موتورسیکلت حامل محمدحسین فرج‌نژاد و خانواده اش، چهارشنبه شب در بلوار غدیر استان قم با یک خودرو سواری برخورد که متاسفانه پنج عضو این خانواده جان به جان‌آفرین تسلیم کردند.
در مراسم تشییع پیکر وی و خانواده‌اش، برنامه سوگواری و عزاداری همراه با سخنرانی با حضور مردم برگزار شد و ادامه مراسم امروز در شهرستان ابرکوه برگزار و در بهشت زهرای این شهر به خاک سپرده می‌شوند.
نماینده ولی‌فقیه در استان و امام جمعه یزد و مدیر حوزه‌های علمیه کشور در پیام‌های جداگانه رحلت این فعال فضای مجازی کشور را و مردم استان تسلیت گفتند.
در پیام آیت الله محمد رضا ناصری آمده است: درگذشت ناگهانی و دلخراش محقق فاضل و پژوهشگر انقلابی پرتلاش درحوزه های علمی، رسانه و فضای مجازی مرحوم مغفور حجت الاسلام دکتر محمدحسین فرج نژاد به همراه همسر و سه فرزند گرامش عمیقاً موجب تأثر و تأسف گردید.
این پیام می افزاید: اگرچه این ضایعه بسیار دردناک و جان فرساست ولی باید در برابر اراده حضرت باری تعالی سرخشوع به زیر آورد و با تمام توان صبر نمود که در این راه اجر و مزد اخروی فراوانی به همراه دارد.
در بخشی از پیام آیت‌الله علیرضا اعرافی هم آمده است: خبر تلخ و غم‌انگیز درگذشت فاضل گرانقدر، پژوهشگر ارجمند و فرهیخته جناب محمدحسین فرج نژاد(طاب ثراه) به همراه اعضای خانواده(ره) در سانحه رانندگی موجب تاسف شد.
وی ادامه داد: فعالیت علمی و رسانه‌ای اثرگذار و هدفمند در حوزه انقلاب‌اسلامی و اهداف آن از جمله یادگارهای آن دانشور متعهد است که عند الله ماجور خواهد بود.
اینجانب با تسلیت به بازماندگان، دوستان و همکاران آن فقید سعید، از درگاه خداوند برای ایشان و اعضای خانواده‌شان، غفران و روح و رضوان ربوبی و برای بازماندگان، سلامتی و شکیبایی مسئلت می‌نمایم.
بیشتر فعالان فضای مجازی و علوم انسانی وی را به عنوان یکی از متخصص‌ترین کارشناسان کشور در زمینه صهیونیست‌شناسی می دانستند و تمرکز بخش مهمی از تحقیقات اخیر وی در زمینه رویکردهای ضد صهیونیستی بود.
موتورسیکلت دارای پنج سرنشین بوده که پس از برخورد با خودروی سواری ۲۰۶، سرنشینان آن در دم جان باختند و راننده خودروی سواری نیز در این تصادف جان خود را از دست داد و سرنشین خودرو نیز به مرکز درمانی منتقل شد.