مسجد سید اصفهان از آثار با شکوه دوران قاجار است، چنان که در کتیبه ایوان آن آمده در سال ۱۲۵۵ به اتمام رسید. این بنای تاریخی در زمان محمد شاه قاجار به همت حجت الاسلام حاج سید محمد باقر شفتی که از روحانیان بزرگ اصفهان و از مراجع عالی قدر تشیع در زمان خود بود، پایه گذاری شد.
مسجد سید در چند سال اخیر با مدیریت چندگانه و نبود توجه کافیِ نهادهای دخیل، دچار آسیب هایی در معماری و تزیینات ارزشمند شده است.
اصغر توسلی رییس اداره اوقاف و امور خیریه شهرستان اصفهان روز یکشنبه در گفت و گو با ایرنا افزود: چندین سال است که اداره کل میراث فرهنگیِ اصفهان فقط قول مرمت این بنای تاریخی می دهد و حتی امسال هم اعلام کردند که بودجه برای بازسازی مسجد آمده است اما در این رابطه اقدامی نکرده اند.
وی ادامه داد: میراث فرهنگی می گوید اداره کل اوقاف و امور خیریه با آنها تعامل نداشته است اما چندین مرتبه با این نهاد در رابطه با شرایط مسجد و پنجره های گره چینی آن که ریزش کرده اند مکاتبه کرده ایم اما پاسخ کتبی به ما داده نشد. تصور ما این است که میراث فرهنگی به دلیل اینکه نمی‌خواهد کمکی به مسجد سید بکند، برخی موضوعات را مطرح می‌کند.
توسلی گفت: متصدی تمام مساجد در خصوص تولیت، اداره کل اوقاف است و امور مساجد هم هیات امنا را برای موضوعاتِ امور داخلی مساجد انتخاب می‌کند اما در رابطه با اینکه امور مساجد مدعی است که به دلیل داشتن چند امام جماعت در مسجد سید نمی توانند هیات امنا تشکیل بدهند، باید پرسید، مساجد اصفهان امام جماعت صبح و ظهر و مغرب شان فرق دارد، آیا برای انتخاب هیات امنای این مساجد کار را متوقف کرده اند!
وی افزود: تولیت مسجد سید با اداره کل اوقاف است و این اداره همه گونه همکاری با اداره میراث فرهنگی اصفهان داشته است، در نتیجه اگرمیراث فرهنگی می خواهد به مسجد سید کمکی بکند، راهش این است که باید با اداره اوقاف صحبت کند و بعد از اینکه مجوز لازم را گرفت، هیچ مشکلی در رابطه با مرمت مسجد سید وجود ندارد .
توسلی تاکید کرد: اداره کل اوقاف اصفهان اعلام می‌کند که آماده هرگونه کمک در رابطه با مرمت و بازسازی مسجد است و هر زمان به ما در این رابطه اعلام شود، در خدمت میراث فرهنگی استان هستیم.
وی افزود: اگر لازم باشد برای مرمت، بخش هایی از مسجد تعطیل باشد، همراهی می‌کنیم تا این کار به صورت فاز بندی انجام بگیرد.
رییس اداره اوقاف و امور خیریه شهرستان اصفهان اظهار داشت: از طریق رسانه‌ها اعلام می‌کنیم که آمادگی کامل داریم تا نه تنها با میراث و مرکز امورمساجد بلکه با شهرداری و تمام مراکزی که می توانند برای این بنای تاریخی کمک کنند، همراه شویم.
پیشتر اما سخنگوی اداره کل میراث فرهنگی گردشگری و صنایع دستی به ایرنا گفت بود که میراث فرهنگی بر اساس اسناد و مدارکی که دارد در خصوص مرمت جزئی و کلی مسجد سید کوتاهی نکرده و مهم است که هر کسی اداره مسجد سید را بر عهده دارد، مثل بقیه مساجد با میراث فرهنگی تعامل برقرار کند اما آن طور که مشخص است هیچ کدام از طرف ها حاضر به تعامل با ما نیستند.
به گفته شهرام امیری، میراث فرهنگی اصفهان بارها اعتراض خودش را به اداره کل اوقاف اعلام کرده و خواسته که در زمینه مشکلات مسجد سید تصمیمات عاجلی بگیرند.
همچنین مسوول بازرسی مرکز رسیدگی به امور مساجد استان اصفهان به ایرنا گفته بود اداره متبوع وی زمانی می‌تواند برای رسیدگی به مشکلات این مسجد ورود کند که یک امام جماعت داشته باشد و این در حالی است که مسجد سید در زمان حاضر دو امام جماعت دارد و تا زمانی که یکی از طرف هایی که در مسجد اداعای تولیت می کنند کوتاه نیایند، نمی‌توان کاری برای مسجد سید انجام داد.
به گزارش ایرنا، بی‌توجهی نسبت به بنای قاجاری مسجد سید شرایط نامطلوبی را برای این مسجد تاریخی و مهم اصفهان رقم زده است؛ مدیریت چندگانه و نبود همگرایی و نبود تعامل کافی اداره کل میراث فرهنگی، مرکز رسیدگی به امور مساجد، اداره کل اوقاف و تولیت مسجد سید از دلایل اصلی این وضعیت به شمار می آید. اداره مسجد سید با تولیت پیش می رود و میراث فرهنگی اصفهان اختلاف نظرها در تولیت مسجد را ریشه بسیاری از مشکلات مسجد و حل این اختلاف نظرها را وظیفه مرکز رسیدگی به امور مساجد و اداره کل اوقاف و امور خیریه دانسته است. در عین حال مرکز رسیدگی به امور مساجد بر این باور است که اختلاف بین این دو گروه موجب شده این مسجد هیات امنایی که بتواند به امور مسجد به بهترین شکل ممکن رسیدگی کند، نداشته باشد.
اداره کل اوقاف اصفهان اینکه مرکز رسیدگی به امور مساجد، داشتن دو امام جماعت برای مسجد سید را مانعی بر سرراه تعیین هیات امنا خوانده، منطقی ندانسته و به ایرنا گفته، اداره کل میراث فرهنگی چندین سال است تنها وعده مرمتِ مسجد را داده و این وعده ها را عملی نکرده است. این در حالی است که میراث فرهنگی پیشتر گفته بود که در خصوص مرمت های جزئی و کلی مسجد سید کوتاهی نکرده و از آن گذشته، این بنا به طور مستقیم در اختیار آن ها نیست و اداره کنندگان آن باید تعامل بهتری با میراث فرهنگی داشته باشند.
نوادگان و خاندان سید محمدباقر شفتی معروف به « حجت الاسلام » از فقیهان مشهورِ دوره قاجار و بانی ساخت مسجد سید نیز منکرِ ریشه مشکلات مسجد سید در اختلافِ بین این خاندان شده‌اند و چنین ادعاهای را فرافکنی خوانده اند.