در بیانیه پنجشنبه شب وزارت امور خارجه پاکستان که یک نسخه آن در اختیار دفتر ایرنا در اسلام‌آباد قرار گرفت آمده است: دولت پاکستان با خانواده شهید فخری‌زاده دانشمند ایرانی و مردم این کشور همدردی و صمیمانه ابراز تسلیت می‌گوید.
براساس این بیانیه، ترور دانشمند ایرانی نه تنها مغایر با هنجارهای روابط بین کشورهاست و حقوق بین الملل است بلکه صلح و ثبات منطقه‌ای که از قبل متشنج است، را نیز تهدید می کند.
وزارت امور خارجه پاکستان از همه طرف‌ها خواست تا حداکثر خویشتنداری را داشته و از تشدید تنش ها در منطقه جلوگیری کنند.
سخنگوی وزارت امور خارجه پاکستان نیز امروز در نشست خبری هفتگی خود در پاسخ به پرسش خبرنگار ایرنا ترور ناجوانمردانه شهید دکتر فخری‌زاده دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای کشورمان را محکوم کرد.
پیش‌تر احزاب سیاسی و مذهبی پاکستان در کراچی از جمله سیاستمداران و روسای اندیشکده‌های مطرح این کشور ترور دانشمند برجسته ایرانی را نتیجه اقدام تروریستی رژیم صهیونیستی و متحدان آن در منطقه دانسته و این اقدام بزدلانه را محکوم کردند.
دکتر محسن فخری‌زاده معاون وزیر دفاع و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع که مقام معظم رهبری ایشان را دانشمند ممتاز و برجسته هسته ای و دفاعی ایران توصیف کردند، عصر جمعه هفتم آذرماه در بلوار شهید مصطفی خمینی شهر آبسرد از توابع شهرستان دماوند و در شرق تهران در جریان یک عملیات تروریستی و بدست عناصر جنایتکار رژیم صهیونیستی به شهادت رسید.