خلیج گرگان طی سالهای اخیر با مشکلات بسیاری دست به گریبان است که برخی از آن‌ها مانند خشکسالی، کاهش نزولات آسمانی ،افزایش تبخیر و کاهش حجم آب ورودی از دریای خزر به خلیج گرگان ریشه طبیعی و فرابشری دارد اما مشکلاتی مانند کاهش آب شیرین ورودی رودها به خلیج گرگان ناشی از احداث سازه‌های آبی در مناطق بالادستی، دست اندازی به اراضی ساحلی مستحدثه ( اراضی ایجاد شده پس از پسروی آب ) و ورود انواع پسماند و فاضلاب صنعتی ، زراعی و شهری ناشی از رفتارها و نوع مدیریت انسانی است.
حدود ۱۰ شهر کوچک و بزرگ و ده‌ها روستا در استانهای گلستان و مازندران با جمعیت بیش از ۴۰۰ هزار نفر پیرامون خلیج گرگان سکونت دارند که بر اساس آمارها فقط یک شهر در گلستان در حاشیه این اکوسیستم آبی دارای سیستم جمع‌آوری و تصفیه فاضلاب است که در خوشبینانه‌ترین حالت فقط ۴۰ درصد فاضلاب مجتمع های مسکونی این شهر به آن متصل است.
هرچند بر اساس اسناد و مستندات رسیده به ایرنا، خروجی این تصفیه‌خانه با استاندارد جهانی پساب ایمن فاصله زیادی دارد و دارای‌بارآلایندگی بالایی است.
ورود انواع آلاینده های جامد یا سیال به خلیج گرگان به ورود فاضلاب شهری خلاصه نمی‌شود بلکه بخشی از فاضلاب واحدهای صنعتی شهرهای پیرامونی هم بصورت خام و یا تصفیه شده و بخش زیادی از پساب زراعی صدها هزار هکتار زمین کشاورزی و سیالات حاوی انواع کودها و سموم هم به خلیج گرگان می‌ریزد که این کار در ۲ سال گذشته زمینه بروز بیماری بوتولیسم و مرگ و میر حدود ۹۰ هزار پرنده حمایت‌شده و در معرض خطر انقراض را در پی داشت.
هر چند در ماه‌های اخیر و پس از سفر اسفند ماه سال گذشته رییس جمهور به گلستان، لایروبی کانال‌های آبرسان خلیج گرگان با محوریت کانال آشور در حال انجام است اما به عقیده کارشناسان فلسفه این پروژه بهبود تبادل آبی بین دریای خزر و خلیج گرگان است و خروجی این پروژه ظرفیت و توان لازم برای افزایش حجم و بهبود تراز آبی خلیج گرگان را ندارد به زبان ساده‌تر لایروبی شاید بتواند کمیت فعلی آب خلیج گرگان را حفظ کند اما در خصوص کیفیت آب خزر نقش و تاثیر گذاری زیادی نخواهد داشت.
حفظ کیفیت آب خزر و جلوگیری از ورود منابع آلاینده نیازمند عزم و اراده جدی تر مدیران و دستگاه‌های متولی است تا در کنار تلاش برای حفظ کمیت آب خلیج گرگان کیفیت آب این بوم سازگان ارزشمند نیز ارتقا یابد.
یکی از اساتید دانشگاه در این خصوص به خبرنگار ایرنا گفت: شرایط جغرافیایی و توپوگرافی خلیج گرگان این اکوسیستم ارزشمند را به محل پذیرش انواع آلاینده‌های خانگی ، زراعی و صنعتی تبدیل کرده و کیفیت آب این زیستگاه ارزشمند را تحت تاثیر قرار داده است.
محمدرضا ملاعباسی افزود: اگر سرانه ملی تولید فاضلاب توسط هر فرد ساحل‌نشین را در تعداد ساکنان پیرامون خلیج گرگان ضرب شود، ما را به این نتیجه می‌رساند که میلیون‌ها لیتر فاضلابی به طور مستمر وارد این پهنه آبی می‌شود و حیات آبزیان ، پرندگان و سایر زیستمندان خلیج گرگان را تهدید می‌کند.
وی ادامه داد : علاوه بر فاضلاب ورودی از سوی مناطق ساحلی خلیج گرگان، بخشی از آلودگی‌های دریای خزر در اثر جریانات چپ‌گرد این دریا به سوی خلیج گرگان وارد این پهنه آبی می‌شود و سطح آلودگی این اکوسیستم را افزایش داده است.
وی افزود: استمرار ورود انواع آلاینده‌های شیمیایی، فیزیکی، میکروبی سبب شد تا شناگاه‌های واقع در پیرامون این خلیج گرگان سال به سال کمتر شود.
ملاعباسی گفت : در گذشته شنا در خلیج گرگان و سواحل بندرگز و بندرترکمن متداول بود اما در سالهای اخیر شنا در آب خلیج گرگان به دلیل آلودگی میکروبی و احتمال انتقال بیماریها از طریق آب و سایر خطرات بهداشتی مرتبط به سلامت شناگران، توصیه نمی‌شود چرا که آب این سواحل از لحاظ باکتریهای شاخص بیماریزا، برای شنا در وضعیت نامطلوبی قرار گرفته و احتمال انتقال بیماری در شناگران وجود دارد.
عضو تشکل‌های زیست محیطی گلستان هم در گفتگو با خبرنگار ایرنا گفت: سالهاست فاضلاب شهر و روستایی پیرامون خلیج گرگان به صورت خام و سرشار از مواد شیمیایی وارد خلیج گرگان می‌شود و هیچ نهادی برای توقف این تهدید بزرگ پیشگام نمی شود.
عبدالحکیم ادریسی افزود: افزایش کاربرد انواع مواد شوینده و شیمیایی در امور روزمره زندگی سبب شده که سطح آلایندگی فاضلاب حاصله از فعالیت‌های خانگی نسبت به چند سال گذشته بیشتر شود و این نوع فاضلاب در نتیجه غفلت و کم‌توجهی متولیان وارد یکی از مهمترین و ارزشمندترین مناطق پناهگاه حیات وحش میانکاله می‌شود.
وی ادامه داد: حجم بالای آلایندگی آب خلیج گرگان در سالیان اخیر به شکل‌های مختلف برای ساحل نشینان هویدا شده که مرگ دسته جمعی ماهی‌ها، وقوع بوتولیسم و تلف شدن حدود صد هزار پرنده و پدیده چنگ جلبکی و بوی تعفن ناشی از آن، نمونه اوج آلودگی آب این پهنه آبی است.
وی ادامه داد: هر چند لایروبی خلیج گرگان ارزشمند و مطلوب است اما باید همزمان با لایروبی کانال‌ها برای بهبود کیفی آب خلیج گرگان هم دست به کار شد و احداث و تکمیل تصفیه خانه‌های فاضلاب شهرهای ساحلی و مدیریت پساب صنعتی و زراعی صدها هزار هکتار از اراضی پیرامونی را جدی گرفت.
فرماندار بندرترکمن هم گفت که فقط ۴۰ درصد از فاضلاب خانگی این شهر به مرکز تصفیه‌خانه شهرستان متصل است و باقی‌مانده بصورت مستقیم و بدون تصفیه به خلیج گرگان و منابع زیرسطحی هدایت می‌شود.
عبدالغفور غراوی در گفتگو با خبرنگار ایرنا اظهار داشت: حجم فاضلاب بندرترکمن در فصول مختلف متغییر است و نمی‌توان عدد ثابتی برای میزان فاضلابی که به سوی خلیج گرگان سرازیر می‌شود ارائه کرد .
وی افزود: وضعیت مدیریت فاضلاب شهرهای ساحلی گلستان به سبب برخی کمبودهای ناشی از دوره‌های گذشته تا رسیدن به جایگاه مطلوب فاصله زیادی دارد و بهسازی شبکه جمع‌آوری و تصفیه همه فاضلاب شهر از توان دستگاه های اجرایی شهرستان و استان خارج است.
فرماندار بندرترکمن آلودگی پساب هدایت شده از سوی تصفیه‌خانه به سمت خلیج گرگان را تایید نکرد و گفت : تاکنون گزارشی در این خصوص دریافت نشده است .
غراوی ادامه داد : مقرر شده تا کانال موجود بین تصفیه‌خانه تا خلیج گرگان لایروبی و عملیات انتقال پساب با روند مطلوب‌تری انجام شود .
وی به فعالیت واحد آب شیرین‌کن در این شهرستان اشاره کرد و گفت : پساب این واحد آب شیرین‌کن در طول مسیر به فاضلاب شهری وارد می‌شود و این امر رقیق‌ترشدن فاضلاب منتهی به خلیج گرگان را در پی دارد.
به گزارش ایرنا و براساس قانون مسوولیت حفاظت کیفی از منابع آبی خلیج گرگان به عنوان بخشی از پناهگاه حیات وحش میانکاله برعهده اداره کل حفاظت محیط زیست مازندران، مسوولیت تصفیه فاضلاب‌های شهری برعهده شرکت‌های آب و فاضلاب شهرستان‌های پیرامونی خلیج و حفاظت از حریم و بستر رودخانه‌ها و جلوگیری از تغییرات کمی برعهده امور آب منطقه ای گلستان و مازندران است.
کمک به خلیج گرگان نیازمند مشارکت و همکاری همه جانبه بوده و هیچ ارگانی به تنهایی توانایی رسیدگی به مشکلات این پهنه آبی را ندارد.
علاوه بر مشکل ورود فاضلاب همچنین باید گفت که گرگان تنها خلیج دریای خزر در محدوده جغرافیایی ایران و استان گلستان است که به دلیل پسروی زیاد آب و ناتوانی در اجرای طرح‌های مناسب و کارشناسی، فاصله چندانی با خشکی کامل ندارد.
این خلیج درسال ۱۳۵۴ به همراه تالاب میانکاله و لپوی زاغمرز در استانهای گلستان و مازندران به عنوان نخستین مجموعه تالاب بین‌المللی جهان در فهرست تالاب‌های کنوانسیون رامسر به ثبت رسید تا ثابت شود نه فقط این خلیج، بلکه نواحی اطراف آن نیز یک مجموعه ارزشمند زیست محیطی است.
خلیج گرگان از لحاظ اقتصادی و اکولوژیکی دارای اهمیت بوده و در تکثیر آبزیان، ماهیان استخوانی و غضروفی و جذب پرندگان مهاجر زمستانی نقش مهمی دارد.
عمق خلیج گرگان که در برخی نقاط به حداکثر سه متر می‌رسید، اینک دراثر رسوب‌گذاری به ۱,۵ متر کاهش پیدا کرده است و به‌همین دلیل به‌سرعت به سمت نابودی پیش می‌رود.
خلیج گرگان از لحاظ موقعیت جغرافیایی در جنوب شرقی دریای خزر و در حوزه شهرستان های بندرترکمن، بندرگز، نوکنده و بهشهر واقع است و از ۶۰ کیلومتر طول و حداکثر ۱۲ کیلومترعرض برخوردار بوده و دارای امتداد شرقی – غربی است.