آیت الله ناصر مکارم شیرازی از مراجع عظام تقلید با صدور پیامی بیان کرده است: با نهایت تأثر و اندوه از حمله تروریستی در آستان حضرت احمد بن موسی (ع) و شهادت و مجروح شدن قریب ۴۰ نفر از زائرین آن بارگاه ملکوتی مطلع شدم. مردان و زنان و کودکان بی‌گناهی که آماج گلوله‌های جنایتکاران تکفیری قرار گرفته و در محل عبادت با خداوند یکتا به خون غلطیدند.
پیام حاکیست: این روزها که امنیت کشور عزیزمان تهدید شده است، فرصتی برای دشمنان و بدخواهان کشور و مردم و انقلاب مهیا گردیده تا در سایه حوادث اسفبار اخیر، به جنایات و پلیدی‌هایی که در سر داشته‌اند جامه عمل بپوشانند و جریان‌های تکفیری که نه از اسلام بهره‌ای برده‌اند و نه از انسانیت، با ترور زنان و کودکان بی‌دفاع، این گونه دست به جنایت بزنند.اما بدانند که مردم این سرزمین و به خصوص مردم دیار فارس که همواره دیار جوانمردان و دینداران و محبین اهل بیت (علیهم السلام) بوده و هست از توطئه‌های دشمن به خوبی آگاه بوده و در راه دفاع از دین و سرزمین خویش آماده مجاهدت می‌باشند و به زودی جنایتکاران کیفر اعمال وحشیانه خود را خواهند دید و زبانه آتشی را که افروخته‌اند، دامن خودشان را خواهد گرفت.
دربخش دیگری ازاین پیام آمده است: اینجانب با دلی اندوهگین و آکنده از غم، این مصیبت جانسوز را به محضر حضرت ولی عصر(ارواحنا فداه) و آستان رفیع شاهچراغ و اهالی استان فارس و خطه شیراز و خصوصا وابستگان شهدای این جنایت هولناک تسلیت عرض نموده و علو درجات برای این شهدای والا مقام و صبر و شکیبایی برای بازماندگان و عافیت و بهبودی برای مجروحان را از درگاه خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
آیت الله جعفر سبحانی از دیگر مراجع عظام تقلید نیز با صدور پیامی آورده است: حادثه ددمنشانه و دور از انسانیت که در شب پنجشنبه در حرم مطهّر احمد بن موسی الکاظم شاهچراغ (ع) رخ داد، ایران اسلامی را در غم و حزن فرو برد، انسان های بی خبرِ از خدا و دور از انسانیت در مکان مقدس، جمعی از مردان و زنان و کودکان را که مشغول راز و نیاز بودند با سلاح گرم به شهادت رساندند و از این طریق وجدان شیطانی خود و مسببان و طراحان حادثه خونبار را راضی ساختند.
پیام حاکیست: این حادثه می تواند برای آن دسته از معترضانِ غفلت زده ماه اخیر، زنگ بیدار باش باشد، که نتیجه آن کار های کودکانه و حساب نشده، همین نوع حوادث است.اینجانب مراتب تسلیت خود را از صمیم دل به اهالی محترم شیراز و سایر هم میهنان و خانواده های داغدیده تقدیم نموده و برای همگان صبر جمیل و اجر جزیل از خداوند متعال خواهانم و همچنین برای روح شهداء حرم مقدس از خداوند متعال طلب رحمت و علوّدرجه خواهانم.
آیت الله حسین نوری همدانی از دیگر مراجع عظام تقلید با صدور پیامی بیان کرده است: خبر حادثه تروریستی در حرم مطهر حضرت احمد بن موسی شاهچراغ (علیه السلام) و شهادت عده ای از عزیزان موجب تأسف و تأثرعمیق گردید. بدون شک این اقدام با پشتوانه مالی و اطلاعاتی برخی از کشورهای مستکبر از جمله امریکا و اسرائیل و ایادی منطقه‌ای آنان با استفاده از شرایط پیش آمده داخلی صورت پذیرفت.
دربخش دیگری ازاین پیام آمده است: اینجانب ضمن محکوم کردن این جنایت هولناک و تسلیت به ملت عزیز ایران خصوصاً اهالی متدین فارس و خانواده معظم شهدای این حادثه تروریستی، از مسئولان محترم می خواهم بطور جدی این موضوع را پیگیری نموده و با همه کسانی که امنیت مردم را به خطر می اندازند و زمینه ساز ناامنی هستند برخورد نمایند و با کمک مردم شجاع ایران زمینه سوء استفاده از دشمنان گرفته شود.امروز وظیفه اول همه مدیران خدمت به مردم و حل مشکلات آنها و حفظ نظام مقدس جمهوری اسلامی می باشد.
آیت الله عبدالله جوادی آملی از مراجع عظام تقلید نیز در پیام خود بیان کرده است: حرم امن اهل بیت (علیهم السلام) همانند کعبه، از ابرهه تکفیری مصون خواهد ماند. شهدای حرم حضرت احمد بن موسی (علیهما السلام)، همانند دیگر شهدای اسلامی محشور با دوده طاها و اسره یاسین اند. مجروحان این سانحه سنگین شفا یابندگان دارالشفای ولایت اند. استقامت ایران بزرگ اسلامی خصوصاً رجال نامور و بانوان بزرگوار شیراز، سهم ستودنی در تحکیم و تمامیت ارضی ایران مستقل داشته و دارند.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز با صدور پیامی آورده است: دشمنان اسلام، در جنایتی خونبار با هتک حریم مطهر و مقدس حضرت احمد بن موسی (علیهما السلام) جمعی از زائران و ارادتمندان آن حریم قدسی را مظلومانه شهید و مجروح کردند.
دربخش دیگری ازاین پیام آمده است: این اقدام دهشتناک در ادامه طراحی‌های اخیر دشمنان ملت ایران برای ناامن سازی کشور و جنگ ترکیبی دستگاه‌های جاسوسی و اطلاعاتی نظام سلطه و در رأسشان آمریکای جنایتکار است و باید به این مهم توجه داشت که آشوب‌ها، تخریب اموال عمومی و خصوصی و حرمت شکنی‌های اخیر، امروز کار را به جایی رسانده است که دشمن با جسارت و وقاحت تمام به حرم اهل بیت (علیهم السلام) حمله می‌کند.
پیام حاکیست: جامعه مدرسین حوزه علمیه قم این جنایت تکفیری را محکوم کرده و باعرض تسلیت به حضرت ولی‌اللَّه الاعظم (عجل الله تعالی فرجه الشریف)، رهبر معظم انقلاب اسلامی (مدظله العالی)، مراجع عظام تقلید (دامت برکاتهم) و خانواده‌ی معظم این شهداء اعلام می‌دارد: این اقدامات کور و کینه توزانه در به شهادت رساندن مردم بی دفاع، نشانه عجزدشمنان انقلاب اسلامی است. ملت بصیر و صبور ایران با شناخت توطئه‌های پیچیده دشمنان اسلام، همیشه خنثی کننده نقشه‌های آنان بوده‌اند و این حوادث، استحکام پولادین ملت ایران را متزلزل نخواهد کرد.
پیام ادامه یافته است: برخی از خواص مدعی علم و سابقه انقلابی که بر اثر موج سنگین رسانه‌ای دشمن و عدم تشخیص روایت‌های حقیقی از روایت‌های دروغین بر نظام اسلامی زخم زبان زدند و بر طبل اختلافات مذهبی کوبیدند، بدانند؛ این حوادث دست دشمن را بار دیگر آشکار کرد و محوریت دشمن در این قضایا را به اثبات رساند. از درگاه خداوند متعال برای شهدای این جنایت، علو درجات و برای مجروحین شفای عاجل، مسئلت داریم و از مسؤولین قضایی و امنیتی و انتظامی خواستاریم عاملان این جنایت را در اسرع وقت به سزای اعمالشان برسانند و چون همیشه پاسدار امنیت کشور عزیزمان باشند. “وَمَکَروا وَمَکَرَ اللَّهُ وَاللَّهُ خَیرُ الماکِرین”
غروب روز چهارشنبه (۴ آبان ۱۴۰۱) فردی مسلح با حمله به نمازگزاران در حرم مطهر حضرت شاهچراغ (ع) در شهر شیراز ۱۵ نفر از جمله چند زن و کودک را به شهادت رساند و بنا بر آخرین اعلام مسئولان استان فارس، ۲۶ نفر را مجروح کرد.