تفسیری که «آیت‌الله العظمی جعفر سبحانی» در دیدار با مقام معظم رهبری به انتشار آن اشاره کرده و بعدها مجموعه چند جلدی از همین تفسیر و سپس خالق آن اثر در محضر ولی فقیه حاضر شده‌اند.
او که متولد ۱۳۲۵ هجری شمسی در محله قم جنوبی مراغه و اکنون ساکن همین شهر می‌باشد، بین طلبه‌ها و اساتید حوزه علمیه قم به واسطه تدریس و نگارش نزدیک به ۴۰ عنوان کتاب و فعالیت‌های علمی گسترده، بیشتر شناخته شده است.
اکنون با تعداد اندکی از مردم مراوده داشته و خودش با طبع شعری که دارد، می‌گوید که در انزوا زندگی می‌کند اما مهارت‌های ارتباطات میان فردی چشمگیرش از یک سو و تعدد آثارش از سوی دیگر، نشان می‌دهد که فعالیت علمی و پژوهشی‌اش مجالی برای برقراری ارتباط با مردم را به وی نداده است.
همچون بسیاری دیگر از همشهریانش به زندگی در کهن‌شهر مراغه علاقه دارد و گهگداری این علاقه را در لابلای اشعارش به رشته تحریر در آورده تا جایی که در یکی از آنها با عنوان «سهند» اینگونه نوشته است که «در جای‌جای دامنه‌ات عشق و زندگیست/ از ذره‌ذره خاک تو خیزد نوا سهند/ با خون تو دیده به رگ‌های ما همی/ عشق و امید و مهر و صفا و وفا سهند».
با این مقدمه هم علما و طلبه‌های حوزه‌های علمیه شاید حدس زده باشند که از «آیت‌الله یعقوب جعفری» و ابعاد مختلف شخصیتی وی سخن به میان آمده است؛ هرچند که در این خصوص کتابی ۴۰۰ صفحه‌ای با عنوان «اسوه معرفت» در سال ۱۳۹۶ چاپ شده و نوشتن گزارش از فرد همراه را رعایت ایجاز راجع به ایشان، سهل به نظر نمی‌رسد.
اما بارقه امیدی برای نوشتن این گزارش از فرد و الگوسازی برای جوانان وجود دارد زیرا آیت‌الله جعفری تا حدودی از فعالیت‌های علمی پراکنده دوری کرده و در کنار دروس رسمی حوزه، ابتدا در مورد تاریخ اسلام و علم کلام و پس از آن در زمینه تفسیر و علوم قرآنی گام برداشته؛ جز سه سالی که در تفسیر وقفه داشته و به مسایل فقهی وقف پرداخته است.
وی در طول این سه سال فقه استدلالی را از دید مذاهب شیعی استخراج و آن را در ۱۱ جلد به سفارش معاونت فرهنگی سازمان اوقاف و امور خیریه به رشته تحریر در آورده؛ کتابی که به گفته خود آیت‌الله جعفری، غنای فقه شیعی را به خوبی نشان می‌دهد و یک استاد دانشگاه سنی‌مذهب در مدینه آن را بهترین تبلیغ برای شیعه خوانده است.
از تحصیل در مراغه تا تدریس در قم
ایشان از سن ۶ سالگی در یکی از مکتب‌خانه‌های قدیمی شهر مراغه به خواندن قرآن مشغول شد و دروس ابتدایی و اولیه را در مدرسه جامع و مدرسه امامزاده مراغه به تحصیل پرداخت و مقدمات را گذراند.
خودش می‌گوید: در حوزه علمیه مراغه به تحصیل ادبیات فارسی، عربی و متون درسی پرداختم و کتاب معالم‌الاصول را از اساتیدی چون مرحومان شیخ رضا ماجدی، شیخ حسین پیشنماز، شیخ احمد امینی و شیخ حسین هبتی کسب فیض کردم.
ایشان در سال ۱۳۴۰ به حوزه علمیه قم عزیمت کرد و به گفته خودش با وجود مشکلات مالی و کمبودهای شکننده، با اهتمام تمام به درس و بحث پرداخت و در محضر اساتیدی چون آیت‌الله حاج سیدیوسف مدنی، آیت‌الله شیخ یدالله و شیخ محسن دوزدوزانی، آیت‌الله ستوده، آیت‌الله اعتمادی، آیت‌الله مکارم، آیت‌الله سبحانی و آیت‌الله سیدرضا صدر ادامه تحصیل داد.
حدود ۱۵ سال در درس خارج مراجع بزرگ شیعه حضور یافته است
شیخ یعقوب حدود ۱۵ سال در درس خارج مراجع بزرگ شیعه از جمله آیت‌الله شیخ‌هاشم آملی، آیت‌الله فیروزآبادی و آیت‌الله شیخ کاظم تبریزی حاضر شد و در کنار خوشه‌چینی از دانش آنان، خود نیز به تدریس برخی از دروس پرداخت.
آیت‌الله جعفری طی این دوره علاوه بر تحقیق و نگارش کتاب و مقاله‌های قرآنی، فقه و اصول را در شبستان مسجد اعظم، تاریخ را در موسسه آموزش و پژوهشی امام خمینی (ره)، تفسیر و علوم قرآنی دوره دکتری در دو موضوع «تفسیر تطبیقی» و «علوم قرآنی» را در جامعه المصطفی العالمیه، تفسیر آیات مشکل قرآن در دوره کارشناسی ارشد را در مراکز تخصصی تفسیر و علوم قرآنی و تاریخ در نهج‌البلاغه در سطح دکتری را در دانشگاه علوم قرآن و حدیث تدریس کرد.
کتاب «اسوه معرفت» که به شرح حال و آثار آیت‌الله جعفری می‌پردازد نیز یکی از موفقیت‌های دوران تدریس وی را معرفی به عنوان استاد نمونه در گردهمایی اساتید جامعه المصطفی العالمیه طی سال ۱۳۸۷ ذکر کرده است.
مطالعات و آثار آیت‌الله جعفری در زمینه تاریخ اسلام
نخستین مطالعات آیت‌الله جعفری در کنار دروس حوزه که به نگارش دهها کتاب و مقاله منجر شد، به تاریخ اسلام اختصاص یافته است که کتاب‌هایی چون تاریخ اسلام از منظر قرآن، بینش تاریخی قرآن، بینش تاریخی نهج‌البلاغه، مسلمانان در بستر تاریخ و خوارج در تاریخ نتیجه همین مطالعات به شمار می‌رود.
آیت‌الله جعفری در کتاب «تاریخ اسلام از منظر قرآن» سیره نبوی را با استناد به آیات قرآنی بررسی کرده و برای توضیح بیشتر از منابع اصلی تاریخ و احادیث هم بهره گرفته است.
مطالعه این کتاب که به درخواست مرکز تدوین کتاب‌های درسی دانشگاه‌ها نوشته شده، به استادان معارف و تاریخ اسلام توصیه می‌شود و در نگارش آن تاریخ صدر اسلام و زندگی پیامبر (ص)، جنگ‌های صدر اسلام و دیگر پدیده‌های مهم آن دوران از منظر قرن بررسی شده است.
فصل نخست این کتاب به فلسه تاریخ و سنت‌های حاکم بر آن پرداخته و در فصل دوم نیز جاهلیت و ابعاد و نشانه‌های آن مورد بررسی قرار گرفته است.
مهمترین حوادث دوران ولادت پیامبر (ص) تا بعثت آن بزرگوار نیز فصل سوم از کتاب «تاریخ اسلام از منظر قرآن» را به خود اختصاص داده و فصل چهارم نیز رخدادهای دوران بعثت تا هجرت را مورد تجزیه و تحلیل قرار داده است.
در فصل پنجم از این کتاب پدیده‌های مهم و عبرت‌آور ۱۱ سال هجرت پیامبر (ص) تا رحلت آن بزرگوار درج شده و در خاتمه نیز به اختصار به موضوع آینده بشریت از نظر قرآن تمرکز شده است.
مطالعات و آثار آیت‌الله جعفری در زمینه تاریخ و علم کلام
مطالعات آیت‌الله جعفری در زمینه تاریخ و علم کلام پای وی را به فعالیت در عرصه نشریات و شبهه‌زدایی از ذهن‌های جوانان باز کرد و علاوه بر سردبیری مجلات مختلف علمی و همراهی با مجله مکتب اسلام، سرپرستی مجله تخصصی کلام اسلامی را در سوابق کاری ایشان ثبت کرد.
کتاب «اسوه معرفت» در مورد این بعد از شخصیت آیت‌الله جعفری اینگونه می‌نویسد که «از زمانی که پایه تاسیس رشته‌های تخصصی تبلیغ، تفسیر و کلام در حوزه علمیه قم گذاشته شد، به جهت سرپرستی رشته کلام به وسیله آیت‌الله سبحانی، مجله علمی کلام اسلامی از سوی موسسه امام صادق (ع) و به سرپرستی آیت‌الله جعفری انتشار یافت».
این مجله که سرفصل جدیدی در مجلات علمی کشور به شمار می‌رفت، با مقاله‌های تخصصی علم کلام به قلم آیت‌الله جعفری و سایر علما جان گرفت.
پاسخ به پرسش‌های دینی که از نقاط مختلف کشور و نیز مراکز فرهنگی اسلامی از جمله سایت جهانی «الشیعه» موسسه بین‌المللی اهل بیت (ع) به دست آیت‌الله جعفری می‌رسد و وی شبهه‌زدایی از اذهان جوانان دست می‌زند نیز جزو فعالیت ایشان در زمینه مسایل اعتقادی است.
مطالعات و آثار آیت‌الله جعفری در زمینه تفسیر و علوم قرآنی
گام بر داشتن در مسیر سرسپردگی قرآن و درک عمیق مفاهیم آن به صرف سالیان درازی نیاز دارد و آیت‌الله جعفری تلاش مستمری در این عرصه داشته و همواره بابت آن به درگاه ایزد متعال شاکر است.
یکی از کتاب‌های این عالم با عنوان «تفسیر آیات مشکل قرآن» که در سال ۱۳۹۵ در قطع وزیری و در ۴۸۰ صفحه چاپ شده، بر اساس آنچه که در کتاب «اسوه معرفت» نیز به آن اشاره شده است، در مقطع کارشناسی ارشد جامعه المصطفی العالمیه تدریس می‌شود.
آیت‌الله العظمی سبحانی: تفسیر کوثر با شیوه‌ای بس متناسب با نیازهای روز نگارش یافته و برای مخاطبان خاص خود هدیه گرانبهایی را تقدیم کرده است
«تفسیر کوثر» هم که تاکنون ۱۰ جلد آن انتشار یافته جزو تالیفات فاخری است که جایگاه علمی آیت‌الله جعفری را به خوبی نشان می‌دهد؛ بر اساس آنچه که در کتاب «اسوه معرفت» آمده، آیت‌الله العظمی سبحانی در مورد این اثر فرموده‌اند «این تفسیر با شیوه‌ای بس متناسب با نیازهای روز نگارش یافته و برای مخاطبان خاص خود هدیه گرانبهایی را تقدیم کرده است».
«تفسیر کوثر» در حقیقت یک تفسیر ترتیبی، علمی و اجتهادی از اول قرآن تا آخر قران بوده که با روشی خاص نگاشته شده است تا جایی که ضمن وفاداری به مفاهیم قرآنی و پرهیز از تفسیر به رای، معارف بلند آن مطابق با نیازهای عصر و با زبان روز ارائه شده است.
آیت‌الله جعفری به خاطر نگارش این تفسیر و سایر فعالیت‌های قرآنی‌اش طی سال ۱۳۸۰ در نمایشگاه بین‌المللی قرآن کریم تهران به عنوان خادم قرآنی مورد تجلیل قرار گرفت و از از طرف رئیس‌جمهوری وقت، لوح قدردانی و جایزه به ایشان اهدا شد.
همچنین در آیین اختتامیه مسابقه‌های کشوری قرائت قرآن که از سوی دارلقرآن امام علی (ع) قم برگزار شد، به خاطر این تفسیر به آیت‌الله جعفری لوح قدردانی و جایزه اهدا شد.
آیت‌الله سبحانی در همایش اساتید تفسیر حوزه علمیه قم نیز به جهت نگارش «تفسیر کوثر»، لوح قدردانی و جایزه به شیخ یعقوب اعطا کرده است.
خودش نیز در مورد انگیزه نگارش «تفسیر کوثر» اینگونه به خبرنگار ایرنا می‌گوید: قرآن به مانند باران رحمتی است که هرکسی می‌تواند به میزان ظرفیت خود از آن بهره بگیرد».
آیت‌الله جعفری: قرآن به مانند باران رحمتی است که هرکسی به میزان ظرفیت خود از آن بهره می‌گیرد
وی ادامه می دهد: مجموعه‌ای گرانسنگ از تفسیرهای گوناگون گذشتگان نیز به عنوان ثروتی عظیم و ماندگار در اختیارمان قرار دارد اما هنوز هم گنجینه پایان‌ناپذیر علوم و معارف قرآنی از نکات فراوانی انباشته است که کشف و استخراج آنها تعمقی دوباره و نگرشی تازه را طلب می‌کند.
به گفته وی «تفسیر کوثر» با توجه به نیاز جامعه برای پاسخ به سئوال‌هایی که در جوامع غربی مطرح می‌شود، نوشته شده و از دل آن آثار زیادی نیز استخراج می‌شود که «تفسیر نسیم کوثر» یکی از آنهاست.
دانشنامه مسایل فقهی وقف به زبان عربی
«موسوعه‌الوقف فی‌الفقه الاسلامی» عنوان مجموعه ۱۱ جلدی از آثار آیت‌الله جعفری است که دانشنامه‌ای در زمینه مسایل فقهی وقف به شمار می‌رود و در آن فقه استدلالی از دیدگاه مذاهب مختلف شیعه و کتاب‌های سطح بالا به زبان عربی استخراج شده است.
در این اثر گسترده، منابع هرکدام از مذاهب شیعه شامل امامیه، زیدیه، شافعی، حنبلی، حنفی و مالکی به ترتیب تاریخ تالیف تنظیم شده است و به این طریق می‌توان به تاثیر و تاثرهای مولفان، پیدایش فرع‌های جدید فقهی و شیوه طرح مسائل و بررسی تطبیقی مباحث پرداخت.
شرح کتاب‌های خطی «جمل العلم و العمل» نوشته شریف مرتضی ملقب به علم‌الهدا، «مناهج الیقین» از آثار کلامی علامه حلی و «الفصول المختاره» نیز از دیگر فعالیت‌های آیت‌الله جعفری در زمینه تحقیق و تصحیح به شمار می‌رود.
آیت‌الله جعفری علاوه بر آن در ترجمه نیز دستی بر آتش داشته که مجموعه ۲ جلدی «الخصال»، «التوحید»، «الارشاد»، «رسم الخط مصحف»، «طب النبی و طب الصادق»، «شواهد التنزیل» از جمله آنهاست.
به گزارش ایرنا آیت‌الله محمدتقی پورمحمدی، امام جمعه مراغه و نماینده مردم آذربایجان‌شرقی در مجلس خبرگان رهبری در نوشته‌ای که راجع به آیت‌الله جعفری دارد و در کتاب «اسوه معرفت» نیز چاپ شده، وی را یکی از شخصیت‌های علمی و دینی جامعه عنوان کرده و نوشته است: «کارنامه علمی آیت‌الله جعفری پربار و درخشان است؛ تدریس، تحقیق، تالیف، تبلیغ، تصحیح کتاب، و نگارش دهها مقاله در مجلات علمی و دینی و از همه مهمتر نگارش تفسیر گرانسنگ و ارزنده «کوثر» است.
وی ادامه می‌دهد: از ویژگی‌های نگاشته‌های ایشان، درک نیازهای فکری جامعه به خصوص نسل جوان است و ایشان با داشتن قلمی استوار و ذوقی تحسین‌برانگیز و آگاهی‌های لازم و گسترده از تاریخ اسلام و مکتب فکری قدیم و جدید و تحلیل واقع‌بینانه از مباحث روز و ارزش‌های فرهنگی به دفاع از مکتب تشیع پرداخته است.
نظر آیت‌الله العظمی سبحانی نیز خواندنی است و ایشان طی سال ۱۳۹۵ شیخ یعقوب را از فضلای حوزه علمیه قم خطاب کرده‌اند که سالیان درازی خوشه‌چین خرمن علمی بزرگان و مراجع قم بوده‌اند و در برخی از رشته‌ها از جمله تفسیر متخصص هستند.
«میرزا حسین کریمی مراغه‌ای» شاعر بزرگ معاصر مراغه نیز شعری با عنوان «یاهو» درباره آیت‌الله جعفری سروده که در بیتی از آن وی را صاحب تفسیر کوثر و طبعش را سلسبیل خوانده است.
سرو سبز بوستان است آیت‌الله جعفری/ افتخار دوستان است آیت‌الله جعفری
با جنابش از طفولیت رفاقت داشتیم/ دلنواز و مهربان است آیت‌الله جعفری
سالها در هیئت ما او افاضه کرده است/ جان‌نثار خاندان است آیت‌الله جعفری
حالیا در محضر معصومه بانوی حجاز/ خادم آن آستان است آیت‌الله جعفری
شرح نون والقم بر گنبد دانش عَلَم/ صاحب نطق و بیان است آیت‌الله جعفری
صاحب تفسیر کوثر طبع او چون سلسبیل/ شاعر شیرین‌زبان است آیت‌الله جعفری
ره ندارد آفت پیری با باغ عمر او/ در طراوت نوجوان است آیت‌الله جعفری
کهکشان آسمان دانش و فضل و ادب/ ما نورافشان جان است آیت‌الله جعفری
نام یعقوب است اما در وجاهت یوسف است/ دلنشین و دلستان است آیت‌الله جعفری
ای کریمی هرچه گویی در مقام وصف او/ صد برابر آن چنان است آیت‌الله جعفری