واحد امور گمرکی اولین واحد اجرایی پس از تشکیل سازمان مناطق آزاد است و تمامی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، دارای تشکیلات گمرکی هستند. تمامی واحدهای تجاری و افراد حقیقی که در محدوده منطقه آزاد فعالیت می‌کنند از ابتدای ورود کالا تا فرآیندهای تولید و صدور کالا موظف هستند با این واحد گمرکی کار کنند؛ البته اصلی‌ترین و مهم‌ترین مزیت ایجاد کسب و کار در مناطق آزاد تجاری، مستثنی شدن از قوانین گمرکی است.
بر اساس قانون شرکت‌های ثبت شده در مناطق آزاد، تا ۲۰ سال از پرداخت مالیات معاف هستند و تردد و اقامت اتباع خارجی در منطقه آزاد تجاری آسان است. در منطقه آزاد، می‌توان شرکت را با ۱۰۰ درصد مالکیت خارجی ثبت کنید. تعرفه‌های خدمات و حمل و نقل در فرودگاه‌های مناطق آزاد تجاری کمتر است؛ اینها مزایای مناطق آزاد تجاری و صنعتی هستند.
در تمامی دنیا مناطق آزاد در یک محدوده محصور شده با وسعت محدود، برای تجارت و کار صنعتی و اقتصادی با تمام زیرساخت‌های لازم احداث شده اما در ایران مناطق آزادی به وسعت ۴۰۰ هزار هکتار بدون هرگونه زیرساختی راه‌اندازی شدند.
گسترش مناطق آزاد تجاری در ایران نیز به نظر می‌رسد تنها یک بازی سیاسی برای جلب توجه مردم و حیاط‌خلوت سیاسیون و نمایندگان بوده است.
مناطق آزاد باید به محل ورود فناوری‌های پیشرفته به داخل کشور باشند، همچنین محلی برای تولید بدون دغدغه محصولات داخلی و صادرات آنها باشد، در حالی که هم اکنون مناطق آزاد تبدیل به دروازه واردات کالاهای خارجی تبدیل گشته‌اند و در این مناطق به جای کارگاه‌های تولیدی تنها مجتمع‌های تجاری لوکس در حال احداث است.
امروز مناطق آزاد کشور، عمدتاً به واردات کالاهای لوکس و غیر ضروری، به داخل کشور محدود شده‌اند. علت این امر را می‌توان فقدان مقررات و قوانین روشن جهت فعالیت این‌گونه مناطق دانست. در چند سال اخیر برخورد اشتباهی با تولیدکنندگان در مناطق آزاد شده که باعث دلسردی سرمایه‌گذاران فعلی و فرار سرمایه‌گذاران جدید به کشورهای همسایه شده است و معتقدم مشوق‌های معافیت مالیاتی و گمرکی باید اعمال شود.
موضوع دیگر ابلاغ قانون ۱۳ دی ماه ۱۴۰۰ مبنی بر دریافت مجدد مالیات ارزش افزوده مورد انتقاد همگان است. ابلاغ این قانون فشار مضاعفی بر تولیدکنندگان در مناطق آزاد ایجاد کرده است.
فلسفه‌ی وجودی مناطق آزاد کشور، بهره‌وری بهینه از ظرفیت‌های موجود در راستای"تولید، اشتغال و فعالیت‌های اقتصادی" در این مناطق است. همچنین طبق رهنمودهای مقام معظم رهبری تمام فعالیت‌ها باید علم پایه و فناورانه باشد و در حوزه ظرفیت‌های اقتصادی و کشاورزی کشور، اقدامی ماندگار انجام شود تا علاوه بر تامین تولید داخلی، زمینه‌ی صادرات را نیز فراهم کند.
در ادبیات بین‌المللی، مناطق آزاد اقتصادی از تعاریف، اهداف، انواع و حتی اسامی متعددی برخوردارند، اما با بررسی این تعاریف، می‌توان دریافت که این مناطق از چارچوب و قواعدی کلی تبعیت می‌کنند؛ اغلب مناطق یک یا چند معافیت مالی و مقرراتی را در محدوده‌ای از سرزمین خود اعطا می‌کنند تا به هدف‌های خاصی برسند. این اهداف می‌تواند شامل جذب سرمایه‌گذاری خارجی، تولید و صادرات کالا و خدمات باشد که طبیعتاً با تحقق این اهداف، نتایجی نظیر توسعه منطقه‌ای، افزایش درآمدهای کشور یا افزایش اشتغال پدید خواهد آمد.
جذب سرمایه‌گذاری، تولید و صادرات، از اهداف اصلی مناطق آزاد مخصوصاً در کشورهای در حال توسعه محسوب شده که بدون تحقق آنها، نمی‌توان منطقه آزادی را موفق دانست و با تحقق آنها، سایر اهداف نظیر اشتغال و توازن منطقه‌ای شکل خواهد گرفت؛ در غیر این صورت، ایجاد توسعه نسبی از محل واردات و خرده‌فروشی اقلام خارجی (کالای همراه مسافر) به‌منظور ایجاد اشتغال و جذب گردشگران داخلی، در تضاد با مناطق آزاد موفق جهانی است، زیرا آثار سوء آن از قبیل کوچک‌کردن بازار تولیدات ملی و واردات بی‌رویه، گریبان‌گیر اقتصاد ملی خواهد شد.