اقتضای دوران طولانی امامت امام جعفر صادق (ع) این بود که ایشان مباحث علمی و کلامی را در سطح جهان اسلام گسترش دهند و از این طریق به رسالت خویش در زمینه امامت جامه عمل بپوشانند.
دوران ۳۴ ساله امامت امام صادق (ع) همزمان با پنج خلیفه اموی و دو خلیفه عباسی بود. انتقال خلافت از امویان به عباسیان باعث شده بود، آزادی نسبی برای فعالیت های علمی این امام بزرگوار فراهم گردد. از آنجا که جامعه اسلامی در عصر امام صادق (ع) از آزادی نسبی در زمینه گسترش افکار و عقاید علمای دینی و بیان گرایش های مختلف کلامی برخوردار بود، همین امر باعث شده بود که اولا افراد بسیاری از مردم جامعه به سمت مباحث علمی کشیده شوند و از طرفی عالمان دینی که زمینه ای برای بیان عقاید حق یا باطل خود پیدا کرده بودند، به بیان دیدگاه های بپردازند.
در چنین شرایطی که علم و دانش، رو به گسترش می باشد و مردم تشنه فهم حقایق هستند، امام صادق (ع) بیشترین تلاش خویش را در این جهت مصروف داشتند و مردم با گرایش های دینی مختلف از محفل درس امام بهره می جستند. علم امامت تشنگان علوم غیردینی را نیز سیراب می کرد و شعاع پرتو دانش امام صادق (ع) از منطقه حجاز و عراق فراتر رفته و افراد را از ممالک دیگر به سمت مدینه می کشاند. افرادی با هدف شرکت در چندین جلسه درسی امام از راه های دور به مدینه می آمدند و نیازهای علمی خود را برطرف ساخته و به شهر خویش بازمی گشتند.
بزرگان فرقه های مختلف اسلامی مانند ابوحنیفه و مالک بن انس خود از شاگردان امام بودند و اعتراف می کردند که بخش مهمی از آنچه از دانش دارند، مدیون چند صباحی است که در محضر امام صادق علیه السلام بوده اند.
امام صادق (ع) در طول دوران امامت خویش قریب به چهار هزار نفر از تشنگان معرفت را از دانش بیکران خویش سیراب نمودند و این حجم از شاگرد بیانگر عمق دانش حضرت و نیز تلاش شبانه روزی ایشان برای گسترش علم می باشد. برگزاری جلسات مناظره علمی یکی از شیوه های تربیت شاگردان در زمان ایشان بوده است که این روش در سال های بعد نیز ادامه پیدا کرد.
برخورد با عقاید غالیان (غلو کنندگان) یکی از مهمترین ابعاد مبارزات علمی امام بوده است؛ غالیانی که هم در مکتب شیعه یافت می شد و هم در مکتب اهل سنت. راه اندازی سازمان وکالت در شهرهای اسلامی از دیگر اقدامات امام بود؛ ارجاع برخی از جویندگان دانش به شاگردان ارشد خود بخشی از سازمان وکالت تلقی می شود و این امر در کنار اعزام شاگردان به نقاط دوردست این شبکه را کامل تر می کند. شبکه ای که در این مقطع شکل می گیرد تا زمان امامت امام حسن عسگری (ع) ادامه پیدا می کند و تا آن زمان کاملتر شده و زمینه ساز فعالیت علمای تشیع در دوران غیبت می شود.
عمق فعالیت های علمی ایشان به ویژه در بخش کلام شیعی باعث شد تا ایشان به عنوان رئیس مکتب شیعه معرفی شوند، چرا که تفکیک دقیق علمی بین مکتب شیعه و سایر مکاتب اسلامی در این زمان انجام می گردد و امام صادق علیه السلام به دلیل فراغت علمی که برایشان ایجاد شده بود، نسبت به معرفی شیعه و عقاید شیعی، رسالت را به کمال رساندند.