محمدرضا باهنر در گفت‌وگو با خبرنگار حوزه احزاب ایرنا، درباره موضع‌گیری خود درباره صحبت‌هایش در ارتباط با بیت رهبری و رهبر معظم انقلاب گفت: این مصاحبه مربوط به سه ـ چهار ماه قبل است. گفتگویی انجام دادم با نشریه‌ای تحت عنوان گفت‌وگوی اجتماعی که در آنجا به صورت مفصل صحبت و در آن نشریه درج و دو سه ماه قبل هم منتشر شده بود.
وی افزود: برخی از سایت‌ها این مصاحبه را تقطیع و جمله‌ای را بزرگ و پررنگ کرده بودند که طبیعی است این جمله بدون توضیحات قبلی و بعدی، قدری مساله‌دار است.
عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام روایت دقیق از موضع‌گیری اخیر خود مطرح کرد و گفت: اصل صحبت به این شکل بود که من خیلی وقت قبل، خدمت یکی از مقامات بزرگ رسیده بودم و با وی صحبت کردم. صحبت اینگونه آغاز شد؛ خداوند سایه مقام معظم رهبری را بر سر ما مستدام بدارد و خودشان بتوانند انقلاب را تحویل آقا امام زمان (عج الله) بدهند و عمر پربرکتشان طولانی‌تر و پربرکت‌تر باشد. مساله بعد که بیان شد این بود، حضرت امام(ره) در سال‌های آخر عمر خود سه، چهار تصمیم مهم را گرفتند که تقریبا اگر هر کدام از این تصمیمات را نمی‌گرفتند شاید آینده نظام جمهوری اسلامی مساله‌دار می‌شد و بنده آن موارد را شمردم. به عنوان مثال ایشان قائم مقام خود را عزل کردند یا اینکه قانون اساسی به این شکل اصلاح شد که نیاز نیست رهبری مرجعیت علی الاطلاق داشته باشد و در حد اینکه اهل استنباط باشد کفایت می‌کند.
باهنر با بیان اینکه مساله پذیرش قطعنامه بسیار مهم بود و حضرت امام که بسیار بر دفاع مقدس تاکید داشتند اما بالاخره به موقعیتی رسیدند که صراحتا فرمودند من جام زهر را می‌نوشم و قطعنامه را می‌پذیرم، خاطر نشان کرد: همانطور که گفتم اگر امام (ره) هر کدام از این اقدامات را انجام نداده بودند، بعد از رحلت ایشان مشخص نبود چه اتفاقی برای نظام جمهوری اسلامی ایران بیفتد و هر کدام از این موارد را که تصور می‌کردیم از جمله آنکه اگر قائم مقام عزل یا اگر قانون اساسی اصلاح نمی‌شد و اگر قطعنامه پذیرفته نمی‌شد، این موارد مصیبت بزرگی برای نظام بود.
وی اضافه کرد: بنده عرض کردم ما اکنون با یکسری مشکلات رو به رو هستیم و حضرت آقا برای این موضوعات بعد از خودشان چه فکری کرده‌اند. خدا آن روز را برای ما نیاورد و امیدواریم ما آن روز را درک نکنیم و قبل از آنکه ایشان را از دست بدهیم خودمان از دنیا برویم.
عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام با بیان اینکه حضرت آقا هم به‌شدت آینده‌نگر هستند، تاکید کرد: من یکبار این سخن را گفته‌ام و الان هم تکرار می‌کنم که من واقعا در مملکت با چراغ گشته‌ام اما احدی را غیر از شخص مقام معظم رهبری ندیده‌ام که در فکر ۲۰ و ۵۰ سال آینده انقلاب و نظام باشند. آقا در بیانیه گام دوم فرمودند که ۴۰ سال ابتدای انقلاب این کارها را انجام داده‌ایم و خوب است که ۴۰ سال دوم نیز مسیری را مشخص کنیم که فاصله میان واقعیت‌ها و ایده‌ال‌هایمان کم شود، چراکه اکنون در جاهایی بین واقعیت‌های جامعه و ایده‌ال‌ها فاصله افتاده است.
باهنر با بیان اینکه من سوال کردم که آقا باید برای بعد از خودشان رهنمودها و راهنمایی‌ها ارائه کنند و پیش‌بینی‌هایی انجام دهند، تصریح کرد: اصل موضوع این بود، اما متاسفانه رسانه‌ها آمدند و فقط یک جمله را تیتر کردند که آیا آقا برای بعد از خودشان فکری کرده‌اند یا خیر! نزدیک انتخابات خبرگان چنین موضوعی را مطرح کرده‌اند؛ اگر از این اقدام قصد و غرضی داشته‌اند خداوند همه ما را ببخشد و اگر هم از روی بی توجهی این کار را انجام داده‌اند باید قصور را جبران کنند.
به گزارش ایرنا، موضع گیری اخیر «محمد رضا باهنر» درباره بیت و رهبر انقلاب بازتاب گسترده‌ای در فضای مجازی داشت و مورد سواستفاده رسانه‌های اپوزیسیون قرار گرفت.
در این مطلب به نقل از او آمده بود: به آقای حجازی گفتم ان‌شاءلله خدا سایه حضرت آقا را بر سر ما مستدام بدارد، اما آقا و بیت برای بعد از آقا چه فکری کردند؟» همین بخش از سخنان او سوژه کانال‌های خبری و اپوزیسیون شده بود!