آتش سوزی یکی از تهدیدات این جنگل‌هاست که در فصل برداشت مزارع تشدید می‌شود.مهمترین عامل آتش سوزی آتش زدن کاه و کلش مزارع و سرایت آن به جنگل است. سال ۹۶ بعنوان پرحادثه‌ترین سال پارک ملی کرخه به حساب می آید به طوری که در فصل برداشت بیش از ۲۰۰ هکتار از این جنگل‌ها طعمه حریق شد. هرسال پس از برداشت محصول گندم و کلزا ، یکصد هکتار از جنگل‌های کرخه و دز که شامل هزاران درخت پده و گز است، به دلیل سوزاندن مزارع کشاورزی به خاکستر تبدیل می‌شود و هزاران پستاندار و پرنده و خزنده به همراه تخم‌هایشان نابود می‌شوند.
آتش سوزی در جنگل‌های کرخه از نیمه اردیبهشت امسال آغاز شده و با توجه به عدم وجود مرز مزارع و جنگل، آتش به جنگل سرایت می‌کند. عملکرد ستاد بحران و جهاد کشاورزی در اطفای حریق جنگل‌های کرخه کارآیی لازم را ندارد و تکرار اتفاق بصورت سالانه سبب از بین رفتن بخش زیادی از مراتع می شود.