آیت الله ابراهیم امینی می‌گوید: شهید مطهری دروس سطح را در حوزه تدریس و در جلسات دوستان از نکات مثبت دروس حوزوی تعریف و تمجید می‌کرد. مباحثه و مذاکره درس‌ها، آزادی انتخاب استاد، اخلاص اساتید در تدریس، اخلاص طلاب در درس و بحث، سهولت ارتباط استاد و شاگرد، تکیه بر فهم کامل مطالب نه تنها بر حافظه، تدریس کتب پایین‌تر به وسیله طلاب سطح بالاتر، تدریس درس‌های خارج فقه و اصول به وسیله اساتید و فقهای برجسته و عالی‌رتبه و دیگر امور از این قبیل.
اما در جلسات خصوصی و در جمع دوستان گهگاه از نقاط منفی دروس حوزوی نیز انتقاد داشت ولی نه به قصد بدگویی، بلکه به عنوان دلسوزی و به امید اصلاح. مثلا کتب و دروس ادبیات زبان عربی را ناقص و نیازمند به تغییرات بنیادی می‌دانست، چون طلاب پس از سال‌ها درس و تدریس کتب موجود اگر چه با قواعد کلی صرف و نحو زبان عربی آشنا می‌شدند ولی از مکالمه به زبان عربی و نوشتن و خواندن عربی فصیح ناتوان بودند و این نقص بزرگی بود که باید اصلاح می‌شد. گهگاه هم از امور جزئی فراتر رفته در مسائل کلی مربوط به حوزه بحث و گفت و گو می‌شد.
حوزه‌های علمیه در زمان قدیم
یکی از مسائلی که مطرح می‌شد این بود که حوزه‌های علمیه در زمان‌های قدیم به صورت یک دانشگاه جامع اداره می‌شد که انواع علوم زمان در آنها تدریس می‌شد؛ از قبیل فلسفه، کلام، عرفان، تفسیر، حدیث، فقه، حتی ریاضیات و هیئت و نجوم، و در همه رشته‌ها دانشجو داشت و اساتید و دانشمندان زبده‌ای را پرورش می‌داد. اما در زمان‌های اخیر به تدریج سایر رشته‌ها حذف شدند و تنها فقه و اصول و مقدمات آنها باقی ماند. به گونه‌ای که حوزه‌های علمیه در این زمان به صورت یک دانشکده فقه درآمده و سایر رشته‌ها به طور کلی حذف یا به صورت کمرنگ و به عنوان درس جنبی در آمده و تحصیل آنها، به مقدار فقها ارزش اجتماعی ندارند و از مزایای آنها برخوردار نیستند مانند دروس فلسفه، کلام، عرفان، تفسیر و حدیث.
منبع: خاطرات آیت الله ابراهیم امینی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی