خشکی زاینده‌رود و نبود منبع کافی برای تغذیه آب‌های زیرزمینی، کشاورزان اصفهانی را ناچار به استفاده از پساب تصفیه‌خانه‌ها کرده است.
دو سوی این معضل که تهدید علیه بهداشت عمومی محسوب می‌شود، برداشت‌های مخفیانه کشاورزان و البته آبیاری از چاه‌هایی است که گفته می‌شود، پساب به دلیل جنس لایه‌های خاک کرانه‌های زاینده‌رود، بدون فیلتر میکروبی به آن‌ها نفوذ می‌کند.
نبود منبع کافی برای تغذیه آب‌های زیرزمینی موجب افت سطح آب‌های زیرزمینی و خشکی برخی چاه‌ها در اصفهان شده است که در نتیجه جریان پساب در این رودخانه در مناطقی مانند اشکاوند در شرق اصفهان به چاه‌ها نفوذ می کند.