بر اساس ادعای مقامات آمریکایی، خان که اکنون ۴۲ سال دارد، در سال ۲۰۱۲ به توطئه با اعضای القاعده که مسئولیت حملات سال ۲۰۰۱ را برعهده گرفته و همچنین حمایت مادی از تروریسم و جاسوسی اعتراف کرده است و از آن زمان به عنوان شاهد دولت آمریکا در این پرونده در زندان گوانتانامو حضور داشت.
او در پاکستان دستگیر شد و ابتدا در یک "مرکز" ناشناس سیا در سالهای ۲۰۰۳ تا ۲۰۰۶ نگهداری می شد.
به گفته مقامات آمریکایی هنوز ۳۴ زندانی در زندان گوانتانامو حضور دارند و ۲۰ نفر دیگر نیز واجد شرایط انتقال از این زندان هستند.
پنتاگون در بیانیه ای اعلام کرد، لوید آستین، وزیر دفاع آمریکا سال گذشته به قانونگذاران این کشور در مورد قصد خود برای انتقال خان از زندان گوانتانامو اطلاع داده بود.
گوانتانامو به عنوان بدنام‌ترین بازداشتگاه جهان با ۲۱ سال قدمت، در چهار دوره ریاست‌جمهوری آمریکا به نماد نقض حقوق بشر تبدیل شده؛ زندانی مخوف که از سال ۲۰۰۲ افتتاح و ۷۸۰ زندانی از ۴۸ کشور را در خود جای داد و هنوز دایر است.
در تاریخ ۱۱ ژانویه ۲۰۰۲ یعنی چهار ماه پس از حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱، ایالات متحده یک زندان با امنیت بالا در پایگاه خود در خلیج گوانتانامو ایجاد کرد. از آن زمان تا سپتامبر ۲۰۲۱ که حدود یک دهه می‌گذشت از مجموع ۷۸۰ بازداشتی، ۷۳۲ نفر بدون اتهام آزاد شدند و پس از آن نیز برخی دیگر یا آزاد یا به زندان‌های دیگر منتقل شدند.
به گزارش ایرنا، از یازدهم ژانویه سال ۲۰۰۲، ارتش آمریکا اقدام به انتقال اسرای خود در جنگ جهانی علیه تروریسم به زندان گوانتانامو در کوبا کرد؛ اقدامی که یکی از طولانی‌ترین و تاریک‌ترین سوء رفتارهای این کشور برابر مظنونان به تروریسم است.
آمریکا ۷۸۰ مرد را که همگی مسلمان هستند از زمان حملات ۱۱ سپتامبر در زندان گوانتانامو بازداشت کرده؛ این در حالی است که مشخص شده بسیاری از این افراد هیچ ارتباطی با سازمان القاعده نداشته‌اند.
تاکنون ۹ نفر از افراد بازداشت شده در این زندان جان خود را از دست داده‌اند.
اگرچه باراک اوباما رییس جمهوری سابق آمریکا در سال ۲۰۰۹ خواستار تعطیلی این زندان ظرف یک سال شد اما ۳۶ نفر از افراد زندانی در این زندان همچنان تحت بازداشت قرار دارند.
از ابتدا، گوانتانامو برای دور زدن نظارت قانونی داخلی و بین المللی ایجاد شد. این زندان، یک محل بازداشت واقع در پایگاه نیروی دریایی آمریکا در خاک یک کشور خارجی، کنترل کامل دسترسی واشنگتن را فراهم کرده و در عین حال از هرگونه نظارت قانونی داخلی ناخوشایند جلوگیری می‌کند.
دولت بوش افراد بازداشت شده در این زندان را به عنوان «مبارزان غیرقانونی» نامید که واژه جدیدی به جای واژه متعارف و سنتی «زندانیان جنگی» بود. این تاکتیک در نامگذاری باعث شد تا آمریکا در نحوه رفتار با افراد بازداشت شده دست بازتری داشته باشد. از آنجایی که آمریکا یکی از ۱۹۶ کشوری است که کنوانسیون ۱۹۴۹ ژنو را در خصوص رفتار با زندانیان جنگی امضا و تصویب کرده، به همین دلیل باید استانداردهای حداقلی را درباره آن‌ها رعایت کند.
کشورهای عضو این معاهده باید به کمیته بین‌المللی صلیب سرخ اجازه دسترسی به افراد تحت بازداشت را داده و مانع از خشونت و شکنجه علیه آن‌ها شوند.
با اجازه دولت آمریکا و ارتش این کشور، سازمان سیا در شیوه‌های بازجویی خود از این افراد از رفتارهایی مانند زدن، جلوگیری از خواب، صدای بلند، زندان انفرادی، سرمای شدید، تحقیر جنسی و غرق مصنوعی برای اعتراف گیری استفاده کرد.
در طول دو دهه گذشته زندان گوانتانامو یکی از محوری‌ترین مباحث جنجالی بوده است. این زندان یکی از اصلی‌ترین نمادهای نقض حقوق بشر توسط آمریکا به نام دفاع از امنیت ملی است. این زندان نشان داد که آمریکا به نام مقابله با تروریسم، حقوق بشر و رفتار انسانی با بازداشت شدگان را به طور کامل زیر پا می‌گذارد.
بسیاری در آمریکا هنوز نمی‌دانند که در طول دو دهه گذشته چگونه سازمان سیا و ارتش آمریکا به طور سیستماتیک حقوق مسلمانان خارجی زندانی در این زندان را نقض کرده است.