آیت‌الله بهشتی قطب تشکیلاتی و عقیدتی نیروهای جوان انقلابی به حساب می‌آمد و همین مساله او را از پیش از پیروزی انقلاب اسلامی تبدیل به گزینه‌ای نامطلوب برای سازمان مجاهدین خلق(منافقین) کرده بود. هرچند نقش این شهید در مجلس خبرگان قانون اساسی و تشکیل حزب جمهوری اسلامی بعدها به تشدید ستیزه‌جویی منافقین با بهشتی منتهی شد اما سازمان و تشکیلات منافقین از سال‌ها پیش از پیروزی انقلاب و استقرار نظام جمهوری اسلامی، محمد بهشتی را بعنوان گزینه‌ای که هم پی به اهمیت تشکل‌یابی برده و هم نظام معرفتی غنی دارد بعنوان یک گزینه خطرناک تحت‌نظر داشت و حتی در سودای ترورش بود.
وحید افراخته عضو دستگیر شده سازمان مجاهدین خلق که از نزدیک‌ترین نیروهای این سازمان به تقی شهرام بود و در عملیات تصفیه نیروهای مسلمان سازمان نیز نقش‌آفرینی جدی داشت در بخشی از اعترافات خود به همین ویژگی شهید بهشتی اشاره کرده و به تمایل سازمان برای حذف فیزیکی وی صحه می‌گذارد.
افراخته در بخشی از اعترافات پیش از اعدام خود، با اشاره به اینکه پس از علنی کردن مارکسیسم بعنوان ایدئولوژی سازمان در اوایل دهه۵۰ نیروهای مسلمان تبدیل به یکی از مخاطرات تشکیلاتی منافقین شده بودند می‌گویذ: «...ترس از متشکل و سازمان‌یافتن مستقل مذهبی‌ها که مسلّما تا مدتها برای سازمان شاخ خواهند شد و باحتمال زیاد به مبارزه با سازمان برخواهند خواست و چه بسا بر سازمان موضع مسلط و غالب پیدا کنند[وجود داشت]». افراخته در ادامه با آوردن مصادیق از دست رفتن «امکانات وسیع، انسانی، تدارکاتی، مکانی و اطلاعاتی» در سایه جدایی نیروهای مذهبی، یکی از نگرانی‌های سازمان منافقین را شهید بهشتی می‌داند و می‌گوید: «ترس از قطب شدن عناصری مانند دکتر بهشتی. شهرام در مورد او می‌گفت: باید از او ترسید؛ فردی است بسیار سیّاس، باهوش و جاه‌طلب؛ در آرزوی جانشینی خمینی است؛ او به آسانی با رژیم علیه مجاهدین متحد خواهد شد. تنها راه چاره، کشتن اوست؛ منتها به طوری که رد باقی نگذاریم؛ مثلا زیر ماشین گرفتن او!»
احمدرضا کریمی هم در خاطراتی که از دوران زندان خود با تقی شهرام داشته درباره انگیزه ترور شهید بهشتی می‌گوید: «یک بار از تقی شهرام پرسیدم که چرا این قدر روی دکتر بهشتی حساسیت داشتید؟ شهرام گفت من مطمئن بودم که اگر بهشتی دخالت نمی‌کرد، می‌توانیم باز هم روحانیون را قانع کنیم تا از ما حمایت کنند و امکانات‌شان را در اختیار ما بگذارند؛ بهشتی حتی روی طالقانی هم تأثیر می گذاشت. من قراین محکم داشتم که خط قطع حمایت از ما به طور جدی از سوی بهشتی مطرح شده و به وسیله حاج‌طرخانی انتشار یافته و جامه عمل پوشیده است و اگر او نبود وضع فرق می‌کرد.»
از ترور شخصیتی تا ترور فیزیکی
هرچند رجوی خود را طرفدار موسسان اولیه مجاهدین خلق و در تقابل با شاخه مارکسیست که عنوان سازمان پیکار را برای خود انتخاب کرده بود معرفی می‌کرد اما در عمل و با پیروزی انقلاب اسلامی کماکان بهشتی بعنوان سوژه مغضوب منافقین هدف حملات قرار گرفت. رحلت آیت‌الله طالقانی به رجوی این فرصت را داد تا سازمان را بعنوان نیروی همسو با خطیب فقید نماز جمعه تهران معرفی می‌کند. در این شرایط طرح شعارهایی همچون «بهشتی بهشتی طالقانی رو تو کشتی» از جمله خطوط تخریبی سازمان منافقین علیه آیت‌الله بهشتی بود.
مهم‌ترین علت دشمنی منافقین با شهید بهشتی به وجه تشکیلاتی او و نقش تعیین‌کننده‌ای که با تاسیس حزب جمهوری اسلامی ایفا کرده بود بر می‌گشت. آیت‌الله بهشتی هم خود نسبت به این مساله آگاهی داشت و گفته بود: «این شایعات مقدار زیادی مربوط به گروهک‌هایی است که در آن موقع از اقدامات ما برای ساماندهی نیروهای جوان عصبانی بودند. چون جوانان ما را می‌توانستند جذب کنند و بربایند و با ایجاد تشکیلات اسلامی خوب و سودمندی که داشتیم این‌ها دیگر نمی‌توانستند جوانان ما را بربایند.»
مهدی اصفهانیان از اعضای جداشده سازمان درباره نگاه رجوی به شهید بهشتی این چنین روایت می‌کند: «از نظر مسعود رجوی اگر همه مسئولان نظام یک بودند، بهشتی یک‌ونیم بود و از نظر جایگاه مهمی داشت و با سایرین متفاوت بود. لذا به هر شکلی باید تضعیف و تخریب می‌شد. به همین دلیل بچه‌هایی که در کار تبلیغاتی و از جمله نشریات بوددند در این زمینه تلاش بسیاری به خرج دادند.» اشاره اصفهانیان بیش از هرچیز مربوط به نشریه مجاهد بعنوان یکی از تریبون‌های مکتوب سازمان مجاهدین خلق بود.
اتهام ارتباط با آمریکا از جمله خطوط تخریبی سازمان منافقین علیه شهید بهشتی بود که بطور ویژه در بهمن۵۹ در مجله مجاهد و در ذیل یادداشتی با عنوان «آقای بهشتی خود را به کوچه علی چپ می‌زند» طرح شد. این مجله بعدها در مطلبی دیگر با تیتر «آقای بهشتی متخصص بند و بست با شیطان بزرگ» به تکرار این ادعاها پرداخت. در کنار این موارد انگ ارتباط با رژیم پهلوی به بهانه فعالیت‌های پیش از انقلاب شهید بهشتی در هامبورگ، نقش داشتن در ترور آیت‌الله طالقانی(در حالی که ایشان به مرگ طبیعی از دنیا رفته بود) و مواردی شخصی همچون منزل مسکونی شهید بهشتی از دیگر خطوط تخریبی سازمان علیه دبیرکل حزب جمهوری اسلامی بود.
بهشتی گفت رجوی مارکسیسم را هم درست نفهمیده!
التقاط معرفتی مجاهدین خلق که به دنبال تفسیری ماتریالیستی از مفاهیم دینی بود به مرور زمان زاویه جریان‌های مذهبی را با سازمان بیشتر کرد. گروهک رجوی هرچند تلاش می‌کرد تا با ادبیات دینی و استفاده از اساطیر مذهبی خود را بعنوان یک جریان مسلمان بازنمایی کند اما در مواجهه با روحانیون اصیلی که تسلط بالایی روی مفاهیم فلسفه مدرن غرب داشتند همواره در موضع ضعف قرار می‌گرفتند.
یکی از آخرین دیدارهای رودرروی شهید بهشتی با مسعود رجوی در ایامی بود که سازمان خط تخریب بهشتی را در بالاترین سطح پیگیری می‌کرد. محمد پیشگاهی‌فرد از مبارزان انقلابی وقت در یکی از خاطرات خود به دیدار شهید بهشتی با مسعود رجوی در سال۵۸ اشاره و روایت می‌کند: «چند ماهی از انقلاب نگذشته بود که پس از فوت آیت‌الله طالقانی، مسعود رجوی از آیت‌الله بهشتی تقاضای ملاقات کرد و آیت‌الله [بهشتی] او را در منزلش پذیرفت و آن طور که خود شهید بهشتی می‌گفت جلسه مفصلی با مسعود رجوی داشته است. رجوی در آن ملاقات تقاضا کرده بود: «با توجه به مجموعه‌ای که در مملکت داریم، به لحاظ سابقه مبارزاتی و اشراف بر مسائل سیاسی و اقتصادی و موقعیت اجتماعی شما، در نظر داریم با شما ارتباط برقرار نموده و بیعت نماییم. منتهی شرایط و نظریاتی داریم.» و آقای بهشتی گفته بودند اختلافات ما با شما یک اختلافات صوری و سطحی نیست بلکه اختلافات عمیق بوده و از اعتقادات اصولی سرچشمه می‌گیرد.»
پیشگاهی‌فرد با اشاره به شکل گرفتن یک بحث حول اسلام‌شناسی می‌گوید: «البته ایشان(شهید بهشتی) فرمودند که من در مباحث اسلامی به دلیل عدم تسلط رجوی چندان وارد نشدم؛ اما به او گفتم آقای رجوی، اشکال من بر شما در این است که حتی مارکسیسم را هم نشناخته‌اید. این سخن تعجب او را برانگیخته و از این رو در این زمینه با من وارد بحث شد. به او گفتم: «شما این زیربنای اقتصادی مارکسیسم را از چه کتابی گرفته‌اید؟» گفت: «از کتاب کاپیتال مارکس.» گفتم: «از کدام نسخه است؟ متأسفانه اشتباهات زیادی در ترجمه نسخه آلمانی به زبان انگلیسی وجود دارد و اگر شما به کتاب اصلی به زبان آلمانی مراجعه کنید، متوجه می‌شوید که خیلی اشتباهات اساسی در تعریف اقتصاد مارکس وجود دارد. من این تفکر اشتباه را در تحلیل‌های شما دیده‌ام.» سپس از رجوی تعریف ارزش اضافی در اقتصاد را خواسته بود. رجوی تعریفی ارائه داده بود که شهید بهشتی گفته بود: «اشکال ما همین جا است. شما اصلاً مارکسیسم را نشناخته‌اید و تعریف ارزش اضافی این نیست. این تعریف از ترجمه شده کتاب کاپیتال به زبان انگلیسی گرفته شده است، ولی من اصل آن را برایتان می‌خوانم.» سپس کتاب آلمانی کاپیتال مارکس را آورده و آن را خوانده و ترجمه کرده بود.»
ترور بهشتی، طرحی که هیچگاه منقضی نشد
در ادبیات سازمان مجاهدین خلق ارتباط با آمریکا اسم رمزی بود که مستقیما به شهید بهشتی اشاره داشت. همانگونه که نشریه مجاهد نیز بارها ایشان را در همین قالب تعریف و تهدید کرده بود. نخستین تهدید مستقیم سازمان منافقین برای ترور آیت‌الله بهشتی به دی۱۳۵۹ و ۵ماه پیش از آغاز فاز مبارزه مسلحانه بر می‌گردد. جایی که رجوی نوشت که بدون هیچ پرده‌پوشی؛ «از جانب نسلی که با خون و آتش خود درخت انقلاب را بارور ساخت، به همه افراد و مقاماتی که مجددا پای جهانخواران را به این میهن باز می‌کنند گوشزد می‌کنم که اگر به دادگاه‌های اخروی الهی باور ندارید، مبادا دادگاه‌های خروشان و بی‌امان خلق را فراموش کنید... تا وقتی که یک انقلابی و یک مجاهد خلق در میهن ما وجود دارد، آمریکا نباید و نخواهد توانست که به این کشور بازگردد.»
کینه سازمان منافقین از آیت‌الله بهشتی که نهایتا به ترور ایشان در ۷تیر ۱۳۶۰ و ۸روز پس از آغاز فاز فعالیت‌های تروریستی منتهی شد قدمتی بیش از رقابت‌های سیاسی پس از انقلاب داشت. بهشتی برای سازمان مجاهدین خلق یک باطل‌السحر به حساب می‌آمد که هم با فهم لزوم تشکل‌یابی مانع از میدان‌داری منافقین در فضای دینی ایران می‌شد و هم با بینش جامعی که داشت مشت پوچ تئوریک این سازمان را باز می‌کرد.