نظام بانکی در دهه‌های اخیر دچار چالش‌ها و معضلات متعددی بوده است، برای پی بردن به این چالش‌ها در شرایط موجود، لازم است مقداری به گذشته بازگردیم. به نظر می‌رسد اقتصاد ایران از نبود استقلال بانک مرکزی در معرض آسیب قرار دارد که این موضوع بحث برانگیز همان چالش دولت‌ها و بانک مرکزی بوده است.
استقلال بانک مرکزی نیز بارها در طی سالیان گذشته مورد بحث و مناقشه بوده، اگرچه این موضوع بحث مهمی است؛ اما نکته مهم در تحلیل این مساله آن است که شاید لازم باشد قبل از استقلال بانک مرکزی باید به موضوع نظام مالی و بودجه‌ای دولت پرداخته شود.
به اعتقاد کارشناسان اقتصادی در شرایطی که تسلط مالی دولت در اقتصاد کشور وجود دارد، سیاست پولی نمی‌تواند مستقلاً وجود داشته باشد. به همین دلیل باید یادآور شد تا زمانی که اصلاحات بسیار جدی در نظام بودجه‌ای دولت انجام نشود، سیاست پولی وجود ندارد که بتواند توسط یک نهاد مستقل یا یک نهاد غیرمستقل اعمال شود. بنابراین، باید نخستین دغدغه قبل از استقلال بانک مرکزی وجود سیاست پولی باشد.
منتقدین عنوان می‌کنند، یکی دیگر از مواردی که موجودیت سیاست‌های پولی را زیر سوال می‌برد، سیاست‌های ارزی است. مادامی‌که سیاستگذار به دنبال پایین نگه داشتن مصنوعی نرخ ارز برای تامین همه کالاهاست، بانک مرکزی فاقد سیاست ارزی است و سخن گفتن درباره استقلال سیاست ارزی، وجاهت چندانی ندارد. بنابراین لازم است طرز فکر بدنه دولت به سیاست‌های پولی و ارزی تغییر کند. یعنی «پیش‌نیاز استقلال بانک مرکزی» اصلاح نظام بودجه‌ریزی و اصلاح نظام ارزی است.
متاسفانه اقتصاد ما به‌دلیل ساختاری که دارد، همواره با کسری بودجه قابل توجهی مواجه بوده است و در این شرایط به‌دلیل دولتی بودن اقتصاد، استقلال بانک مرکزی کارآیی مطلوبی ندارد. به عبارت دیگر در این شرایط و ساختار اقتصادی، بانک مرکزی نمی‌تواند بگوید من مستقل هستم و اجازه نمی‌دهم از نظام بانکی و بانک مرکزی استقراض کنید و پول بدون پشتوانه منتشر نمی‌کنم و همچنین بدهی‌ها و اوراق قبلی‌تان را هم که منتشر کرده‌اید، باید برگردانید. اصلا چنین چیزی در این ساختار اقتصادی ایران، امکان‌پذیر نیست.
بنابراین کارشناسان اعتقاد راسخ دارند اگر اصلاح بودجه‌ریزی به نحوی صورت گیرد که دیگر به طور مداوم، کسری بودجه از محل منابع بانک مرکزی تامین نشود و همچنین بانک مرکزی به طور همزمان اصلاح نظام بانکی را آغاز کند، می‌توان امیدوار بود که مسیر استقلال بانک مرکزی هموار خواهد شد.