به گزارش ایرنا در آن دوران استادالبشر «ابوجعفر محمدبن محمدبن حسن» ملقب به خواجه نصیرالدین طوسی با متقاعد کردن «هلاکوخان» به ساخت این بنا، مأمنی برای دانشمندان وحشت‌زده از حمله مغول ها ایجاد کرد که این مامن به مرکزیت مراغه بعدها یکی از دوره‌های باشکوه ایران در زمینه‌های علمی و هنری را رقم زد.
این عالم و متفکر نامی اولین جایگاه معظم و پایگاه استوار آموزش علم و حکمت را بعد از ائلغار مغول در شهر مراغه بنیاد نهاد و به جرات می‌توان گفت اولین کسی است که در سده هفتم در این سرزمین دانشگاه تأسیس کرد.
خواجه نصیرالدین نخستین فردی است که در سده هفتم در این سرزمین دانشگاه تاسیس کرد
این دانشگاه بزرگترین مرکز علمی ایران آن دوران به شمار می‌رفت و اساتید معروف عصر در آن به تدریس اشتغال داشتند؛ کتابخانه عظیمی هم که خواجه در آنجا فراهم آورد، متجاوز از ۴۰۰ هزار جلد کتاب داشت که بی‌تردید خدمت بزرگی به تمدن و فرهنگ ایران و جهان اسلام بوده و او را در ردیف نامدارانی چون فارابی، ابوریحان بیرونی و ابوعلی‌سینا قرار می‌دهد.
تا جایی که «رضا منصوری» استاد بازنشسته فیزیک دانشگاه صنعتی شریف که از ابتدای شکل‌گیری طرح رصدخانه ملی تا سال ۱۳۹۴ مسئول طراحی و اجرای این طرح بوده است، در مقاله‌ای در جدیدترین شماره فصلنامه علمی مطالعات دانشگاه با بیان روند تاریخی تاسیس رصدخانه ملی ایران، فراز و فرودهای تحقق این طرح ملی را بیان می‌کند و می‌گوید: رصدخانه عبدالرحمن صوفی در شیراز (قرن چهارم) و رصدخانه مراغه (نیمه دوم قرن هفتم) شهرت جهانی دارند و تاثیرشان در علم نجوم شاخص بوده است.
اما اکنون از آن همه شکوه و جلال تنها یک تپه تاریخی با بناهایی مختصر قابل مشاهده است و بر همین اساس تا زمان تبدیل این تپه به پایگاه ملی و انجام پژوهش‌های باستان‌شناسی، رمز و رازهایش هم نهفته خواهد بود.
به ویژه آنکه همچنان تخریب بخش‌هایی از این تپه باستانی که اکنون آن را با عنوان رصدخانه مراغه می‌شناسیم، هرازچندگاهی به بهانه‌های بهسازی تکرار می‌شود و بیم آن می‌رود که بخش‌های مهمی از بناهای آن دوران که زیر تلی از خاک قرار دارد و می‌تواند قفل رازهای رصدخانه مراغه را بگشاید، برای همیشه از بین برود.
یک مدرس معماری و گردشگری و کارشناس حفاظت آثار باستانی در مورد اهمیت ایجاد پایگاه ملی در این رصدخانه می‌گوید: صیانت از یکپارچگی، اصالت، تمامیت و ارزش برجسته آثار فرهنگی - طبیعی مراغه نخستین نتیجه ایجاد پایگاه ملی در این کهن‌شهر به ویژه در رصدخانه است.
به گفته «بابک نیلوفری» این پایگاه ملی در صورت ایجاد در چهارچوب مدیریت یکپارچه و نظام‌مند و با بهره‌مندی از ظرفیت‌ها و توان علمی و تخصصی، ضمن ارتقای حفاظت از آثار، زمینه ترویج و انتقال آنها به نسل‌های آینده را فراهم خواهد کرد و به بسیاری از رازهای رصدخانه مراغه پاسخ خواهد داد.
وی به تخریب بخش‌هایی از این اثر در نتیجه آنچه که ساماندهی خوانده می‌شود، اشاره کرد و اظهار کرد: قسمت بیشتری از آب انبار مجموعه تاریخی رصدخانه و نیز تعدادی از قبور تدفینی مربوط به اقلیت‌های دینی گوردخمه‌های موجود که در جبهه‌ی جنوبی رصد داغی قبل و بعد از انقلاب کشف شده ، در سال ۱۳۷۶ و با یک مسیرگشایی بدون مجوز و مغایر با تمام ضوابط ملی و بین‌المللی تخریب شد.
«نیلوفری» ادامه داد: در جریان بهسازی اخیر محوطه رصدخانه که از لحاظ قانونی به دلیل تعیین نشدن کامل عرصه و حریم، از ابتدا با آن مخالفت شده بود نیز وضعیت به همین منوال است و متاسفانه در مراحل بهسازی، ماشین‌آلات سبک و سنگین در محوطه آن تردد کردند؛ محوطه‌ای که دانشگاهیان جهان چشم حسرت برای اکتشاف و پژوهش و کشف ناگفته‌های مرموزوار آن دوخته‌اند.
اذعان به ظرفیت ایجاد پایگاه ملی در رصدخانه مراغه
وزیر میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی که ۱۶ اردیبهشت سال قبل مصادف با روز ملی مراغه به این کهن‌شهر سفر کرده بود، اذعان کرد که «ظرفیت ایجاد پایگاه ملی در رصدخانه مراغه وجود دارد و این موضوع در روزهای آینده پیگیری خواهد شد».
«عزت‌الله ضرغامی» این را هم گفت که «رصدخانه مراغه جزو ۱۰۰ پایگاه اصلی کشور نیست اما معتقدم وقتی مراغه در ردیف ۱۰ شهر برتر تاریخی ایران قرار دارد، رصدخانه‌اش در سطحی است که می‌تواند جزو پایگاه‌های ما باشد و امیدواریم بتوانیم یک پایگاهی را در اینجا مستقر کنیم».
«علی علیزاده» نماینده مردم مراغه و عجب‌شیر در مجلس شورای اسلامی نیز در حاشیه سفر وزیر میراث فرهنگی به مراغه گفته بود که «ایجاد پایگاه ملی رصدخانه مراغه را پیگیری خواهیم کرد و در سفر وزیر میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی به شهرستان نیز با ایجاد پایگاه ملی رصدخانه به صورت شفاهی موافقت کردند» اما در ادامه آنچه که از منابع رسمی و غیررسمی به گوش رسید، این بود که «ظرفیت ایجاد پایگاه ملی در کشورمان پر شده است».
به گزارش ایرنا به نقل از کارشناسان تا زمانی که پایگاه ملی رصدخانه ایجاد و کاوش‌های باستان‌شناسی در این اثر فاخر انجام نشود، رمز و رازهای مربوط به رصدخانه‌ای با شهرت جهانی، بزرگترین مکتب علمی و هنری قرن هفتم و چند و چون نخستین دانشگاه ایجاد شده در این سرزمین سر به مهر خواهد بود.
رصدخانه مراغه به شماره ۱۶۷۵ در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده و نه تنها کامل‌ترین رصدخانه‌ای است که در زمان خود ایجاد شده، بلکه نخستین رصدخانه مجهز قبل از کشف دوربین به شمار می‌رود؛ به طوری که تا ۳۰۰ سال بعد رصدخانه‌ای با آن امکانات در غرب به وجود نیامد.
به گواه تاریخ این مجموعه تا سال ۷۰۳ هجری قمری یعنی تا زمان سلطان محمد خدابنده فعال بود اما پس از آن بر اثر عوامل متعدد همچون تغییر پایتخت و بی‌توجهی حکام رو به ویرانی رفت و در حال حاضر آثاری اندکی از بناهای متعلق به آن باقی مانده است.