به گزارش روز پنجشنبه خبرگزاری یونایتدپرس، محققان در انگلیس به طور منظم DNA صدها نمونه کووید-۱۹ را به صورت هفتگی توالی یابی می کنند. از زمان تشکیل «کنسرسیوم ژنومیک کووید-۱۹ انگلیس» در هفته های ابتدایی این همه گیری، سابقه ژنتیکی بیش از ۱۵۰ هزار نمونه ویروسی در این پروژه ردیابی شده است.
این درحالی است که در کشورهای دیگر جهان، تلاش برای نظارت بر ژنوم محدود است. به عنوان مثال در آمریکا، بیمارستان ها، بخش های بهداشتی و آزمایشگاه‌ها در حال آزمایش و معالجه بیماران هستند و در عین حال یک تلاش بی سابقه را برای واکسیناسیون تسهیل می کنند.
ظهور گونه ای از ویروس کرونا که به اعتقاد محققان از گونه های دیگر این ویروس مسری‌تر است، مقامات بهداشتی را به سمت کشف روش های جدید برای ردیابی گسترش جهش های مهم ویروسی سوق داده است.
اکنون محققان دانشگاه «کالیفرنیا-برکلی» روشی جدید برای جداسازی گونه های منحصر به فرد ویروسی در میان میلیون ها میکروب دیگر ابداع کرده اند. «کارا نلسون» استاد مسائل مدنی و زیست محیطی در برکلی و محقق ارشد این مطالعه، در یک خبرنامه نوشت: روشی که برای پردازش اطلاعات توالی یابی نیاز داریم پیچیده است. یکی از نکات برجسته این مقاله، توانایی تهیه نمونه برای توالی یابی از فاضلاب است.
وی افزود: در این روش به جای توالی یابی مستقیم همه چیزهای موجود، از یک روش غنی سازی استفاده می کنیم که ابتدا RNA مورد نظر را غنی می کند. سپس یک رویکرد جدید آنالیز بیوانفورماتیک را ابداع کردیم که به اندازه کافی برای تشخیص یک اختلاف منفرد نوکلئوتیدی حساس است.
محققان در این مطالعه ژنوم های جهش های مختلف کووید-۱۹ را در فاضلاب شهر سن فرانسیسکو توالی یابی کردند. نتایج این تجزیه و تحلیل ها سطوحی از رایج ترین گونه های کووید-۱۹ را نشان داد که مشابه گونه‌هایی بود که توسط تلاش های توالی یابی بالینی شناسایی می شوند.
علاوه بر این، محققان توانستند وجود انواع خاصی از کووید-۱۹ را شناسایی کنند که در سایر مناطق آمریکا یافت شده اما هنوز به صورت محلی کشف نشده است. اکنون محققان امیدوارند که این روش جدید توالی یابی بتواند توسط مقامات بهداشتی این کشور برای ردیابی گسترش گونه هایی مانند B.۱.۱.۷ - گونه مسری تری که در ماه های اخیر به سرعت در سراسر انگلیس گسترش یافته است، مورد استفاده قرار گیرد.
مشروح این مطالعه در مقاله ای در مجله mBio منتشر شده است.
نظر شما