالب قراردادهای پژوهشی با این مرکز همکاری کردند.
برگزاری کارگاه‌های کشوری پیشرفته اخترفیزیک، کسب رتبه‌های برتر در شاخص نسبت مقالات ISI، کسب سهم ۰.۱۳ درصدی از تولیدات علمی کشور در سال ۱۳۸۶، چاپ و انتشار کتاب‌های تخصصی که آخرین مورد آن بر اساس محتوای سایت مرکز به سال ۱۳۹۷ برمی‌گردد، همکاری در برنامه‌های علمی بین‌المللی همچون پروژه کروناس - فوتون با مشارکت روسیه، فرانسه، ایران، بلژیک، سوئیس و پذیرش دانشجو در مقطع دکتری نیز تنها بخش اندکی از دستاوردهای این مرکز تا سال ۱۳۹۸ به شمار می‌رود.
اما مرداد ۱۳۹۸ را باید نقطه رکود فعالیت‌های این مرکز به شمار آورد، زیرا بعد از آن نه تنها برگزاری کارگاه‌های آموزشی و بسیاری از فعالیت‌های بین‌المللی آن روند کاهشی یافت، بلکه یک بام و دو هوای فعالیت این مرکز گویا آغاز شد.
رئیس دانشگاه مراغه الحاق را به فال نیک گرفته و در دوم مرداد ۱۳۹۸ اعلام کرده بود که «با عنایت به نتایج طرح آمایش آموزش عالی و ابلاغیه وزیر محترم علوم، تحقیقات و فناوری، طرح الحاق با حفظ ردیف بودجه آن مرکز تصویب شد»؛ هرچند که بعدها با مخالفت سازمان برنامه‌وبودجه، ردیف مستقل آن نیز حذف شد.
به گفته «محمدعلی لطف‌الهی»، این تصمیم با هدف هم‌افزایی بیشتر، کاهش هزینه‌های اداری، مالی و پشتیبانی و مشارکت دیگر اعضای هیات علمی دانشگاه مراغه در توسعه فعالیت‌های مرتبط با اخترفیزیک و نجوم گرفته شد، اما «ناصر صادق‌نژاد»، رئیس سابق مرکز تحقیقات نجوم می‌گوید که در طرح آمایش وزارت علوم، الحاق اجباری نبود و اصلا این طرح، موسسه‌های پژوهشی را شامل نمی‌شد.
وی بیان می‌کند: بعد از الحاق، ردیف مرکز حذف و اختیارات مرکز محدود شد و متاسفانه در مورد ابراز نارضایتی‌ها، برداشت‌های شخصی مطرح می‌شود و برخی‌ها تصور می‌کنند که ما به خاطر مسایل شخصی با موضوع الحاق مخالف بودیم، در حالی که این چنین نیست و بحث اصلی تعالی مرکز است.
«صادق‌نژاد» راجع به اهمیت فعالیت مستقل مرکز تحقیقات نجوم و اخترفیزیک اضافه می کند: «جایگاه علمی رصدخانه مراغه بعد از گذشت ۷۰۰ سال در مسیر احیا قرار گرفته بود».
وی در پاسخ به این سوال که چرا مدت هاست کسی در روابط عمومی مرکز تحقیقات نجوم به تلفن‌ها پاسخ نمی‌دهد، می گوید: بعد از الحاق، چهار نفر از کارکنان مرکز به دانشگاه مراغه انتقال یافتند و اکنون به دلیل نبود نیرو، روابط عمومی مرکز دیگر فعال نیست.
رئیس دانشگاه مراغه نیز در گفت‌وگو با خبرنگار ایرنا از عملکرد این مرکز پس از الحاق دفاع و اظهار می کند: ما فقط کارکنان بخش اداری را به دانشگاه منتقل کردیم؛ فعالیت‌های پژوهشی مرکز نیز کاهش نیافته و تنها بخشی از فعالیت‌ها از جمله برگزاری کارگاه‌های آموزشی و همکاری‌های بین‌المللی کمتر شده است.
«محمدعلی لطف‌الهی» با اشاره به اینکه افت روحی برخی از اعضای هیات علمی بعد از الحاق و شیوع کرونا از عوامل کاهش برخی فعالیت‌های این مرکز به شمار می‌رود، اظهار می کند: الحاق این مرکز پژوهشی به دانشگاه مراغه به هیچ وجه از سوی مسئوولان شهرستانی پیگیری نشده بود و البته باید به این موضوع هم توجه شود که این مرکز قبل از الحاق در پرداخت حقوق برخی از اعضای هیات علمی مشکلاتی داشت که اکنون این مشکل برطرف شده است.
به گزارش ایرنا اینکه فعالیت‌های اصلی مرکز از جمله پژوهش‌های علمی بعد از الحاق کاهش یافته یا نه، به کار کارشناسی از سوی وزارت علوم نیاز دارد، اما آنچه مسلم است، اعضای هیات علمی و کارکنان این مرکز به ایجاد انگیزه و تشویق برای بیرون آمدن از این محاق نیاز دارند تا شاید بار دیگر شاهد برگزاری کارگاه‌های آموزشی به ویژه در بستر فضای مجازی، فعال‌تر شدن سایت مرکز، برگزاری همایش‌های ملی و بین‌المللی، چاپ و نشر کتاب و موارد متعدد دیگر باشیم.
پیشنهاد تاسیس یک مرکز پژوهشی در مراغه با موضوع فعالیت در زمینه نجوم و اخترفیزیک به پشتوانه رصدخانه خواجه نصیرالدین طوسی که میراث علمی ارزشمند و به جامانده از تمدن عظیم ایرانی- اسلامی به شمار می‌رود، در اواسط سال ۱۳۸۰ به معاونت پژوهشی وزارت علوم ارائه شد.
شورای گسترش آموزش عالی نیز در اردیبهشت ماه ۱۳۸۱ با تاسیس این مرکز وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری موافقت اصولی به عمل آورد و در دیماه ۱۳۸۱ وزیر محترم وقت علوم طی حکمی ماموریت راه‌اندازی مرکز پژوهشی اخترفیزیک در مراغه را به جناب آقای دکتر «علی عجب‌شیری‌زاده» محول کرد.
موافقت قطعی شورای گسترش با تاسیس مرکز در خردادماه ۸۲ و تصویب اساسنامه مرکز تحقیقات نجوم و اخترفیزیک مراغه در آبان سال ۱۳۸۲ نیز از جمله مراحل بعدی تکمیل ساختار مرکز بود و پس از انتخاب هیات امنای منطقه یک پژوهشی به عنوان هیات امنای مرکز، مجموعه شرح وظایف، نمودار و پست‌های سازمانی مرکز نیز در مردادماه ۱۳۸۴ مورد تصویب هیات امنا قرار گرفت.
درج اعتبارات مرکز در قانون بودجه کل کشور نیز امری بود که بالاخره در قانون بودجه سال ۱۳۸۷ به انجام رسید و بر اساس طرح آمایش وزارت علوم، در مرداد ماه ۱۳۹۸ مرکز تحقیقات نجوم و اخترفیزیک مراغه به دانشگاه سراسری مراغه به ریاست پروفسور «محمدعلی لطف‌الهی یقین» الحاق گردید.